同治元年（1862），春節一過，打起精神繼續趕路，行前寄函給安徽巡撫賈臻，欲取得聯係。
賈臻，字運生，河北故城人，進士出身，散館授編修，做過監司、郡守。時任安徽布政使兼署巡撫，正率兵守潁州城。
乘舟順潁河東下，途中還算平安。約半月工夫，到得安徽潁州地境（今阜陽市），恰恰遇上清軍和撚軍打仗，營壘相屬，犬牙交錯，水路也封鎖了，隻好走陸路。就這樣，晝宿夜行，躲匪兵，避盤查，走走停停，耽擱了些時間。二月初，幸好碰到賈巡撫派的人迎接，才進入穎州城，與困守待援的賈巡撫見了麵。
馮誌沂的到來，賈巡撫在日夜焦慮不安中得到一個高參，而且還是居京時的詩友，大喜過望，更堅定了守城的信心。
潁州城扼皖北水陸要衝，撚軍、太平軍、苗匪軍都想占領之。此前一月，太平軍英王陳玉成兵據廬州，應當地的團練頭目苗沛霖邀請，派出以馬融和所率的太平軍與撚首張樂行三部聯合共攻潁州，不克，撤兵而去。
馮誌沂到了潁州不久，城區再次遭敵團團包圍。
太平軍、撚軍、苗沛霖軍，三路齊聚城下，殺氣騰騰，鼓角聲中，激烈的戰鬥展開了，“賊兵”冒著城上的矢石、滾木，號叫著架起百道衝梯，晝夜不停環攻。
馮誌沂早將生死置之度外，陪同賈巡撫誓眾登陴，協助督戰。戰鬥中，守城的全係地方練勇，不僅暴露出了軍事素質差的弱點，並且從中查出若幹混進的奸細。他及時向賈巡撫建議，務必挑選受過訓練的精壯之士扼要把守，年老體弱者，礪器械，運木石，救傷員。再選健卒，組成機動靈活的敢死隊，滴血誓盟，城亡與亡。賈巡撫采用了這幾招，果然大奏奇功。馮誌沂後來說：“皖撫提偏師，守危城，以抗百萬狼奔豬突之賊，（且）左右多賊間諜，卒能摧其機牙……”（《運生詩略序》）
攻守雙方相持了四十多天，直到三月中旬，欽差大臣勝保奉詔救援，“擊賊破壘，圍乃解。”
廬州那邊，清將多隆阿經三個月的苦戰，也將廬州攻克，太平軍英王陳玉成突圍逃遁，多隆阿無獲，惱羞成怒，下令屠城，凡投降者，通敵者盡皆斬決，屯集過義軍的民房、寺廟付之一炬。
可歎，突圍出去的陳玉成麻痹大意了，率數百騎逃到壽州（今壽縣），被剛剛還是盟軍的苗沛霖所部誘擒，獻俘於駐紮在潁州的勝保軍營。為此，勝保奏請朝廷下詔赦免了苗匪的罪，還給了個道員的官銜。
再看皖南，湘軍少帥曾國荃從湖南招兵買馬後，實力大大增強，揮師克複了蕪湖，乘勝進圍天京，士氣空前高漲。
皖北軍情稍紓，李羲鈞、馮誌沂等文武因協守潁州出力，“降諭，各各論功賞戴花翎。”事定後，他和某官員戲言：去年出都前，乩仙贈詩有“翠羽迷離”之句，看來應驗了。
潁州之役，欽差大臣勝保立了頭功，朝廷賞加他兵部尚書銜。部隊開進潁州，皖撫行營設宴犒賞有功將領，當眾多文武舉酒酣飲之際，勝保意外發現在座中的馮誌沂，立刻笑容可掬地近前與馮魯川先生攀談敘舊。第二天，把他接到城外大營，以特備的佳肴招待，席間，不停地推杯換盞，夾肉敬酒，大獻殷勤。應當說，州府級別的文官能受到欽差大臣的高看，必會主動倚附，冀望保薦升遷。他則根本沒朝那方麵去想，隻是勉強虛與應付。