沿江守將，望風盡走。後主向來懦怯，不諳軍事，待到隋兵百萬壓境，後主才開始害怕，召蕭摩訶、任忠等於內殿，商議軍事。蕭摩訶隻是不說話。蕭摩訶以後主私通其妻，全無戰意。最後被擒降隋。隋軍直入朱雀門。陳朝的大臣皆散走。後主身旁不見一人，隻有袁憲站著沒走，後主說：“朕從來待卿不薄，今眾人皆棄我去，惟卿獨留，不遇歲寒，焉知鬆柏？非惟朕無德，亦是江東衣冠道盡。”說完，遽欲避匿。袁憲勸說道：“北兵入都，料不相犯，事已至此，陛下去將何往？不若正衣冠，禦正殿，依梁武帝見侯景故事。”後主不從，下榻急走：“鋒刃之下，未可兒戲，朕自有計。”不知他有什麼計？從宮嬪十餘人，奔至後堂景陽殿，與張麗華、孔貴嬪三人並作一束，同投井中。隋兵入宮，執內侍問後主藏到哪裏去了。內侍指井說：“這裏。”裏麵漆黑一團，呼之不應，上麵往下扔石頭，才聽到裏麵有求饒的聲音。用繩子拉上來，士兵奇怪怎麼這麼重，本來以為後主體胖，出來後才發現後主與張麗華、孔貴嬪同束而上。隋兵皆大笑。據說三人被提上來時，張麗華的胭脂蹭在井口，後人就把這口井叫“胭脂井”。
賀若弼夜燒北掖門入，聽說韓擒虎已捉住了陳叔寶，呼來視之，陳叔寶惶懼不堪，流汗股栗，向賀若弼求饒不止。賀若弼安慰說：“不要恐懼。”
晉王楊廣素慕張麗華之美，私囑高熲：“你進入建康，必找到張麗華，勿害其命。”高熲至，召張麗華來見，他說：“昔太公滅紂，嚐蒙麵斬妲己，此等妖妃，豈可留得？”即斬之於青溪。
後主至京朝見隋帝，文帝赦其罪，給賜甚厚。每預宴，恐致傷心，為不奏吳音。後來陳叔寶竟對文帝要求：“我還沒有一個稱謂，每回朝集，無法與人交談，願得一官號。”文帝後來歎息說：“陳叔寶全無心肝。”監者又說叔寶每日喝醉，罕有醒時。帝問飲酒幾何，對曰：“與其子弟日飲一石。”文帝大驚，歎道：“隨他罷，否則叫他如何過日？”楊堅是把陳叔寶作為一個皇帝來批評的，而在陳叔寶眼裏，他做詩度曲才是正業，興趣也全在這上頭，而管理國家不過是他偶一為之的“副業”而已。才會在隋軍兵臨城下時，告急文書未曾開拆就被丟在床下；陳叔寶也完全忘卻了一個皇帝起碼的尊嚴，所以當隋軍殺入宮中，他才會與張貴妃孔貴妃三人抱作一團躲在井裏，以致隋文帝對一國之君如此不顧體麵而大吃一驚。也許陳叔寶並不是“無心肝”，他隻是從來就把自己當作一個風流才子，一個詩文騷客，亡不亡國，無所謂，皇帝的體麵，更是無所謂的了。
陳後主的好日子就像玉樹後庭花一樣短暫，仁壽四年，死於隋大興城，時年五十二歲。
魏征在《陳書》中評論陳後主說：“後主生深宮之中，長婦人之手，既屬邦國殄瘁，不知稼穡艱難。初懼阽危，屢有哀矜之詔，後稍安集，複扇淫侈之風。賓禮諸公，唯寄情於文酒，昵近群小，皆委之以衡軸。謀謨所及，遂無骨鯁之臣，權要所在，莫匪侵漁之吏。政刑日紊，屍素盈朝，耽荒為長夜之飲嬖寵同豔妻之孽，危亡弗恤，上下相蒙，眾叛親離，臨機不寤，自投於井，冀以苟生，視其以此求全，抑以民斯下矣。”清人袁枚對張麗華的評價總還公允：“結綺樓邊花怨春，青溪柵上月傷神。可憐褒妲逢君子，都是周南夢裏人。”《玉樹後庭花》被稱為“亡國之音”。後來就有了杜牧的《泊秦淮》：“煙籠寒水月籠沙，夜泊秦淮近酒家。商女不知亡國恨，隔江猶唱《後庭花》。”其實曆史自有其向前的步伐，無論陳後主是否寫不寫“亡國之音”，隋文帝楊堅的一統大業還是要實現，而陳後主隻顧享樂、不問政事的理國之舉，是無法阻止曆史車輪的前行的。