接著，朝廷馬上表示，先大赫天下，安帝下旨討伐司馬休之，加封劉裕為荊州刺史，賜黃鉞，前文就說了，黃鉞是皇帝賜給大臣殺伐的權利象征，有了這個東西，劉裕就可以不請示朝廷，先把叛亂的人給殺了。這次劉裕已經不想把荊州刺史讓給別人了，他直接表明自己要兼任這個職位。
劉裕討伐司馬休之與司馬休之的兒子被賜死的消息傳到荊州後，司馬休之這個麵團人也發火了，老子以前是不怎麼參合到朝廷中的事來，可是這也不表示我沒有火氣，現在你劉裕殺了我的兒子，還想要自己當荊州刺史，這不是明擺著要篡位嗎？我身為司馬家的子孫，一定不會讓你的陰謀得逞的。當然，或許是劉裕的威名太甚，司馬休之手下的平西府司馬張裕、南平太守檀範之兩人料定頂頭上司這次是死定了，居然敢和太尉公起了衝突，兩人嚇得官也不敢做了，馬上逃回建康城。
二月，司馬休之有感於劉裕的勢力太大，他決定公開上表，也就是把他的奏折詔示天下，奏章中表明了劉裕這些年雖然有大功於朝廷，可是另一方麵他目無君上，獨斷專行，擅殺大臣劉毅、劉藩、諸葛長民、謝混、郗僧施等等這一係列朝廷的忠臣，甚至欺壓皇室，實在是罪大惡極，現在我要向天下表明劉裕的罪過，起兵計伐他。
接著，雍州刺史魯宗之和兒子竟陵太守魯軌也在襄陽起兵響應了司馬休之的討伐行動，因為此時劉裕剪除異己的目的大家都看得很明白，倒也不是說魯宗之就是皇家的忠臣，而是他知道自己不是劉裕的心腹，盡管當初自己還幫過劉道規，可是政治就是這麼無情，早晚有一天劉裕的屠刀會舉到他的頭上。
二月二十七日，當朝太尉劉裕統領的大軍，從京城建康出發，這次他把自己的弟弟中軍將軍劉道憐留下來當代理總經理，劉穆之為尚書右仆射，但是，劉裕也知道自己這個弟弟比不得劉道規文武雙全，所以他走之前特意叮囑，兄弟你就在建康城好好的享享福，我也不求你幹出個什麼樣子出來，你就是什麼都不幹也成，朝中的大事小事交給穆之就成了，你了，就負責幫他蓋個章就可以了。然後，劉裕讓高陽內史劉鍾率領大軍屯駐在石頭城與治亭兩個地方，負責建康城的防務。
當然，劉裕這一次的西征顯得實在有些漫不經心了，他正月殺了司馬休之的兒子，然後快到三月才率軍出發，就樣就給司馬休之和魯宗之大量的時間讓他們來做好抵抗大軍的準備，不像上一次征討劉毅的時候，王鎮惡的軍隊都殺到江陵來了，劉蕃被殺的消息還沒有傳到荊州去。
當然，這其中既有劉裕看不起司馬休之的意思，再加上這個時間實在是太不巧了，此前正是過年節的時候，士兵們也要返家團聚的吧，要是大過年的還要出兵打仗，恐怕士兵們就是再愛戴劉裕，這心裏的怨氣也會不少吧。
再一個劉裕心裏恐怕也有這樣一個心思，上次他攻打劉毅的時候，是靠的偷襲，出其不意才一舉成擒，所以這一次他要正大光明的攻打江陵城，他要讓天下人知道不管是正麵作戰，還是暗中偷襲，他一樣可以攻下荊州這個刺骨頭，畢竟荊州在天下人心中就是易守難攻的地方，他要在天下人心中打破這個固定的思維，即便是以後他讓出了荊州刺史之位，以後接任的那些個家夥也不敢起什麼叛逆的心思。
而且，他現在也想為兒子培養幾個得力的輔政大臣了，畢竟自己的年紀實在是不小了，可是兒子們又太年幼，自己將來的這一份基業始終是要交到他們手上去的，可是很有可能他死的時候，兒子們還沒有長大成人，那麼在兒子長大之前，這朝廷必須要有一個聲望很高的人來代替自己執掌朝政，以後再交到兒子的手上，這個人選首先要值得信任，而且還要有能力。（此時的劉裕大概把東晉的朝廷看成了自家的天下。）
其實劉裕的妻弟藏熹就是一個很好的人選，文武雙全，在政事上與軍事上都不含糊，劉裕此前也是特意培養他的，不然也不會帶著他西征劉毅了，後來決定伐蜀，也是讓他擔任二把手，可惜這小子太短命，居然在快要打下成都的時候病死了，對此劉裕心裏也是感到殊為可惜。