廬州城（今合肥市）南臨巢湖，北通淮河，具有“淮右噤喉，江南唇齒”的軍事戰略地位。清軍和太平軍、撚軍多次在這裏展開激烈的爭奪。
城垣周長四千七百零六丈，底寬四丈，高兩丈，頂寬八尺，上築堞垛、望台。城門七座，水關兩座，城高池深，易守難攻，素有“鐵打廬州府”之稱。
進入廬州城，馮誌沂顧不上歇息，在屬官們的陪同下，連續幾天踏勘了這座戰火洗禮過的重鎮。先登上北門拱辰門，再繞到東門威武門，接著南薰門、西平門巡視了一圈。但見座座城樓欞欄摧折，磚瓦剖剝，城牆多處遭炮火轟擊，遍體鱗傷。
又去城外的鐵佛寺、教弩台、逍遙橋、包公祠以及西郊的大蜀山等古跡察看，都不同程度遭到破壞。
城區內幾乎成了廢墟，“官、民廬舍及祠廟掃地俱盡”，磚石瓦礫狼藉一片，這便是他上任伊始看到的慘狀。幾天來，茶飯無味，坐臥不寧，心情異常沉重。於是，急急下令，沿街道路口城門內外，四處張貼安民告示，並責成鄉兵警卒搭建臨時窩棚，安置亡散，著屬吏籌調糧糈，賑救餓殍，發動市民清除垃圾，掩埋暴屍。本人親自深入市井間，探訪撫綏，宵食旰衣，焦思勞瘁的擘劃亂後重建工作。
李文安、李鴻章父子在鹹豐之初回廬州辦團練，當地人都信從參加。廬州地區的鄉團武裝頭目，鄉民叫“圩主”，非地主即鄉紳，和李家有千絲萬縷的關係，李家在當地有一定的號召力；不過李文安早早於鹹豐五年病死在團練公所，這年兒子李鴻章應招於曾國藩軍幕，襄辦營務，負責起草文書。鹹豐十年，曾國藩奏薦鴻章“才大可用”，並派回廬州募勇擴軍。李鴻章以其幹練的才能，很快將廬州地區的鄉團兵勇糾合在一起，組成淮軍，以湘軍練兵方法，訓練淮軍，使淮軍迅速成為一支勁旅，那幾個圩主也成了李鴻章麾下的得力幹將。同治元年，領曾國藩之命，帶淮軍去了上海。
馮誌沂上任廬州，李鴻章已離皖半年。他去聯係沒有隨李鴻章去上海的圩主，想憑借李家父子在當地的聲望，扶植起這些有勢力的地主鄉紳來對抗太平軍和撚軍，保一方平安。結果大失所望，這些個“富家子弟”自恃有錢有勢，均以結寨自保圖存，太平軍來了互相聲援，太平軍走後自相殘殺，橫行不羈，武斷鄉曲，魚肉百姓，各地州牧縣令拿他們沒辦法。
馮誌沂在刑部多次聽李文安談過合肥名士徐子苓，既是朋友又是李鴻章的老師。於是遍訪徐子苓，結果在壽州找到了，兩人一見如故，徹夜長談，誠有相見恨晚之感。通過徐子苓的關係又認識了另一個名士王尚辰，經過倆人的聯絡，馮誌沂很快地結識了不少當地小有名氣的耆宿、開明紳士，依靠他們協助開展工作。
同治二年（1863）農曆正月，接到表外甥程鴻詔從湘軍大營寄來的信，得知程甥正在曾國藩麾下當幕僚。信中詳細敘述了兩人自京師離別十年間，安徽境內的兵烽苦況，還說：“馮師”到了廬州，自己根本不知道，當“撿函稿檔”讀了馮師給曾揆帥的信，“始知簡授廬郡太守。”
馮誌沂從外甥的信裏了解到，湘軍經過曾國藩多年的苦心經營，漸臻雄強，在其指揮下，於去年下半季，相繼克複了皖南的徽州、休寧、池州、銅陵，站穩了腳陣，接著把安慶、舒城、無為、桐城等州縣拿下，進而擴大了戰果。
此時的太平天國因內訌，政體嚴重受挫，而在李秀成、陳玉成幾個中堅將領的支撐下，軍事實力仍不可小覷。坐鎮安慶的曾國藩等待著最為有利的時機出擊，還不敢輕舉妄動。但是，抗不住朝廷三令五申的催逼，急得在軍帳內直打轉轉，攻克金陵的把握有多大？他在日記中如是說：“秦禍日烈，多公（多隆阿）不能遽了，袁、李（袁甲三、李續宜）皆將去位，長淮南北，千裏空虛，天意茫茫，竟不知果有厭亂之期否？”
曾國藩不愧為有戰略眼光的軍事家，深知攻打金陵，必須具備穩固的後方，精裝的兵馬，充足的糧草，各路將領的齊心協力諸多條件，而最擔心“長淮千裏空虛”的這根軟肋，如果稍有不慎，必會腹背受敵。