構建“比例適當，集散有度，收支合理，使用得當”的公共財政運行機製，是強化財稅監督，硬化預算約束，逐步建立穩固、平衡、強大的地方財政，有效預防和治理社會腐敗的根本保證。建立合理的財稅運行機製，重點要加大財稅製度創新的力度，而構建有效的公共財政收支機製，其核心是穩步推進稅費改革，實行國庫集中收付製度。
（一）加大財政體製創新的力度，建立合理的財稅運行機製
建立公共財政體製框架是根據我國政府轉變職能需要而提出的。市場經濟條件下政府的主要職能是：提供公共產品，保證社會穩定；按照市場經濟的要求，進行經濟管理；進行社會產品和國民收入的分配與再分配，提高人民的物質文化生活水平，實現社會福利的最大化。政府職能轉變過程中，有三個最主要的問題需要加以深入探討和研究：一是實行國有經濟的戰略性調整和產業結構的升級，政府的投資取向問題；二是競爭性國有中小企業推向市場和產業結構升級中，出現大批富餘職工下崗或失業，如何建立和健全社會保障製度問題；三是微觀主體與宏觀主體利益的重新分配和職能的重新調整問題。要解決政府職能轉變過程中出現的這些問題，我國財政必須由過去長期奉行的生產建設性財政轉變為公共財政，保證政府職能的實現。政府的職能決定了財政應逐漸減少在生產建設領域的投入，特別是競爭性領域的投資，主要是充分發揮市場對資源配置的基礎性作用，通過價格杠杆和競爭機製，把資源配置到較好的領域；要加大基礎設施建設、環保、生態建設和社會保障等方麵投入，保證政府行使其職能需要的支出。為此，一是要進一步健全和完善分稅製財政體製改革，在嚴格界定各級政府職能範圍的基礎上，科學劃分各級政府的收支範圍，由現在的“基數法”改為“因素法”，逐漸消除現行分稅製財政體製存在的不得已而為之的保地方既得利益的做法，調整中央和地方政府的收入劃分，實現責、權、利的科學匹配。二是要進一步規範轉移支付製度。中央財政對地方的各種補助、專項資金、地方需要解決的問題等應全部通過規範的轉移支付辦法來分配，並向西部傾斜。提高中央財政投資資金在西部地區的使用比例，充分發揮財政稅收的杠杆作用，引導和帶動各類投資主體對西部地區增加投資，逐步建立起財權與事權相統一的規範化的政府間分配關係，從製度上杜絕“跑部錢進”的問題。三是要糾正財政的“越位”和“缺位”，優化支出結構，將財政資金的供給範圍主要限定在國家機關及那些代表社會共同利益和長遠利益的非營利性的領域或事務，同時將不屬於這個範圍內的領域或事務逐步推向市場，由企業、個人興辦或由市場機製調節，為淡化“官本位”和減少“權力尋租”機會創造條件。
（二）穩步推進稅費改革，健全收入機製
長期以來，由於各種形式的亂收費、亂攤派、亂集資屢禁不止，加重了農民和企業的負擔，在一定程度上阻礙了經濟發展，危害了社會穩定。為此，要按照“減輕負擔、完善稅製、規範分配”的原則，積極穩妥地推進各項稅費改革，即以清理整頓各種預算外和製度外資金為基礎，使政府稅收、規費、使用費和與政府職能無關的商業性收費分流歸位的綜合性稅費改革。其實質是理順政府與社會收入分配關係和各級政府內部的收入分配關係。在稅費改革中，首先要求劃清政府職能，在此基礎上再決定以“稅”還是“費”的方式集中收入，保證政府各項職能的充分發揮。通過稅費改革，規範財政收支，統一財權，逐步建立起以稅收為主、收費為輔、管理規範、能夠覆蓋全部經濟活動的政府收入體係，將遊離於財政預算外、製度外資金納入到財政監督之內，接受廣大人民群眾的監督和製約。當前，要著力完善農村稅費改革試點，不斷積累經驗，為改革的全麵鋪開創造條件。在進行稅費改革的同時要進一步完善稅製。一是構築合理的稅製和稅負結構，使稅製結構有利於產業結構和投資結構的調整，使之與西部大開發的要求相適應。二是盡快建立能夠全麵反映個人收入和大額支付信息處理係統，建立分類與綜合相結合的新的個人所得稅製度，將工資、勞務報酬、財產租賃、經營所得等經常性的所得合並為綜合所得，采用統一的累進稅率，進行綜合征收。三是統一稅法，公平稅負。國家要采取措施，統一企業所得稅，統一房產稅，規範稅收優惠政策，培養和創建一視同仁的稅收環境，凡內資企業適用的稅種，外資企業統一執行。四是盡快實行增值稅轉型，在名義稅率不變的情況下，將“生產型”增值稅改為“消費型”增值稅，通過稅收政策，刺激投資，鼓勵資本密集型、技術密集型的高技術企業的發展。五是加大依法治稅的力度。首先，要盡快建立和健全稅收法律製度，做到有法可依；其次，要從征納兩方麵進行努力，既要依法納稅，又要依法征稅。財稅部門要加大稅法宣傳力度，增強對納稅人的服務意識，提高納稅人依法納稅的自覺性。在征稅過程中，要依據稅法及稅源實際情況收稅，避免下指標和定任務等行政性做法，嚴禁收人情稅、過頭稅。實現依法治稅的關鍵是要加強稅收製度建設，用法律約束征納雙方的行為，減少設租和尋租的機會，防止稅收征管中腐敗行為的發生。
（三）加大財政支出改革力度，建立健全財政支出機製
推進與社會主義市場經濟體製改革相適應的公共財政改革，有利於規範政府行為，提高行政效率，促進政治穩定和社會的安定。隻有盡快建立一個“結構合理，管理規範，約束有力，講求效益”的財政支出管理新機製，才能夠適應新形勢下從源頭治理腐敗的需要。當前，我國財政改革和創新的重點是推進部門預算、會計委派製、國庫集中收付製度、政府采購製度等財政管理體製改革，是為構築公共財政體製框架所進行的第二輪體製改革攻堅戰。
1.調整和優化財政支出結構
調整和優化財政支出結構，關鍵是按照公共財政的要求，堅持“一要吃飯，二要建設”的原則，以各級政府的職能為基礎，正確劃分支出範圍：一是重點保證行政管理、國防、外交、公安、安全、司法、監察等國家安全和政權建設支出；科技、教育、農業、文化、公共衛生、社會保障、扶貧等公共事業發展支出；水利、交通、能源、環保、生態建設等公益性基礎設施建設支出；以及對經濟進行宏觀調控等所必需的支出。二是大力清理和壓縮不合理的支出，逐步減少和退出對一般競爭性和經營性領域的財政直接投資，改為通過財政貼息等間接性和比較規範的財政手段，支持企業和經濟的發展。三是取消不規範的財政補貼。主要是取消一批不符合WTO規則和市場經濟發展要求的財政補貼，對確需保留的要實行規範的管理方式。通過財政支出結構的優化，壓縮創租乃至權力尋租的空間，從源頭上預防腐敗。