也不知道是不是有人給司馬休之說了些什麼，譬如說當前皇室羸弱，權臣劉裕正圖謀不軌，你要是辭了這荊州刺史之位，那麼將來我司馬家就會任人魚肉，沒有絲毫反抗之力了。
司馬休之雖然不理會朝廷之間的爭鬥，可是關係到司馬家的傳承與皇位，他身為司馬家的子孫還是很在乎的，因此，他假裝聽不懂劉裕送給他那封信的意思，馬上又寫了一封奏折送到建康，表示兒子犯了大罪，願意放棄譙王的爵位來保全他的性命，然後他又親自寫了一封信給建康的劉裕，在信中司馬休之對劉裕陳說謝罪，在下的兒子還年輕，一時糊塗犯了大錯，你做為長輩就原諒他的過錯吧，我現在不要譙王的爵位，隻請您高抬貴手放他一馬。
司馬休之這明顯揣著明白裝糊塗的行為徹底惹火了劉裕，劉裕心想我本來想跟你留個麵子，不想和你鬧翻，沒想到你卻不識抬舉，那麼也怪不得我了。隨後，劉裕就任命江州刺史孟懷玉都督豫州六郡，開始為西征司馬休之做準備。
倒不是劉裕現在不願意馬上征討司馬休之，而是土斷現在才到關鍵的時候，畢竟給那些僑人改換戶籍，撤置僑郡是很容易的一件事，可是還要為他們給予實際的土地，不然將來他們靠什麼吃飯，靠什麼來交稅，而土地這個問題從封建社會產生以來就一直是個大問題，如果處理的不好，那些世家大族一定會趁著這個機會出來興風作浪，所以，劉裕為了朝廷後方的安穩，他忍了。
劉裕這一忍就忍了快一年的時間，直到這一年的十二月份，廣陵發生了一件大事。早前就已經叛離東晉的司馬國兄弟聚集了幾百個部眾，然後偷偷地渡過了淮河，趁著快天黑的時候混入了廣陵城。此時的青州刺史兼廣陵相是檀邸，乃是當初建義諸人中檀憑之的侄子，在劉裕手下很受重用，現在也做到了刺史的高位。
然後這一夥人就偷偷摸摸地潛入到了刺史府的官邸，也不知是不是有內應還是怎麼的，反正等他們一夥人人衝入刺史府，殺到大廳裏來了，檀邸居然都不知道這麼個情況，檀邸聞訊趕來準備集結人馬抵抗，可是賊人的弓箭很利害，連他都中箭受傷了，幸好檀邸也是從戰場走下來的名將，遇事不慌，他對左右的侍從說：”賊人是趁著天黑衝了進來，打算在我沒防備的情況下襲擊我們，可惜現在他的謀算要失敗了，馬上敲響五鼓，他們害怕天亮，一定會逃跑。”
左右的人馬上去敲了五遍鼓，賊軍這夥人原本隻想打個出其不意，可是天一亮這城裏的駐守的大軍一定會注意刺史府的動靜，所以他們沒有辦法隻好退走。刺殺事件發生後，在朝廷裏引起了很大的震動，堂堂一州刺史，居然被幾百個賊人給殺進府了，要說這裏麵沒有什麼貓膩誰都不信，淮河他們是怎麼渡過的，還有進城的時候，總會有一點行跡吧，最關鍵的是賊軍攻到了刺史府，居然沒有守軍及時前來救援，這是多麼嚴重的問題。
於是，劉裕再也忍不住了，雖然這次悄悄偷渡過來的隻是司馬國這幾個叛將，可是明眼人一看就知道是怎麼回事，他們幾個人不是一直都在後秦嗎？為什麼在年關的時候跑到東晉來，不用說肯定是朝廷裏有人和他們聯絡好的，這最大的懷疑對象就是荊州刺史司馬休之，因為後秦與東晉的地盤隻有荊州那一塊是接壤的，他們之前聯絡最為方便。
義熙十一年（注：公元415年）正月，也就是刺殺事件過後沒幾天，劉裕這次先動手了，他要震懾一下那些心中不懷好意的人，不然這些人天天都在想著怎麼裏應外合，刺殺他手下的大將，等他成了一個光杆司令，想必這時也沒幾個人會聽從他的命令了。
第一步就是逮捕司馬休之在建康城的另一個兒子司馬文寶和他的侄子司馬文祖，史書上沒有明確寫明他們兩個犯了什麼罪，或許是此時的劉裕已經決定和皇室翻臉，所以也不需要顧忌他們的想法了，當然劉裕也沒有蠢到自己下令殺了他們，這時他權臣的身份就顯現出作用來了，不久後，劉裕就上表了一封奏折，奏折裏表明前些日刺殺青州刺史檀邸的司馬國等人就是和司馬文祖勾結好的，意圖謀害封疆大臣，其罪非輕，所以請陛下下旨令他們自盡。就算是安帝看到這封奏折不想蓋章，也沒有辦法，除非他不想要自己的命了，於是這兩個不知是無辜還是確實有罪的皇族就死在了聖旨之下，也可以說是死在劉裕的手下。