中國曆史上，在封建王朝向農民征收漕糧過程中，長期存在著官吏百般貪汙勒索的“漕弊”現象，為害極大。有清一代，漕政中積弊問題又尤其突出，管運管糧的官吏、承運的運弁運丁以及納漕地方的土豪劣紳無不侵漕蠹漕，造成了相當嚴重的社會危害。這一現象的存在，在當世不僅很大程度上幹擾了清政府的漕政製度，更重要的是嚴重地影響了廣大農民的生產和生活，構成了世人倍加關注的一個社會問題。
清代建國伊始，為了滿足京城皇室以下官僚、軍隊的食糧需要，承襲了前代的征調漕糧製度。清製規定：每年征調進京漕糧大約四百多萬石，分別由當時的山東、河南、安徽、江蘇、浙江、江西、湖南及湖北等省農民負擔交納。各省漕糧的征收由當地官吏負責，漕糧運輸則由漕運總督衙門指揮下的運丁隊伍承擔。漕糧最終運抵北京、通州兩地太倉時，入庫及保管事項由倉場衙門負責。但是，從清初創建漕運之日起，也繼承了前明漕務中的諸多積弊，隨之愈演愈烈，終於禍患無窮。概括而言，清代的漕弊集中表現在以下諸方麵：
其一，漕務官吏的侵漕活動。清初以來，漕務機構裏便存在官僚、胥役肆意借漕貪汙勒索的現象。如順治時，漕運總督吳惟華網羅親信，瘋狂地從事貪汙舞弊活動。順治四年，淮南地區的泰州、高郵等地發生洪澇災害，糧食大幅度減產。於是，當地官員請求按例將漕糧改折現錢交納。但吳惟華故意刁難，不予批準。地方官無奈，隻得向吳氏行賄三千金，才解決了改折之事。諸如此類等等隻顧索賄、不管農民死活的事例，不勝枚舉，所謂“因事受財，動輒千萬”。康熙以後，漕臣的侵漕行為就更為普遍，以至於康熙兩次南巡時，曾先後在淮安漕督衙門所在地就地解除了漕督邵甘、馬世濟的職務。
其二，倉場官吏的營私舞弊行為。清代京、通倉場組織中官吏的各種不法營私行為可以說一直非常嚴重，並始終是輿論抨擊的對象，被稱之為“巨蠹”、“積棍”。如：清初倉場侍郎謝啟光通過種種貪汙索賄活動，大獲暴利，“穢聲盈路”。康熙四十四年，負責接收漕糧的坐糧廳江□與諸倉監督合夥盜竊，致使虧空糧食九十萬石及大量銀兩。而嘉慶時揭出的通州倉官胥合夥舞弊案，更暴露了其侵倉活動的瘋狂程度。類似行徑，直至清末不絕於史。倉場組織雖非直接理漕部門，但其虧空情況的長期存在，勢必對漕運提出更高的要求，從而在一個側麵加重了農民的納漕負擔。
其三，貪官汙吏對運丁的肆意勒索。在清代文獻中，有關這方麵的記載可謂連篇累牘，其中以清人王命嶽的論述較為細致。據王氏總結：運丁有“水次之苦”、“過淮之苦”和“抵通之苦”。所謂水次之苦，即指運丁在各地承運開始時所受管運官吏的敲詐勒索，包括“買幫陋習”、“衛官幫官常例”、“糧道書辦常例”及“令箭牌票差禮”等等。各項名目的勒索，每船少則一二兩，多則十餘兩白銀。於是，船未啟航，每艘“已費五六十金”，這還不算運丁領餉時每船遭府縣官吏索賄的六七兩銀；所謂過淮之苦，指運丁北上經過淮河時所受漕運總督衙門官吏的勒索，每幫漕船（數十艘不等）被迫交納賄銀至五六百兩之多；所謂抵通之苦，指運丁抵達通州後受到的勒索，有如投文常例、胥役船規、倉官常例、坐糧廳常例、委官舊規、伍長常例、上斛下蕩之費等等，每項每船也須交納數兩至十餘兩白銀。諸如此類等等，不一而足。如果運丁膽敢在哪一個關口上拒不交錢，立即便會遭到刁難和報複。難怪同時代人激憤地呼道：“試起而問，今之有轄於漕者，自上及下有不取常例於運軍者乎？”
其四，運丁運弁對州縣的百般敲詐。誠如清人所說：各管運管糧衙門的貪官汙吏，皆“視運軍為奇貨，誅求橫出”。但運丁“別有身家為賠累之具”，故其失之於彼，必取之於此。其結果是在各地接受漕糧時，運丁運弁對交糧的地方官吏百般敲詐，以轉嫁負擔。清政府為了保證漕運的正常運行，考慮到運丁的實際情況，遂規定在征收漕糧時向農民征收“加耗”等名目的附加稅，用以津貼運丁隊伍。然而，隨著運丁所受盤剝的加劇，他們的勒索活動也日益擴大，又有“淋尖、踢斛、拋剩、漫籌、腳米”等等敲詐手段。運丁們通常以拒絕接受漕糧相威脅，迫使交糧地方額外供給，以至於出現了“州縣資其魚肉，若非百計刁難，何能飽其欲壑”的現象。清中葉以後，漕運運丁勒逼州縣又成為一大社會痼疾。