上任時間不長的廬州知府，一心想救民於水生火熱之中，不意再度從軍，抑抑於兵間。
來到淮肥軍營，唐義渠委派馮誌沂執掌軍需、章奏、文案等事。正好友人吳大廷也在軍幕幹文案工作。兩人自京師分別，已曆二年有餘，“他鄉遇故知”，分外欣喜。
吳大廷，字桐雲，湖南沅陵人，鹹豐五年登順天鄉薦，官內閣中書，在京師時遍結師友，詩文頗得王拯和馮誌沂的賞識。後於同治三年出任台灣兵備道。
軍營內，兩人“戎務之暇，朝夕談藝，相得益歡”。還互相把各自的詩文見示，互請作序，以為留念珍存。馮誌沂寫的《吳桐雲文序》中評之曰：“踔厲迅發如潮水驟至，排山嶽，浴虛空而不見沙礫，又如千裏駿馬，驀坡注澗，馳騁於羊腸蟻蛭之途而不失規矩……有得於陽剛之美者。”
吳桐雲欽羨馮誌沂的詩作“清峻超拔，脫口如生，絕無肮髒粗率之氣。”又說：“君資稟之高，不知有得、失之並，利害、禍福亦漠然無動於中麵。昌黎雲：‘苟可以寓其巧智，使機應於心，不挫於氣，則神完而守固，雖外物至，不膠於心’。若魯川者，庶幾近之，其能卓有成就，必傳於後無疑者。”
隻可惜光陰迅如白駒過隙，一個月頭上，兩人夜坐，吳桐雲心事重重地對馮誌沂說：“此間兵疲餉絕，人民流亡殆盡，間有存者，率皆圩寨林立，不知王章為何事，蓋亦極難處之地矣。”馮誌沂驚訝地急問：“莫非你想離開軍營？”吳答：“是的，很快就走。”
八月初八日，吳大廷“婉辭唐公，告歸省墓”。馮誌沂設饌餞行，作詩《送別吳桐雲觀察》：
我來君又去，況複未銷兵。
群帥虛前席，中朝熱盛名。
縱甘歸白發，持底謝蒼生。
獨客傷離索，無言對短檠。
吳桐雲離走後，他一直隨軍流轉，軍隊紮營，往往選擇在山地的隱蔽處，臨時搭建的營房，用薜荔遮牆，茅草蓋頂，加以偽裝。他和幕友們開玩笑說：這和我們北方的茅房（廁所）差不多。文職官員的辦公區還比較寬展，但也好不在哪裏，周圍亂草叢生，隔幾天就得芟除清理，以防毒蛇竄入，最討厭的是蚊子，撲打不散，叮咬得痛癢難耐。幕友們看他日漸消瘦的身軀，主張給另開小灶做點可口的飯菜加強營養。他婉謝說：前線將士浴血苦戰，我何忍在後方蔚藍天中享此清福？
有位幕友擅畫，贈給他一幅菊花圖，觀賞之餘，在畫上題了一首詩：
西風滿地亂蟲吟，露冷霜寒瘦不禁。
千載柴桑人寂寞，傍誰籬落又秋深。
——《題畫菊》
詩中以菊花自況，“露冷霜寒”比逆境，道出了自己逢時不祥，屈倚他人籬下的困厄。
秋九月，上諭僧格林沁率炮隊赴援蒙城，配合淮肥軍加速對苗沛霖集團的圍剿。皖北地區到處可見廝殺的戰場，軍營內氣氛緊張，人情洶洶。一日，當馮誌沂接連寫了幾道軍書，乘間抄寫黃山穀的詩時，警報突然傳至，軍卒恐慌地跑進營帳催他撤離，被拒絕，軍卒急著問：“賊若攻營，先生怎麼辦？”他回答：“抄詩。”又問：“營壘不幸失陷，又該怎麼辦？”複對曰：“我還抄詩！”軍卒不知，馮先生早就做好了隨時獻身疆場的思想準備。
再次從軍，使他深刻體會到反亂給天下帶來的無窮災難，在《漫興》詩裏寫：
一
唐朝左計召西戎，貽患千年苦未終。
隴阪腥臊連渭北，甘泉烽火照河東。
誰為陰雨綢繆計，但課焦頭爛額功。
今日黃流是天塹，防邊諸將漫匆匆。
二
蒲阪平陽古帝都，隻今溝瘠未全蘇。
天南烽火通三輔，海內金錢仰一隅。
大賈家貲空薄籍，疆臣長策在追呼。
還愁杼軸俱空後，虛費司農霹靂符。
淮甸何日才能廓清呢？就目前淮肥軍而言，充其量不過是地方部隊，建製不全，兵不耐戰，馮誌沂每看到己方部隊斬獲不豐時，就想起了兵強勢盛的湘軍，想起了叱吒風雲的曾揆帥。
從十月初開始，僧格林沁率軍先後攻克下蔡、壽州等州縣，其他清軍收複潁上，苗匪幫最終在十一月初，被數路清軍聚殲。
十月十一日，是曾國藩的生辰，馮誌沂寫了封信並附上四首詩《壽滌生相國》寄去，那詩曰：
一
十年兵氣黯潢池，半壁東南一木支。
諸葛自堪興禮樂，汾陽早已係安危。
欲摹日月誠知陋，競頌岡陵豈為私。
愧我心香虔久，未隨參佐捧華卮。
二
樓船楚尾下吳頭，千裏風煙百戰收。
明詔特開新幕府，元臣重奠舊神州。
良平計劃推蕭相，李郭勳名恃鄴侯。
綠野他年容侍飲，願將高詠繼韓劉。
三
天教耆德佐中興，列聖威靈此式憑。