2001年6月28日，哥倫比亞特區聯邦上訴法院否決了傑克遜法官的判決，不過，維持了傑克遜法官有關微軟違反了反托拉斯法的認定。
2001年8月24日，聯邦主訴法院又一次把微軟壟斷案送回地方法院審理。
2001年9月6日，美國司法部宣布：將不再尋求對微軟實施拆分來糾正該公司違反托拉斯法的行為。
2001年11月2日，微軟與美國司法部達成庭外和解協議，隨後遞交給聯邦地方法院。
2001年11月6日，九個州同意接受微軟公司與美國司法部達成的調解協議，但其他州卻表示要把這場官司進行到底。
2002年3月，蓋茨夫婦基金會和卡特中心聯合代表團出訪非洲。代表團由比爾·蓋茨的父親老蓋茨和美國前總統吉米·卡特及其夫人羅莎琳率領，在為期一周的時間內，訪問南非、肯尼亞和尼日利亞。
2002年3月8日，Sun公司因微軟視窗XP操作係統不支持Java，宣布起訴微軟，索賠10億美元。
2002年4月22日，比爾·蓋茨在微軟訴訟案中第一次公開作證，提醒聯邦地方法官科林考慮九個州要求必然產生的惡果。其書麵證詞長達155頁。
2002年5月8-10日，聯合國大會兒童特別會議（the United Nations General Assembly Special Session，簡稱UNGASS）在紐約舉行。比爾·蓋茨應會議特邀在9日出席，做大會基調發言。在發表演講之前，比爾·蓋茨代表蓋茨夫婦基金會宣布，未來5年內向改善營養全球聯盟(The Global Alliance for Improved Nutrition，簡稱GAIN)提供5000萬美元的讚助。
2002年8月5日，微軟公司宣布：將在未來數周內開放其視窗操作係統的部分源代碼。
2003年，蓋茨訪問北京，與代表中國政府的中國信息安全產品測評認證中心簽署政府源代碼備案計劃協議，允許中國政府及其指定的備案單位以可控的方式查看微軟Windows的源代碼以及相關的技術信息。
2003年9月，蓋茨夫婦到津巴布韋考察資助項目時，特意出資請幾十名記者、攝影師隨行，媒體的報導引起有關政府的關注。此後，一些歐洲國家政府隨即響應，決定參與投資非洲瘧疾防治項目。
2004年8月25日，微軟宣布：微軟已經開始提供平板電腦最新版操作係統——Windows XP Tablet PC Edition 2005。用微軟自己的話來說：“向本公司預期的讓用戶將平板電腦當作筆記本電腦標準移動功能來使用的目標，大大地前進了一步”。
2004年6月末，比爾·蓋茨第9次訪問中國。
2005年1月25日，比爾·蓋茨和妻子梅琳達捐出7.5億美元幫助非洲兒童！
2005年3月2日，比爾·蓋茨與妻子梅琳達在白金漢宮接受了英女王伊麗莎白授予的英帝國二級騎士的徽章。
2006年3月10日，2006年美國福布斯“全球富豪榜”揭曉，微軟的比爾·蓋茨連續第12年成為世界最富有人士，他的淨資產由465億美元增至500億美元。
2006年4月18日，中國國家主席胡錦濤訪問了微軟的總部——西雅圖附近的雷德蒙德市。蓋茨和史蒂夫·鮑爾默會見了胡錦濤，並帶領胡錦濤主席參觀了微軟的“未來之家”。下午18點30分左右，胡錦濤出席了蓋茨在家中設的晚宴。
2006年6月15日，蓋茨宣布2008年7月將隱退，屆時將辭去首席軟件設計師一職，並不再參與微軟的管理事務。
2007年1月30日，Windows Vista已如約而至。蓋茨現在正忙著他作為首席軟件設計師的最後一件大事。
2007年3月份的《福布斯》雜誌再次將比爾蓋茨評為全球最富有的人，這是他連續13年獲得這一稱號。目前他的身價580億美元。
2008年6月27日，比爾·蓋茨正式退休，將微軟最為神聖的職位將交給雷·奧茨。之後，他將投身於他的基金會，但這並不表示他將對微軟不聞不問——他表示，隱退後仍然會關注微軟的發展，並在適當的時候提出建設性意見。