司馬遷在《史記》中還向讀者透露了一個重大的秘密：秦始皇不是秦國皇族的親血脈，而是商人呂不韋的兒子。這是秦朝的重大機密在秦朝滅亡一個世紀後的解密。
《史記·秦始皇本紀》說：“秦始皇是秦莊襄王的兒子。秦莊襄王未登王位時，名字叫做子楚，他作為秦國的質子長期呆在趙國。有一天，看見呂不韋的小妾，很喜愛她，就娶了過來，作為自己的妻子，生下的兒子就是秦始皇。秦始皇於秦昭王四十八年（公元前259年）正月生於邯鄲，取名政，因生於趙國，故姓趙名政。趙政13歲時，莊襄王死去，趙政就被立為秦王，改名嬴政。”這裏說得含糊，沒有將秦始皇和商人呂不韋的父子關係完全點明。
《史記·呂不韋列傳》卻把這層關係和盤托出：
戰國時期，韓國陽翟（在今河南禹縣）有一個大商人，名叫呂不韋，因為善於賤價買下，高價賣出，家資累積千金。
呂不韋真正稱得上曆史上最大的投機商，他由投機商業轉而投機政治，他立意要用金錢買一個國家，當時有七個諸侯大國：韓、趙、魏、燕、楚、齊、秦。呂不韋看上了秦國，認為這個國家最強大，前景最好。他心中盤算：要購買秦國，先得用錢收買它的一個王子。當時恰好有一個名叫子楚的秦國王子在趙國邯鄲做質子，而呂不韋本人也在邯鄲做生意，於是呂不韋用金錢引誘，使子楚接近自己，進一步使其聽從自己的支配。
呂不韋將子楚完全控製在手中後，又大量使用金錢，使子楚成為秦國的太子，即王位的繼承人。後來子楚終於上台當了秦王，他讓呂不韋做丞相，封為文信侯，呂不韋在洛陽的食邑有十萬戶。
事情如果僅僅這樣，呂不韋花了不少錢，也隻買了一個丞相當。但呂不韋和子楚的關係還有更深一層的秘密。子楚當初在邯鄲時，看上了呂不韋身邊的一個歌女，跟呂不韋要，呂不韋假裝發怒，但最後還是將這歌女送給了子楚，其實這是他設下的一個計謀，因為這時邯鄲歌女已經有了身孕，呂不韋也沒告訴子楚。也巧，這個孩子晚產，十二個月才生出來，子楚就認為是自己的孩子，取名嬴政，就是後來的秦始皇。
子楚當了三年秦王，不明不白地死了，十三歲的嬴政陡然成了秦國的國君，呂不韋眼看著自己的兒子當了秦王，就自號仲父。他從此代嬴政處理國政，當上了實際的太上王。他用錢購買一個國家的計謀基本成功了。
但還沒有完全成功，這時呂不韋如果從自己的兒子手中奪取王位，自己當王，好像田氏代齊一樣，他的這個計謀才算完全成功。
然而呂不韋愛子之心太切，他讓嬴政繼續做秦王，自己甘願當兒子的臣僚，這就伏下了他日後覆亡的禍根。
原因在於那個現已成為太後的邯鄲歌女。她原是呂不韋的情人，呂不韋不願和她繼續勾搭，就找了一個名叫嫪毐的人做自己的替身，誰料到嫪毐和太後又生了兩個孩子。
於是一場宮廷政變發生了，呂不韋不想奪嬴政的王位，嫪毐卻想，他想趁嬴政行冠年禮之機殺他，讓自己的孩子登位，但嬴政已有防備，立即將嫪毐捕殺，同時將太後放逐。呂不韋和這事有牽連，也被迫自殺。這麼一來，呂不韋用錢買一個王國的計謀功虧一簣，落得身死名敗的下場。但後來統一了全國、成為秦始皇的嬴政是他的兒子，則很可能是事實。
以上是司馬遷記載的秦始皇“殺父逐母”的故事，看來，秦始皇也夠心狠手辣的，正是憑著這種心狠手辣、快刀斬亂麻的手腕，他才能在國內的政治鬥爭中奪得最高領導權；正因為他不是真正的王族之子，而是商人之後裔，才對周王室和六國諸侯沒有絲毫懷舊之情，在極短的時間內，將這些舊貴族的國家一股腦兒通通掃平。前幾代秦王本來也有力量一舉滅掉六國，非不能也，是不為也。這些老秦王仍然是舊格局的繼承者和維護者，沒有魄力創造一個嶄新的局麵。隻有秦始皇才有創新的魄力。從許多事件可知，秦始皇做事果斷堅決，麵對突如其來的危險，能沉著應付，一生遇到多次行刺事件，他都能安然無恙。在各方麵他都有超人的本領，他與那些退化守舊、軟弱無能、毫無作為的六國國王相比，真有天壤之別。隻有秦國才能統一天下，隻有秦始皇才能消滅腐朽的六國貴族。曆史賦予秦始皇這種偉大的責任，司馬遷在《秦始皇本紀》中將這種趨勢敘述得十分明白生動：“秦王續六世之餘烈，振長策而禦宇內，吞二周而亡諸侯，履至尊而製六合，執棰拊以鞭笞天下，威震四海。”