（1）組織結構變動滯後
20世紀80年代初開始的農村體製改革，通過製度變革、調整農村生產關係、誘發農村經濟活動主體――農民的內在利益動機，一方麵實現了我國農村經濟的持續穩定發展；另一方麵也促進了農村組織結構的深刻變化。我國農村組織結構的變化，基本上產生於兩個方麵因素的影響：一是由於經濟增長和產業結構的變動（主要是非農產業的較快成長），需要與之相適應的組織來滿足其發展要求，因而它一方麵自發地發育一些新型的經濟組織，如與傳統的高度集中、責權利不明確的國有企業所不同的相對獨立的鄉村企業、私營企業和個體企業組織，主要為農民的農業生產提供技術指導和產品銷售服務的農民協會等；另一方麵，農村經濟的發展也在不同程度上促使一些其他組織改善功能，優化運行方式，如政府組織的減政放權、轉換工作職能、改變工作方法，銀行擴充業務內容、轉換經營機製等。農村組織結構變化的另一個力量來源於組織結構之間的相互影響和相互競爭。
一般來說，一個相對合理的組織結構應是組織之間功能分工比較明確、相對獨立又互為補充、互相製約的具有源源不息活力的製度係統。但是，在改革開放之前，幾乎所有的非政府組織都是完全或主要從屬於政府組織的行政領導，組織之間功能常無明確分工或者雖有職能劃分但無法完全行使各自的職權，各組織的運行目標和行為規範也很不明確，這種狀況在以前的農村更為明顯，當時農村的一切社會經濟生活幾乎完全或主要決定於地方黨政組織。
農村體製改革之後，首先是伴隨農民獨立生產經營者身份的確立或恢複，出現了一個相對新型農戶組織，由於農戶與政府之間的責、權、利關係基本上劃清了，它的恢複和出現，較先引起了農村基層政權組織――鄉政府的功能和運行方式的改變。在相對獨立農戶組織恢複的同時，由於獨立農戶內部和相互之間內在的過剩的勞動力供給與收入不足的矛盾，在外部條件適當的條件下，在農村出現了一種比較獨特的且具有充分活力的鄉鎮企業組織形式。鄉鎮企業的興起和不斷發展，在我國農村組織結構的變化進程中起了十分重要的作用。與一般的農戶組織不同，鄉鎮企業是一種完全獨立的具有法人地位的經濟組織形式，它的經濟行為完全或基本上服從於利潤最大化目標；同時，鄉鎮企業的經營範圍又十分廣泛，除了國家法律和政策禁止經營的極少數產品和活動以外，其活動範圍可以涉及幾乎所有的生產和服務領域。由於鄉鎮企業所具有的這兩個明顯特點，在其成長和發展過程中，通過不斷地與束縛或限製其發展的政府組織和其他經濟組織或非經濟組織發生摩擦、碰撞和競爭，鄉鎮企業或者取代部分其他組織的功能，或者促使其他組織在運行目標、操作方式方麵發生較大的轉變。
上述經濟發展與組織結構變動以及組織結構內部之間的互相作用，是以我國農村的一般狀況為對象加以描述和概括的。在目前經濟發展尚比較落後、農民收入還處於貧困線之下的貧困農村地區，由於產業結構分化與整合的速度與程度都遠遠落後於沿海發達農村地區和全國農村平均水平，形成經濟發展與組織結構變動滯後於其他區域的格局。
西部貧困農村地區的經濟增長，在改革之後曾經一度取得了比較顯著的成效。與發達農村地區相比，西部貧困農村地區政府組織職能轉變緩慢，鄉鎮企業組織發育受阻，金融組織陷於公平與效率的矛盾中。
以土地按戶承包經營為基礎的農村體製改革，使貧困地區的農戶獲得了對其資源的分配、使用自主權，他們的經濟行為漸趨合理，通過對其所支配的或短期可支配的土地資源、勞動力資源和其他經濟資源進行較為充分有效地利用和開發，在經濟改革的初期，較快地實現了經濟的增長。但由於區位條件和天賦資源的限製，貧困農村地區農業的增長不久就麵臨著新的困難。當發達地區的農戶憑借其優越區位條件、基礎設施和所擁有的較貧困地區更有利的經濟資源通過轉入非農產業，求得自身經濟與農業進一步發展的時候，貧困地區的農戶卻日益舉步維艱。相反，由發達農村地區經濟與社會發展變化所引起或產生的一些問題，如主要因發達地區需求增長引起的農業生產資料價格上漲、興起於發達地區集資辦學修路等，則無情地衝擊脆弱的貧困農村地區，使這些地區的農戶組織的經濟境況更糟。
