閻當1693年頒發的訓令並沒有如他所斷定的那樣使福建的所有傳教士和天主徒步入正軌和正統，卻在執行中遭遇耶穌會士和天主徒的雙重抵抗，耶穌會士以質疑閻當的權力為由不予聽從，天主徒則因害怕禮部的製裁而反抗閻當。被果阿大主教任命為福建副主教的耶穌會士穆若瑟因為這些紛爭而被迫在1693年自行引退並離開福建。大約這之後一段時間裏，耶穌會士在福建暫停活動，這給在禮儀之爭中站在耶穌會士一方的福建士人天主徒帶來了更多困擾。
嚴謨等六名教徒1695年秋天聯名給穆若瑟的書信《草稿》，正體現了深深卷入禮儀之爭的天主徒在耶穌會士敵對方強勢政策下的進退之境。此信是為遭受閻當迫害之事請求耶穌會士的幫助。當時嚴謨所在的漳州，教堂由多明我會士本塔略（Magino Ventallol）掌管，本塔略一定要嚴謨承認他在1670-1680年代寫的《李師條問》是錯誤的，否則不得參加教會生活，也不為之行告解。嚴謨之侄嚴默覺病重，切欲行臨終告解，以求一生信仰能夠結果。然而本塔略要求嚴默覺針對以前與嚴謨合作的有關中國禮儀的著作，自駁其錯，以補贖罪過，否則不為他告解。嚴默覺不得已而從之。嚴謨在信中講述了這一情況，請穆若瑟針對這類問題趕快想法解決。否則他自己日後也處於嚴默覺這種情形時，同樣會受到本塔略或其他人的要挾而進退維穀。這封信表明了由耶穌會士培養起來的福建天主徒與傳信部的代表之間的緊張態勢，也表明了這批天主徒在耶穌會士離開之後精神生活無人照料的窘境。所以嚴謨等人最希望的是穆若瑟盡快回到福建。與此同時，嚴謨在禮儀問題上堅持原來的觀點，在信中表明侄子的觀點不代表他的觀點，還隨信附上《辨祭》數條，繼續補充他以前所寫的《辨祭》一文，以備進一步爭論之用，也為防止有人用嚴默覺的自駁之語來詰難他。嚴謨在日常處境如此窘迫的情況下依然堅持對中國禮儀的立場，也從一個側麵表明上文所分析的，中國士人之維護禮儀和耶穌會士之維護禮儀在根本意圖上有明顯差異。
在嚴謨等人這封信之後，有證據表明福建天主徒與閻當派的紛爭日益激烈，重回福建的耶穌會士也繼續對抗閻當。福建教徒曾向南京主教、耶穌會士羅曆山（Alessandro Ciceri）抗議閻當的行為，這應當是在1696年秋天以後。閻當在1696年被教廷授予科農（Conon）主教之銜，因此1700年3月14日由北京主教伊大仁（Bernardino Della Chiesa）在浙江嘉興的耶穌會士教堂為其主持主教就職禮。當閻當返回福州後，發現剛來福建工作不久的耶穌會士駱保祿（Giampaolo Gozani）和楊若翰（Jo?o de Sáa）不禁止福州教徒參加祭祖禮儀，於是閻當在4月1日停止這兩位耶穌會士的傳教工作。這一禁令導致福州教徒在4月18日公開反抗閻當，據說是在閻當做彌撒時襲擊了他，至少他們不再去他的教堂參加禮拜。到5月22日，閻當在教徒的壓力下被迫為他管轄權之下的耶穌會士恢複職權。除了這件事之外，1699-1701年間，福州教徒始終要求閻當在他的教堂懸掛“敬天”牌匾，並大約在1700年6月就閻當的行為向福建行政長官告狀。至於在穆若瑟離開之後就強烈反對閻當訓令的漳州教徒，到1700年時已經有好幾年不參加聖禮了。