《史記》中的《孝武本紀》主要寫漢武帝怎樣為了尋求長生不老藥而受方士的欺騙。據考證，《史記》中的《孝武本紀》原稿被漢武帝下令削除了，今存的《孝武本紀》是續補《史記》的褚少孫根據《封禪書》剪接成的，但其原稿仍出於司馬遷之手。
促成漢武帝迷信長生不老的是各種各樣的方士，方士即“方外之士”，“方”指四麵八方，是現實的領域，“方外”就是超然於現實領域之外，方外之士不理世事，隱居山林，自稱發明了各種長生術，如煉丹、辟穀、導引等，由於這些方士生活在未受汙染的山林環境中，寧靜寡欲，用導引術健身，所以享壽較長，當時的平均壽命隻有二十歲或更少，而方士有些能活到古稀之年甚至期頤，就成了傳說中的長生不老的神仙。
曆代皇帝，都派人入山，將這些方士召來，向他們學習長生之術。方士的首項長生術是煉丹，即將汞、鉛等物質冶煉成一種丹藥，據說服用此靈丹妙藥可以長生不老，其實汞、鉛等都是劇毒物，漢朝以後許多皇帝和貴族都因服用這種丹藥而死亡。漢武帝時代，上文提到的方士李少君已經鼓吹煉丹了，他說，煉丹可以使丹砂化為黃金，用這種黃金製成飲食器，使用者可以延年益壽，益壽者就可以看到海中的神仙，看到神仙者行了封禪大典後，就可以不死。李少君這樣胡說了一番後，就病死了。因此漢武帝也沒有吃到他的丹藥，躲過了被毒死的結局。
漢朝的方士大多來自戰國時代的齊國，因為齊國瀕臨渤海，春夏之交可看到海市蜃樓奇景，其變幻無窮，使齊人產生海上有仙山的幻想。上文已經講過齊、燕等國君主以及秦始皇探尋海上仙山失敗的故事。而漢武帝仍做著探尋海上仙山的夢。
上古的統治者十分迷信，相信萬物有靈說，連漢文帝這樣的勤儉恭謹的模範皇帝也曾被一個叫新垣平的方士欺騙，但他一發覺這人是騙子，就把他殺了，這事在上文已經講述。從此以後，文帝不再熱心鬼神之事。他兒子景帝在位十六年，也保持不迷信神仙的態度。
漢武帝即位以後大不一樣，他年紀很輕就對鬼神之事有興趣。本書前麵曾兩次提到方士李少翁，他於公元前119年入宮行騙得手，被封為將軍。當時司馬遷二十七歲，已任郎中。漢武發現受騙後，殺了此人。但漢武帝沒有醒悟，繼續相信巫醫、方士之流。有一次，武帝從海濱返回，來到湖縣的鼎湖宮，他突然發病，而且病得很重，太醫令采用了種種辦法，他的病情也不見好轉。這時，一個方士對他說：“上郡有一個胡人巫師名叫檀何，他能讓一個名叫神君的神靈附在他身上。”
武帝連忙派人把檀何召來，安置在皇家獵場甘泉宮（陝西淳化西北），讓他主持祭祀神君。神君果然依附在檀何身上說：“天子不必為疾病擔憂，病很快會好的，天子可以到甘泉宮和我相會。”
於是，武帝拖著病體，從鼎湖宮迅速來到甘泉宮。在甘泉宮住下不久，他的病果然痊愈。便詢問諸方士：“神君是何方神靈？”
方士們告訴他說：“神君原本是長陵一個女子，先是嫁為人妻，生下一子，幾年以後兒子死了，女子痛不欲生，不久也無疾而死，化為神靈。她有一個妯娌，名叫宛若，祭祀她，她便附在宛若身上，說話的聲音和生前完全一樣。百姓經常前往宛若那裏請求賜福，十分靈驗。戰國時代的平原君也曾經侍奉她，後來平原君的子孫都很尊貴。”
武帝又問：“能否把神君請出來，與朕相會？”
方士答複說：“恐怕不行，即使檀何，也隻可以使神君附身。”
武帝便讓檀何住在甘泉宮內的壽宮，專門負責奉祀神君。神君每次率領眾神降臨時，人們隻能聽到她的說話聲。眾神來來去去時，人們倒是可以聽到沙沙的風聲。神君有時白天說話，但大部分在晚上。神君說的話，武帝還專門讓人記下來，加以供奉。
這種對神君的迷信，在武帝的晚年，使他陷入了殺子的悲劇，在心中留下了永不愈合的傷痕，促使他提前病逝。檀何借神君之口將武帝的各種老年病症都說成是中了蠱氣，而蠱氣最多的地方是太子的宮殿，證據是從太子宮中挖出大量用桐木製造的偶人。太子有口難辯，將武帝派來追查的巫師江充、檀何等人殺了。結果人們向武帝報告說：太子反了。鬧成父子交兵，死傷數十萬人，最後太子劉據自殺。這件武帝晚年的大禍事（被稱為巫蠱之禍），下文還要細講。