從山西回到京城，馮誌沂先去刑部參見上司，彙報佐晉戎幕的有關情況，而後回家。回了家，馮母非常高興，緊緊握住兒子的手，目不轉睛地端詳著兒子略顯消瘦的麵龐，生怕再離開。母子相見，自然有說不完的話，幾天裏就談公家事，談打仗事，馮母很開明，和兒子說：你在太原的表現，娘很滿意，咱們馮家祖輩沒有諂媚取寵，巴結逢迎的先例，不看重升官發財，隻求為國宣力，能堂堂正正為官，清清白白做人就好。
馮母患哮喘病多年，時好時壞。馮誌沂歸京後仍在刑署跟值，還和過去那麼忙碌，與出都前不同的是，謝絕所有人事應酬，回了家就守候在母親身邊，“忻忻有孺子色”。
冬初，馮母患了重感冒，從此臥床不起，病情日益惡化，求醫服藥都不見效。焦灼萬分的馮誌沂跑遍了宣南大小寺廟，祈求神保佑，終無靈應。有一天，馮母氣息奄奄地和兒子說：娘怎麼總感覺心慌……馮誌沂立刻意識到母親來日無多了，淚水忍不住流了下來。
十二月十三日早晨，老太太梳洗過後，便有想睡的意思，喃喃自語：胸脯憋得利害。當兒子從廚房把煎好的湯藥端到麵前時，看到老太太已經閉上了雙眼，任憑呼喚，也不應聲，遂卒，享年六十有三。
正值臨年逼節的時候，馮誌沂千裏迢迢把母親的靈柩運回代州，與父親合葬。母親溘然長逝，使他悲傷痛悼“幾至滅性”，長時間陷入無盡的哀思，直到出守廬州前，還與友人哭訴說：“吾幼不逮事吾父，獨與吾母相依者四十年，天下之最愛我者，莫吾母若也。”（《劫餘小錄序》）
就在馮母即將去世之前，吏部對京城的文武官員進行了所謂的“京察”，根據“才、守、政、年”四個字的考核標準，他都很優秀，名列京察一等，議敘以知府備用。宣布京察結果時，他已回了家鄉，為亡母守製。
清代的守製，就是遵守居喪製度的簡稱，也叫“丁憂”、“居憂”。須謝絕人事，做官的開缺職務，待在家裏守孝三年，實際為二十七個月。為亡母守製的這些日子裏，馮誌沂“閉門切掃”，欲以詩書為事來寄托哀思。可是，親戚朋友們免不了有探望的，求教儒業的，索書題字的，還有上門聊天的。幾年之後，他還追憶這段遠離市囂，清靜居憂的日子：
憶昨解官臥鄉裏，二、三鄰叟頻招邀。
山城六月不知暑，文窗四啟風刁騷。
北山之遊更奇絕，鬆聲怒湧錢塘潮。
軟紅一墜又三載，回首故山心鬱陶。
——《戲答雁峰》
北山，指的什麼地方？原來家鄉北麵的牛頭山上有座古刹——白人岩，據方誌記載：此地為東晉時期的高僧慧遠的演教道場，周圍峰巒競秀，古鬆密布，雜卉倚崖，鳥獸活躍。寺宇錯落有致，隱於溝穀。山上有試心石、棋枰石、說法台、七星泉、古南庵、玉龍宮、桃花洞多處景點。最為引人入勝的，要數月出東山時分，寺內傳出悠揚的鍾聲，聽了使人有超脫塵世的幻覺。州人謂之“岩寺晚鍾”，是代州的八景之一。
鹹豐六年（1856）四月初，白人岩廟會之日，街鄰陪他上了山，故地重遊，望中的山石奇景，雲霧縹緲，引發了他對這處淨土祖庭的一往深情，寺內住了兩天，寫下八首詩紀其勝：
一
勝地聞名舊，今來廿載餘。
言尋青嶂路，同叩白雲居。
不負平生約，如逢未見書。
相看成一笑，吾道在樵漁。
二
僧蠟八旬上，安禪甲子周。
須眉疑太古，糜鹿與同遊。
老樹昔親種，清陰今已稠。
不知白雲外，人事幾春秋。
三
洞口雲生處，縈紆似篆煙。
須臾成白地，咫尺失青天。
草露滴為雨，鬆風吹作泉。
試登高閣望，晴日滿前川。
四
一榻風雨上，四山雲氣中。
峰巒俄隱見，台榭入空。
澗樹籠逾碧，崖花洗更紅。
歸途不可見，吾欲馭長風。
五
殘滴簷間歇，微風木末來。
濕雲團作絮，峭壁淨無埃。