在農村體製改革過程中，農村基層政府組織的權力和功能都不同程度地發生了變化。由於農戶組織的相對獨立，構成原來農村基層政權――人民公社基礎的生產小隊自然消亡，人民公社也被相應的鄉鎮政府所取代，其功能也由原來的直接組織和領導農村經濟和社會活動而轉變為指導、監督和服務。貧困農村地區基層政府組織的這一轉變與其他地區基本上是同步進行的，但由於隨後在發達農村地區出現的彌補政府功能轉換後對資源配置和經濟管理的市場組織與鄉鎮企業未能在貧困地區得到充分的發展，使貧困地區鄉村組織實際上不得不繼續扮演著配置資源、組織引導經濟發展的角色。可這種差別又無法使貧困地區的鄉村組織獲得與其所擔負的責任相應的權力和資源。他們也必須與發達農村地區的鄉村組織一樣承受地方財政包幹和其他各項與基層組織改革有關的作用力。結果在無外部資源（主要是財政資源、特殊政策）流入的情況下，貧困農村地區的鄉村組織隻能將其影響範圍縮小到與其所在區域內的權力和資源相對應的限度內，而無法顧及許多目前尚需其介入的領域，並且繼續沿用一些傳統的方式維係其組織的運行。但即使是這樣，鄉村組織仍是目前貧困農村地區經濟改革一個重要的有時甚至是決定性的影響力量。
貧困農村地區的鄉鎮企業本來就先天不足，起步較晚，並且麵臨著區位條件差、基礎設施落後和經濟資源短缺等諸多約束。而當其開始發展的時候，又遭到內外攻擊。一方麵麵臨宏觀經濟環境和先期起步的發達地區鄉鎮企業的限製與競爭，另一方麵又背上區內貧困這樣一個沉重的包袱。貧困農村地區的鄉鎮企業開始起步的時候，大多正遇上國家宏觀經濟過熱、原材料漲價、信貸規模控製等宏觀環境，加之已粗具規模的外地鄉鎮企業已經占據了產品的主要市場。在這種情況下，貧困農村地區處於繈褓中的幼稚企業，一部分夭折，一部分停頓，隻有一部分憑借政府的保護或另辟蹊徑（主要是選擇以當地優勢資源為基礎的行業或發展外地難以發展的高耗能產品）而生存下來。與不利的宏觀經濟環境同時並存的是來自區域內貧困的壓力，表現在兩個方麵：一是與政府一道分擔減緩貧困的社會責任，其中最明顯的是政府要求新創辦的鄉鎮企業所聘用的勞動力必須有至少20%來自貧困農戶，這種規定雖然對減少貧困可以起到一定的作用，但同時也使鄉鎮企業在勞動力的選擇方麵受到限製；二是由於貧困地區百業待興，而且鄉村組織的維持有時也麵臨著財政上的困難，貧困農村地區鄉鎮企業一旦辦起來，就需要交繳各種形式的攤派和社會費用，使其本來不利的競爭條件更趨惡化。由於以上宏觀管理和區域經濟環境的影響，貧困農村地區鄉鎮企業組織的發育非常緩慢，企業行為也不甚規範合理，投資和分配中的短期行為比較普遍，技術進步和產品更新被忽略，嚴重限製了貧困地區鄉鎮企業的進一步發展。
貧困農村地區的金融組織因其區域經濟條件的影響，一直陷於公平與效率的矛盾中無發展。作為商品經濟高度發展產物的金融組織本來是以效率原則作為其運行的基本準則的，但由於貧困地區金融組織所處區域條件的限製和長期形成的政府對金融組織行政幹預的不良習慣，金融組織通常也被要求承擔實現公平的社會目標。這有時就迫使金融組織對無償還能力或缺乏經濟效益的企業或農戶予以支持，影響銀行資金的正常運行，此外，受收入水平、管理製度和經濟觀念的影響，貧困地區金融市場發育程度低，銀行和用戶對金融價格（利率）的反應普遍比較遲鈍，金融組織對有效配置資源的作用不很顯著。
在過去幾年，貧困農村地區的合作組織也有了不同程度的發展。以行政村為依托的地域性合作組織――農民合作社，其建立的初衷是為了解決村內單個農戶不易解決或不能解決的產前產後服務問題。但由於其形成主要不是源於農戶的自願或迫切需要，加之這種合作組織與村民委員會過分緊密的關係（在大多數村是實行村民委員會與農民合作社機構合一的辦法），在實際運作過程中，農民合作社一般都未能發揮其預期的作用。存在於貧困農村地區的另一種形式的合作組織，是以產品開發為基礎的專業生產合作社，通常包括技術培訓、提供市場信息、產品銷售服務等比較具體的活動。這一類合作組織多是在農民具有比較明確的要求、由相應政府組織或商品營銷組織幫助建立起來的。專業合作組織多數都能在較大的範圍內（如鄉、縣）把從事某一產品經營的農戶聯係起來，借助相關官方組織的力量，進行技術培訓，提供市場信息和其他需要的產前產後服務。一般來說，自願組合的專業合作組織都能在某種程度上取得一定的成功。然而貧困農村地區的絕大多數專業合作組織，也隻是在一個較短的時期內比較活躍，無法保持其穩定性。其原因有三：專業合作組織多以某種商品需求率高並且在一個時期市場供不應求的產品開發為基礎建立起來的，當這類產品市場出現疲軟時，無論是組織者還是經營的農民都不再有興趣；而且貧困農村地區目前的專業合作組織的活動範圍，也主要局限於縣鄉之內，缺乏與外地同行業合作組織的必要聯係，無法形成一種積極的市場力量；此外，一部分專業合作組織的成立也並非完全基於經營農戶的自願，而主要是為了便於商業機構的購銷。