1991年底，蘇聯解體為15個獨立國家。12月27日，中國承認俄羅斯聯邦，並承認其繼承前蘇聯在聯合國安理會的席位。同時中國政府希望與俄羅斯在和平共處五項原則基礎上，繼續保持和發展友好合作關係。
1992年12月，葉利欽總統訪華，與中國領導人就發展中國與俄羅斯兩國關係進行了深入全麵的探討。雙方一致認為，盡管中俄兩國關係過去出現過一段僵冷的歲月，但兩國之間有著相互合作的悠久傳統，人民之間有著深厚的友誼，同時中俄雙方漫長的共同邊界、雙方的民族利益、世界範圍內的地緣政治利益，以及兩國共同麵臨的發展經濟的嚴重任務，都要求兩國建立牢固的睦鄰友好、互利合作關係。雙方相信，隻要雙方本著互不幹涉內政、尊重各國人民的選擇、平等互利等原則進行各方麵的合作，中俄兩國關係一定會有良好的前景。
葉利欽總統特別強調，中國與俄羅斯兩國關係被人為地疏遠的狀態已經過去，“新紀元”已經開始，關於中俄雙方開展經貿合作問題，兩國領導人均認為，合作潛力很大。葉利欽總統甚至認為，“很難找到一個（中國與俄羅斯）雙方不能合作的領域”。
兩國一致同意，將在經貿領域展開全方位的、即政府之間、地方之間和企業之間的全麵合作。葉利欽總統訪問中國期間，雙方簽訂了一係列的合作協定，其中有關經貿領域的協定有：科技合作協定、和平利用原子能科技合作協定、1993年至1994年經貿合作議定書、在中國合作建設核電站及俄方向中方提供國家貸款的協定、中國向俄羅斯提供商品的兩個政府貸款協定、國際汽車運輸協定、中國科學院與俄羅斯科學院合作協定、在中國合作建設火電站的協定等。1993年中俄雙邊貿易額由1992年的50億美元增長到76.79億美元。
自1993年始，中國與俄羅斯兩國元首、總理、外長等高層領導互訪不斷，政治關係日益密切。1994年江澤民主席訪俄羅斯期間與葉利欽總統就建立麵向21世紀的中俄建設性夥伴關係達成共識。1996年中國、俄羅斯、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦等五國共同簽署了五國成立“上海合作組織”的協定，擬在各國邊境安全方麵加強信任與合作。但是1994年至1998年中國與俄羅斯兩國經貿關係卻徘徊不前：1994年中國與俄羅斯的雙邊貿易額隻有50億美元，回落到1992年的水平；1995年略有回升，為54.63億美元。為促進中國與俄羅斯的經貿關係的發展，兩國決定雙方的經貿合作開始向高層次、大項目合作方麵轉化，在能源、航天航空、機械工業、農業等方麵展開合作，並確定在20世紀末把貿易額提高到200億美元。1996年雙方貿易似乎發展勢頭良好，達到68.5億美元，但1997年又降至61.2億美元，1998年夏重新回到50億美元。
中國與俄羅斯的經貿關係出現挫折的主要原因：一是邊境貿易管理不嚴，大量假冒偽劣產品流入俄國，損害了中國商品的聲譽，俄方大幅度減少了對中國產品的進口。二是1997年亞洲金融危機影響到俄國，俄政局在1998年也出現某種動蕩，而中國1998年發生了空前嚴重的水災，經濟上蒙受了重大損失。
在雙邊貿易陷入低潮時，1999年2月，朱?基總理訪問俄羅斯，同俄總理普裏馬科夫就擴大經貿關係舉行了會談。這是自1997年中國與俄羅斯兩國政府首腦建立定期協定機製之後的第四次定期會晤。在這次會談中，雙方都努力挖掘擴大經貿關係的潛力，取得了滿意的成果。
首先是就擴大能源動力領域的合作達成了11項意向性協議，其中比較重要的協議有：關於鋪設從伊爾庫茨克州的科維京斯克氣田到中國的輸氣管道協定，這條管道建成後，可使中國在30年內每年得到不少於200億立方米的天然氣；關於增加從東西伯利亞向中國出口電力的框架性協定；西方還打算鋪設從西伯利亞至中國的輸油管道，以擴大俄羅斯向國的石油出口。
其次是擴大地區性合作，簽署了遼寧省與巴什基爾州、吉林省和濱海邊疆區、上海市與阿穆爾州、新疆與阿爾邊疆區等四項地方合作協定。
最後是消除了過去執行協定中的某些障礙，敦促雙方履行在建設連雲港核電站的義務等。
兩國總理還簽署了有關改善中國商品在俄羅斯消費者心中形象的協定，其具體措施有：在俄羅斯開辦兩家中國高檔商品超市，建立中國商務中心，中俄合資生產現代電話交換機，在俄羅斯組裝中國電視機和空調機。這次中俄政府首腦會晤為兩國經貿合作開辟了良好的前景。
1999年以來，中國與俄羅斯的貿易連續四年保持了穩定增長勢頭。2002年中俄雙邊貿易額達到119.27億元，實現了曆史性突破。
從貿易結構來看，中國以勞動密集型商品為主，包括紡織、服裝和輕工業品，近年來機電產品有所增加；俄羅斯以資源密集型為主，包括石油、天然氣、木材、鋼材、化肥及其他化工產品。隨著雙邊貿易的發展，兩國在相關的貿易服務體係，如金融、保險領域的合作進一步擴大。中國銀行、中國工商銀行相繼在俄開設了分行，並與俄羅斯對應銀行建立了代理關係。兩國邊境地區的商業銀行相互之間也建立了代理關係。中國出口信用保險公司已開展了對俄出口和投資的保險業務。