我國依法治國基本方略確立的同時，也提出了“推進司法改革”的曆史任務。隨著社會主義經濟體製改革的不斷深入和社會主義民主法製建設的發展，我國司法改革也在積極探索，雖然在機構設置、審判方式、組織人事製度、財政體製、管理體製及法官隊伍建設等方麵取得了明顯成效，但仍有很多不盡如人意之處，尤其是在實施西部大開發中如何預防腐敗方麵還存在很多問題有待進一步研究和探索。
（一）人民檢察院法律監督權行使中的缺陷，不利於防腐倡廉
我國的司法機關是指人民檢察院和人民法院。這是由我國國情決定的。人民檢察院擔負著偵查、起訴、監督職能，負責國家工作人員貪汙賄賂犯罪和瀆職犯罪等職務犯罪案件的偵查工作和所有公訴案件的審查起訴工作，並對公安機關和國家安全機關的偵查活動、人民法院的審判活動和判決裁定的執行活動是否合法進行法律監督。按照列寧的法律監督理論和前蘇聯檢察製度的模式，新中國成立之後便設立了人民檢察機關。1982年頒布的《憲法》第一百二十九條明確規定，“中華人民共和國人民檢察院是國家的法律監督機關”。這是我國檢察機關與資本主義國家檢察機關的重要區別，也是我國檢察製度的顯著特色，對於維護社會主義法製的統一和尊嚴具有極其重要的作用。但在具體立法上，人民檢察院的法律監督性質並未得到全麵體現，其監督的範圍僅限於訴訟領域，而在立法領域、行政領域對憲法和法律、法規的執行和遵守情況並無監督權。換言之，按照《刑事訴訟法》、《民事訴訟法》和《行政訴訟法》的規定，人民檢察院僅有權對刑事訴訟、民事審判活動和行政訴訟實行法律監督，因此人民檢察院實際上隻是一個訴訟監督機關，而難以成為名副其實的法律監督機關。此外，按照《人民檢察院組織法》和《刑事訴訟法》的規定，檢察機關有通知立案權、通知糾正違法權，但被通知機關不執行檢察機關的通知，檢察機關便束手無策，無權采取進一步的措施，從而也使檢察機關的監督流於形式。西部大開發中，檢察院如何充分行使其法律監督權就成為一個新的課題。
（二）審判權或檢察權行使過程中獨立性不強，嚴重妨礙司法公正，甚至直接導致司法腐敗
我國憲法明確規定人民法院、人民檢察院依照法律規定獨立行使職權，不受行政機關、社會團體和個人的幹涉。但由於人事、財政體製和工作機製上的原因，憲法規定的原則難於落到實處。
第一，按照人民法院組織法和人民檢察院組織法的規定，地方各級人民法院和人民檢察院的領導人員、審判員、檢察員以及審判委員會和檢察委員會委員均由本級人民代表大會及其常務委員會選舉或任命，但根據黨管幹部的原則，在上述人員提交選舉或任命前，須由本級黨委討論同意。同樣，上述人員的免職亦由本級黨委或其組織部門向人大提出。而政府的領導人員在本級黨委的組成人員中通常占大多數。因此，在地方黨委或政府實際上握有司法人員升降去留大權的情況下，司法人員就不願意冒丟“烏紗帽”的危險去獨立行使職權。
第二，地方各級人民法院和人民檢察院的經費列入本級政府預算，由財政撥給。在這樣的財政體製下，司法機關也不可能冒“無米之炊”或“少米之炊”的危險去獨立行使職權。
第三，我國縣級以上各級黨委均設有政法委員會，而且不少都由公安廳（局）長任書記，由法院院長或檢察院檢察長任副書記，或者由一名省（市、縣）委常委任副省（市、縣）長兼政法委書記，分管政法工作。在實際工作中，人民檢察院和人民法院遇有重大疑難或複雜的案件都要提交政法委員會，由其協調、研究並提出處理意見。因此，在這種工作機製中，要求人民法院和人民檢察院依法獨立行使職權，實際上受到很多製約。由於地方和部門保護主義對司法工作的幹擾嚴重，因此一段時間以來，一些案件審判質量不高，特別是少數經濟、民事案件審判不公，少數司法人員辦關係案、人情案、金錢案的現象十分突出。執行難的問題日益嚴重，從而引起人民群眾的強烈不滿，司法機關在人民群眾中的威信急劇下降，司法信任危機隨之產生和擴散。據有關專家調查，在對288名法官的問卷中，在“你認為我國憲法規定的依法獨立行使審判權原則的實踐程度如何”一問的回答中，選擇完全實現的0人，選基本實現的164人，占56.9%，選基本沒有實現的98人，選擇沒有實現的26人，兩項共占43.1%。可見，將近一半的法官認為憲法確認的司法獨立原則並沒有完全實現。有學者指出：
“權力的幹預與金錢的腐蝕，是構成當今嚴格執法和司法公正的兩大障礙”。
（三）某些權力缺乏製約和監督，為權力濫用和司法腐敗提供了生存空間
人民檢察院是國家法律監督機關，依法有權對公安機關和國家安全機關的偵查活動是否合法進行監督，但人民檢察院自己又對國家工作人員職務犯罪的案件進行偵查。雖然人民檢察院內部作了分工，但卻未起到製約作用。如反貪汙賄賂機構和法紀檢察機構分別負責貪汙賄賂案件和瀆職案件的偵查工作，審查批捕機構負責該類案件的審查批捕工作，審查起訴機構負責該類案件的審查起訴工作，各工作機構之間實現了一定程序的製約和監督，但該類案件的立案偵查（包括采取重要的偵查行為）、審查批捕和審查起訴一律由檢察長決定，重大案件還應提交檢察委員會討論決定。在這種情況下檢察機關的內部製約和監督很難說還有多少實際意義。又如，按照《民事訴訟法》的規定，人民檢察院有權對民事審判活動實行法律監督，其方式為最高人民檢察院對各級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，上級人民檢察院對下級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現有違反法定情形之一的，應當按照審判監督程序提出抗訴；人民檢察院提出抗訴的案件，人民法院應當再審。而對於人民法院的執行工作，則法律並未賦予人民檢察院以監督權，從而形成了監督的空白。這種不受監督的權力既會導致腐敗的產生，同時也會導致執行難問題的出現。法院自己審判自己執行，缺乏監督，沒有壓力，怎能雷厲風行地執行？因此執行難既有社會原因（如地方保護主義的幹擾和影響）和法律原因（如沒有“強製執行法”），也有體製原因。對此，應當引起我們的高度重視。