六月初九，劉裕到達建康城，果然不用他提醒什麼，先前提議他入京輔政的傅亮就主動進宮，用比較委婉的語言暗示晉恭帝應該將帝位禪讓給宋王，並且草擬了一份退位詔書呈給晉恭帝，傅亮的意思已經很明顯了，陛下隻要少下這份詔書就行了，不用您來自己動腦子。
其實早在司馬德文登基的那一天起，他就知道這一天盡早會到，他也是經曆了無數的艱難困苦才走到如今的地位，因此他的心態很是平靜，沒有絲毫不願意的意思，晉恭帝欣然提筆，並對左右侍從說：“桓玄之亂的時候，晉朝早已失掉天下，後來多虧了劉公才得以延續了將近二十年，今日禪位給他，是我心甘情願的。”於是他將傅亮呈來的草稿作為正式詔書抄寫在紅紙上，然後接過傅亮遞過來的玉璽蓋了下去……
當然，這個欣然提筆的後麵，到底隱藏了什麼樣的辛酸或是痛楚，司馬德文都要將它埋在心裏，反而要高高興興地笑臉相迎，才能得到活下去的機會。說名實在話，司馬德文的表現比起其他的末帝要好多了，起碼沒有大哭不止，或是歇斯底裏，或是死也不肯抄，不過看不清形勢的末帝們一般結局都不太好，司馬德文的結局會不同嗎？
接下來的過程就更簡單了，傅亮拿著司馬德文的詔書領著滿朝文武跑到劉裕的府門外跪請劉裕接受禪讓，這第一次劉裕自然是不肯的，連著三次之後，感受到現任皇帝和滿朝文武的盛意拳拳，劉裕才會勉為其難的接下詔書，然後登基為帝。
六月十一日，司馬德文從皇宮搬出來又回到他原來的琅瑯王舊府，百官都拜謝叩別，當時隻有秘書監徐廣痛哭流涕，傷心不已。十四日，宋王劉裕在南郊祭天，正式即皇帝之位，立國號為大宋，還是以建康城為都城。典禮結束之後，劉裕乘坐皇帝的車駕從石頭城進入建康皇宮，徐廣又大哭不止，侍中謝晦怕他打擾了慶典的喜慶，就警告他說，“徐公，今日陛下繼位，您有些過了份吧。”
徐廣卻毫不在乎，“你是宋朝的佐命元勳，我是晉朝的孤臣遺老，我們本就不是同路人，這悲喜的感覺自然不一樣。”
當然，劉裕繼了皇帝之位後，首先要處理的就是前朝的皇帝，劉裕封司馬德文為零陵王，一律仿照晉初優待魏室的先例，在秣陵縣為他建立宮殿，還建立晉室的宗廟，允許他用天子的車駕禮儀。
至於晉朝所封的爵位他也都酌情考慮，很多隻不過是降了一級，讓公降為侯，減少一點食邑，而對於各個隨他打天下的將領則是持其爵位和俸祿不變，這一點劉裕就做得很好，沒有像別的權臣一稱帝就大肆封賞屬下，當然，必要的賞賜肯定也是會有的，隻不過沒有晉朝代魏時那麼多罷了。
劉裕做了皇帝，劉姓的人自然也跟著水漲船高，他追尊自己的父親為孝穆皇帝（不知道當初那個要把劉裕丟棄的小公務員知道劉裕如今做了皇帝，他會在地下怎麼想？），母親趙氏為孝穆皇後；再尊封繼母王太後蕭氏為皇太後，劉裕對於自己這個繼母蕭太後一向恭謹孝順，他當皇帝之後，雖然他年事已高，但每天清晨肯定會入後宮給蕭氏請安，從來沒晚過時辰。
當然，那個在登基典禮上大放厥詞的老臣徐廣，劉裕連理都沒有理他，這種文臣對他起不了絲毫威脅，甚至劉裕死後，這老頭還活得好好的。由此可見，劉裕雖然對那些各國皇族權臣下手很黑，通常都是抓住了就抄家滅族，比如桓氏，慕容氏，再比如姚氏，但是他對於那些沒有威脅的文臣還是很寬仁的。