大禹的時代是公元前2140年左右，司馬遷的《史記》大約是武帝征和三年（公元前90年）前後完成的。其間相隔兩千零五十年，而我們今天離司馬遷的時代也有這麼久。司馬遷當時推想大禹時代的事跡，正如我們今天推想司馬遷時代的情況一般。相當古遠，隻能憑想象。當時對兩千年前的大禹治水已經產生了許多神話傳說，但司馬遷摒棄了這些神話，隻保留了其合理的部分，他以《尚書》的《禹貢》為藍本，在《史記》的《河渠書》和《夏本紀》中記錄了大禹治水的事跡。
司馬遷在《河渠書》的開頭就簡述大禹治水的事跡。《書經·夏書》說：
禹平治洪水十三年，經過家門都沒進去。陸上乘車，水上乘船，泥上乘橇，走山路乘山橋。他治水後劃天下為九州：冀州、兗州、青州、徐州、揚州、荊州、豫州、梁州、雍州。他順著山勢疏浚河川，因土地的肥瘠來決定貢賦。開通九州的道路，給九州的湖泊修築堤防，不讓其泛濫，測量九州的山勢。考慮到黃河泛濫成災，損害中國最厲害，於是大禹便以治理黃河為當務之急。從今天青海省的大積石山開始引導黃河，經過龍門山（今山西河津縣西北及陝西韓城縣東北），南到華山之北，折而東下砥柱山（在今河南三門峽市黃河之中），直至孟津（古黃河津渡名，在今河南孟津縣東北）、雒汭（古地區名，又名洛口，指洛河入古黃河處，在今河南鞏縣境內），到達大邳山（在今河南浚縣東南）。禹以為黃河的發源地很高，水勢湍急強烈，平地很難通行，多次泛濫，於是在大邳山一帶分黃河為兩支，以泄水勢。接著又向北把黃河引到高地上，經過降水（即絳水，是濁漳水的上遊，源出今山西屯留，東流入漳水），到大陸澤（古澤名，又名巨鹿澤，在今河北隆堯、巨鹿、任縣之間，今已淤積成平地）。為了減殺水勢，大禹把黃河分為九河（九河是黃河下遊許多支派的總稱，但據《爾雅·釋水》說是徒駭、太史、馬頰、覆釜、胡蘇、簡、絮、鉤盤、鬲津九條河），最後又彙合在一起，名為逆河，流入渤海。九州的大川既已疏通，九州的水澤已築好堤防，於是中國得到安寧，大禹的功績一直延續到夏、商、周三代。
司馬遷在《夏本紀》中詳細敘述了大禹治水的經過：
禹治水先從冀州（包括今天的山西、河北兩省的大部，河南省北部，遼寧省西部）開始。而在冀州的治洪、征賦等工作，是從壺口山（在今山西省吉縣西南）開始的，其次就是治理梁山（在今陝西省韓城縣東南）和岐山（在今陝西省岐山縣東北）。再其次是治理好太原（今太原地區的大片高原）這一帶地方，接著便施工到嶽山（今山西省的太嶽山）的南麵來。經過施工，在覃懷（古邑名，在今河南省武陟縣西南）這一帶，收到了好的功績以後，接下來便施工到橫流的漳水這個區域。冀州的土壤，色白柔細。所繳納的賦稅，在九州中是第—位，如遇歉收年，也居第二位，而田地的等級在九州中屬於第五等。常水（案：本為恒水，回避漢文帝諱故改為常水，源出恒山，在今河北曲陽西北）、衛水（源出今河北省靈壽縣，東入罅沱河）既已順從由黃河入海，大陸澤一帶就可以耕作了。居住在東北的鳥夷人進貢皮衣，冀州東北部的貢賦，都是從渤海中來，繞過右邊的碣石山（在今河北省昌黎縣北，位於渤海西岸），進入黃河。（案：此段末一句《史記》作“入於海”，然考諸《尚書·禹貢》，海，當為“河”字之誤。）
