公元2037年，真理紀元17年6月28日，麻原章晃在晚餐後突然大量嘔血。當時麻原身邊已不可能有受過現代醫學教育的醫師。不離麻原左右的一眾高級教士馬上聯合為他發功布氣。這些高人個個神功蓋世，聯起手來運功據說能抵擋一隻現代化軍隊。但麻原章晃仍然不治而亡。命運以這種方式結束了麻原章晃與科學文明之間的個人恩怨。暴病前，麻原剛簽發完他一生中最後一道命令，要求真理教會根據世界局勢的發展，在被稱為五海三洲之地的中東選址建立真理教永久的首都。
當晚，按教會內部程序，來自馬來西亞的大教士諾爾迪亞成為真理教第二代教主。次日，一艘在大洋深處潛蹤隱跡達十年之久，國籍不明的核潛艇向東京發動核導彈攻擊，眾多真理教高層人士死亡。這一事件無形中避免了真理教會在麻原死後因內爭而分裂。幸免於難的諾爾迪亞不失時機，穩握真理教大權。
真理紀元35年，蘇必利爾大教區發生“異教徒”暴動，遍及美洲東海岸各處。護教軍花費一年多的時間才最終平息叛亂。是役軍隊與平民共死亡二百八十五萬人。
真理紀元56年，真理教正式遷都於中東地區新建的“聖城”。同年，南方大教區發生“戰鬥科學家暴動”。真理教軍隊在武力鎮壓失敗後，不得不實行海禁。七年後，叛亂始告平息。
真理紀元89年，阿爾卑斯大教區暴發“文明複興”大叛亂，護教軍隊調集全世界的精兵強將，花費五年時間，方始平息叛亂。戰爭結束後，歐洲大地一片荒蕪。人口銳減。
麻原章晃在世時，真理教的教義已經初步確定。後來一代又一代的真理教徒也不斷地對教義教規補充完善。這其中，“貢獻”最大的是真理教第五代教主——莫漢達斯·卡裏姆昌德。
真理紀元58年，卡裏姆昌德出生在印度大教區海德拉巴地區的一個高種姓家庭。但他賴以自豪的卻不是自己的種姓，而是一個與麻原章晃同時代的先祖。此人原是印度最早的一批軟件工程師之一。為跟上世界電腦軟件開發潮流，他前往日本留學。在那裏遇到了早期的真理教徒，遂被他們的信仰所征服，認為自己找到了真正應該為之奮鬥一生的事業。後來，此人和另外數人組成了印度最早的真理教分會。真理紀元3年，印度世俗政府被當地真理教會推翻，卡裏姆昌德的這位先祖卻在武裝叛亂中身亡，被教會追諡了極高的榮譽。
卡裏姆昌德便是在這樣的一個教會環境中長大。年輕時，正值真理教會發動鎮壓“異教徒”反叛的大戰。他加入護教軍隊。由於驍勇善戰，屢立軍功。38歲時就已經升為“正大師”。戰爭給他身上留下三十多道傷痕，其中一道斜過左麵的刀傷，為他那張原本毫無特色的臉平添了許多個性。
但卡裏姆昌德卻並非僅僅是一介武夫，宗教永遠是他的第一興趣。戰爭結束後，他放棄軍職，來到首都郊外的“聖山”工地，一麵苦修，一麵思考教義教法上的難題。最吸引他的有兩個問題。一個是人為什麼會受“科學魔鬼”的侵擾，另一個是為什麼白種人遲遲不肯接受神聖法皇偉大的教義，反複發動叛亂進行抵製？
當時，真理教的教義基本上就是麻原章晃在世時確定下的那些內容。主要繼承於當時流行的一種論點，即人類不需要通過科學去控製大自然，獲得外部力量。人自身有巨大的潛能，應該通過種種修煉方式開發這種內在潛能。這種觀點在真理教產生之前的各種文獻中已經普遍存在。真理教不過是將它們竊為己有，換上一副標簽。至於修煉方式，則多搬自其它宗教，或采自瑜珈、偽氣功、以及一些原始巫術的片段和枝節。當時的教義更多的是對科學文明進行批判。曆史上從未有一種思想體係像真理教義這樣，對現代科學批判得如此深入、全麵、徹底和生動。用卡裏姆昌德的話說，當時的真理教義著重於驅除“外魔”，即對科學進行社會體製上的打擊。接下來，則需要驅除“內魔”、“心魔”，即從內心深處拔除人們向往科學的心理因素。
為了從現實生活中觀察“心魔”的表現，卡裏姆昌德放棄了在教會內部晉級的機會，帶著簡單的行李和若幹卷《朝陽啟信錄》開始周遊世界。按教會史書上記載，卡裏姆昌德“周遊於達官貴人之側，行走於販夫走卒之間”達十年之久。當然，作為大教士，他不會真正的缺吃少穿。卡裏姆昌德親自觀察了各民族、各階層共計一萬六千餘人的行為特點。終於得出了他的結論：人之所以會受“科學魔鬼”引誘，在於“好奇心”與“功利心”兩種“心魔”。前者導致科學產生，後者促使人們將科學知識轉化為技術成果。真理教的修煉，最要緊的便是讓自己泯滅好奇心和功利心。據此，卡裏姆昌德提出了一整套嶄新的修煉方法和行為規範。