元代在中央設中書省、樞密院和禦史台，分別負責行政、軍事和監察。在地方設行中書省，簡稱行省。行省下設路、府、州、縣。元朝時，全國共設十個行省，另有中書省直轄的“腹裏”。行省製的確立，是中國政治製度史上的一項重大變革，對後世有很大的影響。
元世祖在軍事上實行軍民分治的政策，使軍職不得幹預民事。元朝軍隊分為蒙古軍、探馬赤軍、漢軍和新附軍等。
元朝建立後，還陸續編修了《至元新格》、《大元通製》等法典，沿襲了學校教育和科舉製度。
二、雙重民族政策
元朝為了維護蒙古貴族的統治特權，削弱各族的反抗，采取了分化的民族壓迫政策。元朝把全國人分為四等：一等蒙古人，二等色目人，三等漢人，四等南人。四等人在政治、法律和經濟上的地位，都有不同的規定，帶有明顯的民族歧視成分。如地方機構中的達魯花赤掌握實權，而此職隻能由蒙古人擔任。
元朝在實行民族歧視、壓迫政策的同時，又對各族上層進行了拉攏和聯合，甚至給予他們許多特權，以擴大蒙古貴族的統治基礎。
元朝的雙重民族政策，體現出其政權是以蒙古貴族為核心、包括各族上層在內的封建統治階級聯合專政。
三、平定諸王叛亂
元朝時期，西北發生了窩闊台汗後裔海都、察合台汗後裔篤哇等叛亂，東北地區也出現了諸王後裔的叛亂。元世祖曾多次親率大軍出征，到元成宗時，最終平定了叛亂勢力，鞏固了多民族國家的統一局麵。元朝在平叛後，還設置遼陽行省，加強了對東北地區的管理。
四、加強對邊疆地區的管理
元中央在邊疆地區設立的行政組織元朝時期，喇嘛教薩迦派領袖代表西藏地方同蒙古建立了宗藩關係，西藏正式劃歸中央版圖。元世祖忽必烈封薩迦派領袖八思巴為國師，又任命為總製院（後更名宣政院）長官，"掌釋教僧徒及吐蕃之境"。元政府還在西藏設立地方機構，並征收賦稅、屯戍軍隊及設置驛站。西藏遂正式成為中央政府直接管轄的地方區域。
元朝在雲南設置了行省以及路、府、州、縣。從此，雲南和內地的聯係更加密切。
元代時，在澎湖設立了巡檢司，管轄澎湖與台灣，巡檢司隸屬泉州晉江縣（今屬福建）。這也是中央政府在台灣地區正式建立的行政機構。
元世祖還整頓了驛站製度，他以大都為中心，修築了四通八達的驛道。又開鑿了三條運河，打通了從杭州到大都的水路運輸線，溝通了海河、黃河、淮河、長江、錢塘江五大水係。一個包括陸路、水路的交通網建立起來了。這對加強各地之間的經濟、文化交流，起了積極的作用。元朝的海運也很發達，元世祖在泉州、廣州等地設立市舶提舉司，管理海上貿易。元朝商隊浩浩蕩蕩地往返於大海之上。一時間，各大港口成了“蠻商夷賈”雲集的地方。泉州是當時最大的海港，當時指引航船的燈塔，至今還屹立在泉州海濱。中國和世界各國之間的經濟文化交流異常頻繁。
元代的驛傳製度對當時的俄羅斯、波斯以及中亞、西亞諸國都產生了頗大的影響。
五、元世祖還大力提倡以儒學為主的漢族傳統文化，他篤信孔孟之道，在大都重建了孔子廟，確立了儒家在元朝的統治地位。他還極力拉攏漢族地主階級知識分子，免除儒生的徭役。元世祖還興辦了許多學校，他即位的第二年，就下令各路“提舉學校”，到1288年，全國的學校已達24000多所。元世祖在中央設立了國子監，任命理學大師許衡擔任國子監祭酒，培養了許多人才。他還選派名儒，編修國史，翻譯經書。他讓藏族高僧八思巴創造了蒙古文字，又將一批漢族典籍，如《資治通鑒》、《貞觀政要》等翻譯成蒙古文，供蒙古貴族子弟學習。
元世祖的宗教政策，也很獨特，他不相信任何宗教掌握著絕對的真理，認為各種宗教都可以當作行政的工具。因此他采取兼容並蓄的政策。對佛教、道教、景教，都加以提倡，還在中央設置專門機構進行管理。