明初侵擾海疆邊，
方亞關降獻海船。
衛所塘墩緣海設，
星羅棋布接烽煙。
15世紀是世界經濟格局發生重大變化的時期，地理大發現和新的海上商路的開辟，西方資本主義的觸角開始伸入中國。15世紀後，西方的海盜商人在中國沿海“擄掠行旅，烹食小兒”，搞得中國沿海無寧日，嚴重破壞了中國與南洋、日本的正常貿易。加之，15世紀以後，日本倭寇興起，他們在中國沿海攻城略地，燒殺搶掠，更搞得中國沿海烏煙瘴氣。麵對突如其來的海洋文化的衝擊，中國明清統治者，怕內憂外患相交接，束手無策，隻好實行嚴厲的禁海政策，來確保海疆安全。在禁海政策框架下，出海貿易純屬走私行為，這便使得閩商具有濃厚的“海上武裝走私集團”的特點，這是閩商區別於其他商幫的重要特點。
明太祖立國之初，東部沿海地區麵臨著倭寇不斷騷擾山東、直隸、浙東、福建沿海郡邑的局麵，加之元末農民起義的殘部，如張士誠、方國珍的餘黨亦遁入海島，與倭寇相勾結，“出沒海上，焚民居，掠貨財。北自遼海、山東，南抵閩、浙、東粵，濱海之區，無歲不被其害。”嚴重地威脅到明朝新生政權的存在。為了維護剛建立的明王朝，明太祖不得不實行海禁：規定“片板不許入海”，一方麵加強海防，抵禦倭寇的侵擾，另一方麵防止海外與內地的反抗勢力相互勾結，顛覆新建立的政權。早在洪武四年（1371）十二月，在命令靖海侯吳楨籍、方國珍所部溫、台、慶元三府軍士，及蘭秀山無田糧之民隸各衛為軍時，明太祖就宣布“仍禁瀕海民不得私出海”。洪武十四年（1381）十月，又宣布“禁瀕海民私通海外諸國”。洪武二十三年（1390）十月，因兩廣、浙江，福建人民以金銀、銅錢、緞匹、兵器等交通外番，私易貨物，再次詔戶部“申嚴交通外番之禁”。與此同時，明太祖還著手加強海防，實行積極防禦，於洪武十七年（1384）正月，命信國公湯和巡視浙江、福建沿海城池，禁民入海捕魚，築登、萊至浙沿海59城，以防禦倭寇騷擾。洪武二十年（1387）三月，又命令江夏侯周德興往福建，以福、興、漳、泉四府民戶三丁取一，作為沿海衛所戍兵，又築福建沿海16城，以防倭寇。
《大明律》明文規定：“凡將牛、馬、軍需、鐵貨、銅錢、段匹，綢絹、絲綿和出外境貨賣及下海者杖一百……若將人口軍器出境及下海者絞，因而走泄事情者斬……”《問刑條例》規定“……擅造二桅以上違式大船，將帶違禁貨物下海，前往番國買賣，潛通海賊，同謀結聚，及為向導劫掠良民者，正犯比照謀叛已行律處斬，仍梟首示眾，全家發邊衛充軍。其打造前項海船賣與夷人圖利者，此照私將應禁軍器下海，因而走泄事情律，為首者處斬，為從者發邊衛充軍。若止將大船雇與下海之人，分取番貨，及雖不曾造有大船，但糾通下海之人，接買番貨，與探聽下海之人，番貨到來，私買販賣蘇木、胡椒至一千斤以上者，俱發邊衛充軍……私自販賣硫黃五十斤，焰硝一百斤以上者問罪，硝黃入官。賣與外夷及邊海賊寇者，不拘多寡，比照私將軍器出境因而走泄事情律，為首者處斬，為從者俱發邊衛充軍……”。
按照《大明律》這種苛細的規定，實施海禁，簡直是不許人民為海商。換言之，即不許人民從事海外貿易。無二桅以上大船，不可能出海。擅造二桅以上違反規定式樣的大船出海，不論帶違禁貨物前往外國販賣，或租賃與下海的人，分取外國貨物，都是犯罪，都要問罪。定罪看情節輕重，重者或斬或絞，輕者亦發邊衛充軍。鐵貨、緞匹、綢絹、絲綿都是外國所需，一律禁止出境販賣，違者治罪有差。“法令滋彰，盜賊多有。”中國東南沿海地區的人民，在官府高壓政策下，走投無路，隻得鋌而走險，私自出海貿易，“商轉為盜，盜而後得為商”就是這個道理。
至於清初的“遷界”，對沿海30公裏以外的濱海島嶼區，更是徹底的摧毀。開界之後，沿海生產、生活逐步恢複。但是，荒棄的耕地，有的到新中國成立前還未全部墾複；被破壞的生態環境，有的至今還未達到新的平衡；至於被焚毀的村鎮，有的至今還未恢複到遷界前的興盛水平。湄洲灣秀嶼港就是如此。
據明弘治《興化府誌》“小嶼”條記載：秀嶼“居民約千餘家，皆以漁為業”。當時，在這個小嶼上設有“巡檢司”，並築有“周回九百三十丈的河泊所城堡”。說明秀嶼當時不僅在航運業、漁業上的地位重要，而且在海防上的地位也很重要。福建沿海曆史上像秀嶼這樣的城鎮不是個別的。說明當時沿海由於海港的初步開發利用，經濟曾經是繁榮的。隻是後來，由於“海禁”“遷界”以及“海寇”等原因，沿海城鎮被毀，居民內遷，遭受嚴重的破壞，才衰落下來。