耶穌會在進入遠東之初就力圖壟斷這片地區，他們曾利用與教皇的親密關係阻撓托缽修會來遠東爭奪。1585-1632年間，托缽會士們實際被排除在遠東傳教區之外，直到1633年2月之後，托缽修會才得以徹底擺脫法律限製並陸續進入中國。但從在華成員、活動範圍、傳教成果諸方麵來衡量，遲到半個世紀的托缽修會實在難與耶穌會抗衡。耶穌會士的壟斷企圖早已令其他修會不滿，借壟斷在中國取得的既有優勢更會讓他們嫉妒。托缽修會有很長一段時間在中國立足困難，無論有多少具體原因，最後似都可歸結為他們的身份。最早來華的方濟各會士和多明我會士作為接受西班牙保教權庇護的傳教士，既遭擁有東方保教權的葡萄牙人阻撓，又遭與西班牙政府不合的耶穌會排斥，而他們自身與耶穌會士在修會宗旨和傳教觀念上的分歧無疑會加劇矛盾。
1585年1月28日，教皇格利高裏十三（Gregory XIII）應耶穌會遠東視察員範禮安之請發布通諭，禁止耶穌會以外的其他修會進入日本和中國，以避免修會間的爭鬥幹擾耶穌會士執行適應策略。但1586年11月15日，教皇西克圖斯五世（Sixtus V）就廢除前任的命令而準許方濟各會士去中國，克萊芒八世（Clement VIII）在1600年12月12日又進一步放寬限製，準許其他任何國家任何修會的成員進入中國和日本。然而葡萄牙政府卻憑借保教權而幫助耶穌會士在事實上繼續保持在遠東的壟斷地位。由於保教權要求非葡萄牙籍傳教士赴南亞和東亞必須經由裏斯本和果阿，葡萄牙政府便可藉此用拒發通行證的方法阻止西班牙保教權下的傳教士進入東亞，致使1600年的教皇準許令流於空文。所以直到1633年2月22日教皇烏爾班八世（Urban VIII）發布通諭準許所有修會和宗教團體任意選擇路線進入遠東，這才真正在法律上解除了托缽會士赴遠東的障礙。然而即使如此，西班牙保教權下的傳教士到達日本和中國依然困難重重。由於保教權限製，西班牙人到遠東隻能走西班牙——墨西哥——菲律賓這條航線，但該航線路途艱險，旅客傷亡慘重。1642年荷蘭人將西班牙人逐出台灣，西班牙人失去了菲律賓與中國本土間的這個中轉站，無異於雪上加霜。從澳門進入中國對西班牙人而言幾近異想天開，即使西班牙統治葡萄牙本土期間，葡萄牙人也堅決獨占澳門並以強硬姿態將西班牙人排除在澳門貿易之外，1640年葡萄牙擺脫西班牙控製後，澳門葡萄牙人對西班牙傳教士的敵視則變本加厲。
耶穌會與西班牙政府的恩怨則要追溯到耶穌會創立之時。當耶穌會創始人聖依納爵·羅耀拉的《神操》（Spiritual Exercises）一書問世後，自視擁有絕對權威並在實際上服務於西班牙皇室的西班牙宗教裁判所判定，該書與遭裁判所譴責的西班牙神秘主義早期形式有關。耶穌會士通過宣稱絕對效忠教皇而與教皇建立起直接和特殊的聯係，這尤令西班牙裁判所嫉恨，因為這意味著耶穌會不打算服從西班牙宗教裁判所和西班牙王室。為了這些原因，在耶穌會成立初期，裁判所的西班牙多明我會士就曾掀起一場以促使耶穌會士服從的迫害運動，雖然沒有成功，但多明我會士和西班牙人與耶穌會士之間從此結下芥蒂。