在濟水（發源於今河南省濟源縣王屋山，東流入海，古代為四瀆之一，現在下遊已為黃河所奪）和黃河中間的這一帶地方，就是兗州（在今山東省西北部和河北省南部，地域很小）：在這一地區中，黃河下遊的九條支流（據《爾雅·釋水》說是徒駭、太史、馬頰、覆釜、胡蘇、簡、絮、鉤盤、鬲津九條河）已經疏通，雷夏澤（在今山東省荷澤縣東北）也已經彙聚成湖泊了。雍、沮二水，一同流入該湖泊，適宜於種桑的土地，也都已養了蠶；於是人民都從丘陵上搬下來，居住在平地上。這地方的土地，顏色發黑而肥美，所以草長得很茂盛，而樹木的株幹，也長得很長。田地屬於第六等，賦稅居於第九位。大禹辛苦經營了十三年的漫長時間，才使得這一州的經濟情況和其他的州相同。這一州所進的貢是漆、絲，以及用筐子盛著的有花紋的錦繡，用船載著，由濟水入漯水（故道在今河南省範縣、山東省莘縣、聊城、茌平，經禹城流入徒駭河），再轉入黃河。
從東海到泰山這一帶地區是青州（在今山東省東部）：堣夷（地名，在今遼寧省境內）已經治理完畢，濰水（源出今山東省莒縣，東北流至昌邑縣入渤海）、淄水（源出今山東省萊蕪縣往東北流入小清河出渤海）這兩條河接著也疏通了。這裏的土地，顏色發白而肥美，不僅在海邊上有廣大可煮鹽的鹹地，就是這裏的田地，也一樣可煮鹽。（案：《史記》此段有“厥田斥鹵”句，王念孫《讀書雜誌》已證其為後人所加，今為保持其原來字句，故譯文如上。）田地屬於第三等，賦稅為第四位。這一州所進的貢是鹽、細葛布，以及各種海產，另外還有泰山穀中所出的絲、麻、鉛、鬆，以及奇形怪狀的石頭，萊夷（萊，地名，在今山東省黃縣，萊夷是當時的一個少數民族）從事放牧，用牧產作貢品，還有用竹筐裝著的山桑蠶所吐的絲。貢品用船載著，在汶水（源出今山東省萊蕪縣）上船，通往濟水。再轉入黃河至冀州。
東邊到海，北邊到泰山，南邊到淮水，這一帶地區是徐州（包括今山東省南部、江蘇省和安徽省的北部）：淮水、沂水（源出山東省沂水縣，經江蘇邳縣入泗水）既已修治，蒙山（在今山東省中部蒙陰縣南）、羽山（在今山東省郯城縣東北，即舜流放鯀的地方）開發後也可以種植莊稼了，大野澤（即钜野澤，在今山東省钜野縣北）已經聚滿了水，東原（在今山東省東平縣、泰安縣附近）一帶獲得了安定和繁榮。這裏的土地，顏色發紅，有粘性而且肥美，草木相互包裹著長得非常茂盛。這裏的田地屬於第二等，賦稅則居第五位。所進的貢品是五色土和羽山山穀所產的雉，嶧山（又名鄒嶧山，在今山東省鄒縣東南）南麵所產的獨生桐木，泗水（源出山東省泗水縣，西流經曲阜，南至濟寧入運河，又經鄒、滕入江蘇境，經宿遷、泗陽，至淮陰流入淮河）邊露在土麵上可以製磬的石頭，淮水下遊所產的蚌珠及美味的魚，以及這裏用筐子盛著進貢的黑綢和柔細的白綢，用船載著，由淮水，入泗水，轉入荷水。荷水即荷澤，故址在今山東定陶縣東北。再轉入濟水，通於黃河而達冀州。
北到淮水，東南到海，這一帶地區是揚州（包括今江蘇省長江南北地區、浙江省北部、江西省和安徽省的東部）：彭蠡（今江西鄱陽湖的古名）既已聚水成了大澤，於是就成了大雁冬天居住的地方。三條江水（案：三江尚無定說，也許是眾多水道的總稱，請參《史記索隱》）既已被疏通流入海中，因此震澤（今江蘇太湖古名）地區也就安定了。地上也已長滿了大大小小的竹子，這裏的草長而美，這裏的樹木，都是高聳的，這裏的土質濕潤，田地屬於第九等，賦稅居第七位，逢上豐年可居第六位。進貢的是三色銅、美麗的玉石、大小竹子、象牙、獸皮、鳥羽以及旄牛尾巴。海島中的夷人，他們的衣服，都是用草編織的。這裏用筐子盛著進貢的，是用美麗的小貝連綴成的巾，包裝起來進貢的是橘子和柚子。這些貢品，都是沿著長江、大海進入淮水、泗水的。再輾轉運抵冀州。