程德全在署理黑龍江將軍任上，披肝瀝膽，銳意改革，在外交和內政兩個方麵都取得了令人矚目的顯著政績。當程德全一心一意新政的時候，程德全的放荒政策卻出現了問題。由於先前放荒招墾進展很快，荒價收入可觀，這既給改革籌集了雄厚的資金，也帶來了意想不到的後果。首先是逐漸地使大部分商業資本轉移為呆滯的封建地產，放出的荒地得到開墾的隻有十分之二三。其次，程德全的改革新政又把收入消耗殆盡。到了放荒逐漸收攏，不再有大宗荒價收入時，程德全卻不得不麵臨財政的枯竭，市麵也呈現銀根縮緊的慘境。三十三年（1907年）春夏之交，致使“省城數百號鋪商鹹同涸轍之魚，立可待斃，報關閉者已有六十四家”。雖然程德全一再向清廷請求撥發巨款以救急，但都遭到冷遇。程德全身心交瘁，進退失據之際，清廷將東北設行省，以徐世昌為東三省總督，程德全署理黑龍江巡撫，從此，隻能事事聽從於總督，更加無所作為，程德全便一再稱病奏請開缺，此舉正和徐世昌之意，遂於1908年初，以程“腿疾未痊，建議軍機處，賞假數月，回籍就醫”，清廷將程德全署理黑龍江巡撫一職開缺。
三十四年（1908年）十月，光緒、慈禧相繼去世。宣統元年（1909年）初，攝政王載灃將徐世昌內調。也許是受慈禧太後餘蔭的恩惠，攝政王載灃命錫良出任東三省總督，程德全於四月初五（5月23日）複被起用為署理奉天巡，旋實授，主持清帝“龍興之地”的政務。可因奉天巡撫一職，與總督同城，權責交叉，難以行政，遂於翌年三月初九日（4月28日）裁撤，程德全又被委以重托調任江蘇巡撫。其間，自從義和團運動被中外反動勢力鎮壓之後，清政府已淪為帝國主義的奴仆，其腐敗和賣國行徑加劇了社會矛盾的激化，封建統治已處於風雨飄搖之中。特別是以孫中山先生為代表的中國資產階級民主革命運動蓬勃興起。清政府為苟延殘喘，遂從三十一年（1905年）開始，玩弄起“預備立憲”的騙局，對於清政府這個權宜之計，立憲派和清朝統治集團內部的一些不滿現狀的官員卻借勢而起，他們紛紛組織團體，發表政見，倡導立憲，參政議政，發出了請開國會的呼聲，程德全此時在署理黑龍江巡撫任上，正因施政受挫，屢受朝廷冷遇和東三省總督挾製，感到立憲正逢時機。遂以封疆大吏之身，率先上書朝廷，一日三上奏折，要求召開國會，並提出實行憲政辦法八條：政府必負責任以合立憲製、府縣宜會議以備國會擴張、調查國內習慣以資采用、方科宜增法製以充智識、法行自近以動天下觀瞻、實行憲政以化滿漢界限、速開憲法研究所以俾講求、分別緩急以免顛倒秩序”，詳陳立憲的主要內容，並坦誠剖白：“微臣久處邊陲，見聞僻陋，頻年目擊兩強奪我東方權力，深為怵心。況自日俄協約、日法協約屢見報章，彼此棄仇尋好，協以相謀，侵逼之來，豈必在遠。我若不於此時大辟新規，實行憲政，開國會以大伸民氣，先躬行以激動人心，不惟有他族吞噬之憂，抑將有自相魚肉之禍，此則臣眷念家國而不能不激切上陳者也。”宣統二年（1910年)，程德全調任江蘇巡撫。其時，根據朝廷規定，“督撫不同城”，統轄江蘇，安徽、江西三省的兩江總督開府江寧（南京），而江蘇巡撫衙門則設在蘇州。素以革新自命的程德全，很快便與立憲派人士如張謇、沈恩孚等過從甚密。同時，受蘇州工商資產階級的影響，他的政治態度更加激進，被江蘇立憲派士紳認為是開明官員。那麼，江蘇的立憲派都是些什麼人呢？立憲派的隊伍成分比較複雜，但其中堅力量是從地主、官僚、商人轉化過來的資產階級上層人物，它的成員大多擁有土地，與封建主義有千絲萬縷的聯係，所以他們始終不要求取消地主階級的統治，而竭力維護清王朝，但又由於他們不滿意封建政權的過於腐朽，妨礙他們發展資本主義。他們也不滿意帝國主義對中國的過分掠奪，要求爭回利權。所以說立憲派是一些“重視用改革、改良的手段來維護清封建王朝統治的以‘君主立憲’為最高目標的改良主義者”。立憲派這些特征無疑正符合程德全的口味，因此，一到江蘇他便投入立憲派的主張的活動中，最有代表性的事件是程德全與張謇等人協商後，積極參與了“十八督撫將軍都統上書”的活動。其政治主張是：再次要求召開國會，設立責任內閣，早日實現君主立憲製度。這一舉動表現他已經對清廷的現行統治製度完全喪失了信心。之後，他又多次上書朝廷，請求清政府盡快設立責任內閣。還對清廷以人民和議員程度不高為借口拖延民主步伐提出異議：至於人民負擔義務，乃立憲國民自有之天職，按之憲法原理，所謂義務者，乃對於權力而言。