但周王室也不安寧。司馬遷寫道：“周惠王、周襄王的時候，司馬氏離開周王室到了晉國。”為什麼要離開呢？因為東周第五代國君周惠王姬閬（公元前676年—前652年在位）即位才二年，大臣奉釐王的弟弟王子頹作亂，惠王隻好出奔在外，公元前673年，在諸侯鄭伯等護送下，惠王才回國。東周第六代國君周襄王姬鄭（惠王的兒子，公元前651年—前619年在位）即位第三年，其後母弟太叔帶作亂，召戎人攻入王城，因秦國、晉國聯兵來救，叛亂首領太叔帶逃奔齊國。周襄王十六年（公元前636年），又有狄人侵入周王室，將太叔帶由齊國召回，立為周王，襄王出奔鄭國。周王室頻繁內亂，史官執掌朝廷機要，必然卷入其中而被牽連，天子都出奔在外，作史官的也隻好逃奔他國。
史官來到諸侯國到底不同一般。按當時的慣例，天子的史官來到諸侯國具有天子的使者的身份。因此，據《史記》記載，擔任史官的司馬氏逃到晉國後，立即動員和遊說晉文公（公元前636年—前628年在位）幫助周襄王平定王室內亂。晉文公就是前麵所說的公子重耳，晉惠公死後，在國外流亡十九年的重耳在秦國的支持下回國繼位，是為晉文公，這時剛登上晉國國君位置。晉文公是個有作為的雄主，後來成了春秋五霸之一。他登位後，獎勵有功之臣，招納賢士，對逃難來投的司馬氏，也能重用。他采納司馬氏的建議，於公元前635年發兵援救周王室，殺掉太叔帶，使周襄王回到王城，周亂平定。襄王為了獎賞晉文公，將河內地賜予他。
司馬氏雖然暫時定居晉國，但晉國也不是一個世外桃源，在晉文公統治下，晉國雖然強盛了一陣子，但自晉靈公以後，就內亂頻發，大夫可以隨意弑殺國君，而不受追究。後來韓、魏、趙三家大夫幹脆兼並掉其他卿大夫，瓜分了晉國。晉國滅亡了，皮之不存，毛將焉附？樹倒猢猻散，失去靠山的司馬氏子孫四處逃難，據記載，有的逃到了衛國，有的留在趙國，有的西行，到了虎狼般的秦國。
司馬氏有一個名叫司馬喜的人，頗有官運，先遷居衛國，後又到了中山國（都城在今河北平山縣），而且三次擔任該國的相。
不過近年來考古發現，中山國的相名叫司馬貯，這司馬貯和司馬喜究竟是同一個人，還是另外一個人，還待進一步考證。
司馬氏中，還有個名叫司馬凱的人，韓魏趙三家大夫瓜分晉國之後，他留在新建的趙國。司馬凱生了一個兒子，叫司馬蒯聵，又名蓋聶。這個司馬蓋聶是戰國時代屈指可數的劍術家。上文說到的著名刺客荊軻，遊曆趙國時，曾與司馬蓋聶討論使劍的方法。據一個魯國劍術家勾踐（不是越王勾踐）說，荊軻刺秦王之所以失敗，是因為劍術不精，又不虛心向勾踐等劍術名家請教，不然的話，秦王就刺不到他了。看來，當年如果荊軻能多向司馬蓋聶學習就好了。
司馬蒯聵生了個兒子，名叫昭豫，司馬昭豫生了個兒子，名叫憲，司馬憲生了個兒子，名叫卬，司馬卬武藝高強，在秦末群雄並起時，他參與起義，帶領趙國兵馬，跟隨自立為趙王的武信君（？—公元前208）作戰，屢次獲勝，並且強渡黃河，有搶先進入關中的勢頭，成了劉邦的有力競爭者，劉邦使用巧計，才得以先入關中，奪得頭功。由此可見司馬卬當時的實力不小。正因為他參與滅秦有功，項羽才破例封他為殷王，讓他以安陽為都城。不幸的是，劉邦任用千古兵神韓信，打出關中，趁勢將殷國滅了，司馬卬做為亡國之君，被迫尾隨劉邦攻打項羽的彭城，項羽來個反擊戰，劉邦的五十萬軍隊頓時瓦解，司馬卬臨戰不退，英勇戰死在彭城，成為楚漢相爭的犧牲品。但天意眷顧名將之後，時光過了四百年，漢朝的江山被權奸曹操的兒子奪了，建立魏朝，但魏朝十分短暫，曹魏的大將司馬懿一家又奪取了曹魏的江山，建立了晉朝，這個司馬懿就是司馬卬的後代。