耶穌會士進入中國後，大力譴責中國人的許多宗教習俗，對山神河神、佛道神祇的崇拜以及佛教徒和道教徒的儀式都被明確界定為迷信。但在麵對祭祖和祀孔禮儀時卻遇到了麻煩。祭祖儀式中包括為代表祖先的牌位供奉肉、水果、絲、香料，並在屍體、墳墓或牌位前焚香點蠟燒紙，然後在家宴中分享供品。祀孔禮儀隻有士人參與，一種是獲得秀才功名的人在文廟舉行，一種是士人每逢初一、十五所行，這些禮儀中包含對孔子牌位叩頭和上香的行為。而在每年春秋還要對孔子進行大祭，在祭祀地貢獻犧牲、酒、絲等物，接著是宴饗。這些祭禮在天主徒眼裏幾乎具有了宗教祭祀的所有外表，因為它們包含獻祭、跪拜、祝禱等行為，而且那塊被稱為“靈位”的牌位很容易讓來自歐洲的天主徒想到，中國人認為祖先的靈魂棲居在這塊牌子上。利瑪竇亦不例外，他在中國的初期便認為這一切暗示著某些超自然的信仰，因而斷定祭祖祀孔禮儀屬於異教偶像崇拜行為，是打算皈依天主的人必須棄絕的行為。但是他很快又發現，如果禁止中國天主徒參加祭祖祀孔禮儀，那就幾乎沒人肯歸信天主。與此同時，公開反對這種禮儀甚至還會惹怒中國人，令傳教士再也無法立足中國。現實的困境迫使利瑪竇重新考慮中國禮儀的性質。
利瑪竇仔細觀察這些禮儀在中國人日常生活中的作用和含義，認真閱讀中國經典中有關禮儀的敘述，也谘詢他接觸過的各個層次的士人學者。他開始認識到，這些禮儀是中國社會秩序得以維係的基礎。祭拜祖先和過世父母對中國人而言是孝道的最大表現，而孝是中國儒家倫理的核心，誰若忽視這些禮儀就會不恥於其家族和國人，而要求中國天主徒與其家族和社會相隔離顯然不合情理，也有違利瑪竇的目標。祀孔儀式則是士人們不可推脫的職責，如果不履行，則既不能獲取功名也不得擔任官職，並且這一點具有法律效力。這樣看來，傳教士如敢完全禁止中國天主徒祭祖祀孔，就會被認為是在鼓動中國人脫離政府和社會，是在破壞中國的社會秩序和法律規範，承擔這樣一項嚴重罪名對傳教士意味著什麼可想而知。在不能完全禁止禮儀的現實前提下，又該如何理解它們呢？禮儀在日常生活中的法律規範效用和利瑪竇對儒學性質的認識啟發他賦予禮儀性質以新的解說。
在利瑪竇以儒學為嫁接天主教教義之載體的全套適應策略中，核心點是，儒學不是宗教，而是道德學說及士人的生活方式，並且其中的觀念和準則通過士人影響到大眾，成為維持社會良好秩序的道德及行為規範，並構成中國的法律基礎。既然如此，儒家倡導的祭祖祀孔禮儀也是這樣的社會規範體係之一部分，應該沒什麼迷信的跡象。為了論證這一觀點，利瑪竇又從禮儀的來源入手，正與他從源頭上來解釋“天”/“上帝”的涵義以及儒家學說涵義的思路一致。既然這些禮儀起源於堅持神不可知論的孔子，那麼研究這些禮儀在早期儒家作品尤其是孔子著作中的表現形式後，應該能發現它們的最初特征。而利瑪竇這樣研究後的結論是，祭祖祀孔禮儀的本質隻是表達敬意的世俗性行為。此外，中國學者、尤其是利瑪竇同時代的儒家學者對禮儀的嚴謹判斷是他確立禮儀立場的重要依據。按照中國學者的解釋，祭祖與祀孔既不要求也不期望從祈禱對象身上獲得任何非凡的介入，僅是秉持“事死如事生”、“事亡如事存”之意，希望對死者表示出最大的尊敬。而且這種解釋作為朱熹對儒家經典之闡釋的一部分，隨著朱子學說1552年以後被定為官學而在儒士中具有普遍約束力。這使利瑪竇進一步確信，知識階層對這些禮儀的規定和實踐都沒有宗教意味。
確定了對祭祖祀孔禮儀性質的基本認識後，利瑪竇並沒有忽略解釋禮儀為何看起來那麼像迷信這個問題。他的解答是，這些禮儀在歲月變遷中被超自然或迷信的錯誤信仰所汙染，因此在部分士人和民眾中可能存在宗教性的祖先膜拜和上供行為，但這本來就被中國的有識之士斷為錯誤舉止，因此不影響禮儀的本質，並且恰恰需要通過恢複可被天主教認可的、禮儀在經典中的原始含義來糾正。顯然，這一思路是利瑪竇宣揚的通過天主教義幫助中國人重新認識古籍之真實含義的思想之一部分。1603年12月，利瑪竇經過20年的觀察研究之後，做出了具有曆史性意義的對中國禮儀的決議，其基本觀點是：（1）遵守中國傳統的尊孔禮儀；（2）認為中國人祭奠祖宗的儀式“大概”不是迷信，因為這些儀式並不能視為有明顯的迷信色彩。這一決議得到範禮安及其顧問們的讚同，從而成為耶穌會士在中國工作的一個指導性文件。
但是很明顯，利瑪竇對中國禮儀性質的認識與他的全部適應策略一樣，具有權宜性質，是針對中國社會對外來事物的強大排斥力、中國文化的高度獨立性以及傳教士所處的不受保護的脆弱地位而做出的妥協舉動。他並非真的相信禮儀是純潔的，所以他對祭祖禮儀是否迷信最終有所保留而使用了“大概”一詞，並且補充說既然帝國法律要求執行這些禮儀，天主徒就可以參加祀，而且還提出了一些參加祭祖禮儀的限製條件以幫助天主徒區分迷信與非迷信。至於中國的祭祀禮儀本身，盡管理學家們努力賦予它們無神論性質，但無論是其古代起源還是其現實含義，都包含著宗教意味，在普通民眾中尤其如此。中國的祭祖禮儀源於原始社會的圖騰崇拜而非孔子，盡管它們在孔子時代已大大世俗化，並且孔子對其加以新的解釋而把它們塑造為培養孝道的手段，但既然這些禮儀的形式保留下來，其中的原始圖騰崇拜含義並不會完全消失，更何況這種宗教性含義還會被後來彌漫中國社會的各種神靈崇拜所加強。這樣的涵義，任何一個要為自己的宗教爭取特出地位的信仰者或傳教士都不會感覺不到。而且，在討論“上帝”觀念時被利瑪竇極力排斥的“無神論”理學思想，在談論禮儀性質時又被利瑪竇所援引，被利瑪竇刻意區分的古儒和今儒在這個問題上似乎被他統一起來，這也充分表明利瑪竇製訂禮儀政策時首先關注傳教區生存問題的策略性考慮。