2003年，日本政府又修訂了農作物保險的製度，擴大了農作物保險承保方式的選擇範圍。
二、日本的農業保險的特點
與北美地區不同，日本的農業（農作物）保險是強製性的，其體係由三個部分組成。它們分別是農業共濟組合、農業共濟組合聯合會和農業共濟再保險特別會計處。
農業共濟組合以村鎮為基礎建立，強製性吸納周圍達到標準的農作物生產者為會員並參加保險。成為會員的條件是可保農作物的麵積大於0.3公頃。農業共濟組合的主要工作是與其成員簽訂保險合同，收取保費，評定被保作物的損失以及給投保生產者支付賠償。此外，農業共濟組合還參與其所在地區的防災工作，如發放藥品、器材、工具等。
農業共濟組合聯合會以縣為基礎建立，縣內所有農業共濟組合都是其成員。農業共濟組合聯合會接受其成員的分保，幅度為20%到50%。另外，農業共濟組合聯合會還有義務向其成員提供防災幫助。
農業共濟再保險特別會計處主要接受農業共濟組合聯合會的再保險。當農業共濟組合聯合會的賠償超過一定數額，超過的金額部分由農業共濟再保險特別會計處解決。
日本政府和農業共濟組合聯合會還一起設立了農業共濟基金。當農業共濟組合聯合會的賠償準備金不足以應付災害時，由農業共濟基金向農業共濟組合聯合會提供資金。
另外，根據各地區情況，可以將農業共濟組合和農業共濟組合聯合會的功能合並成為“特定合作社”，從兩個層次開展保險業務。目前，熊本縣、神奈川縣、福井縣以及東京都采用了這種兩個層次的製度體係。
日本由於災害頻繁，其農業（農作物）保險的風險大，危害損失嚴重，風險測定困難，道德風險不易控製。日本農業（農作物）保險在其發展過程中積累了大量的經驗，主要有：
1.以立法保障來保證農業（農作物）保險。日本農業（農作物）保險的製度體係依賴於法律法規的約束，其立法的約束作用比一般的商業法律法規要強得多。日本政府曆來重視農業（農作物）保險相關法律的建設，這為日本農業（農作物）保險的運作提供了有力的製度保障。
2.政府對農業（農作物）保險給與資金支持，如營運費用和保費補貼。這一點與北美地區相似，甚至可以說是國際上農業（農作物）保險開辦比較成功的國家，政府所給與的支持力度都很大。日本政府也是在進行大規模的財政補貼之後，其農業（農作物）保險才開始迅速發展。另外，日本政府對農作物生產者提供保費補助，且保險費率越高國庫補貼就越多。
3.日本的農業（農作物）保險具有可靠的保險精算體係。保險金額計算和保險費率厘定是農業（農作物）保險中兩大技術難關，它們直接影響到農業（農作物）保險的運營效率。目前，日本有了先進完善的數據統計體係，積累了各地區的相關資料，並形成了比較完善的統計係統，為保額、補貼、保費的厘定提供了可靠的精算基礎。
4.日本的農業（農作物）保險具有很大的強製性。日本政府規定，達到一定經營規模的農作物生產者都要強製加入農作物保險（可保作物種植麵積0.3公頃以上）。這是由於日本農場的規模相比北美地區都很小，如果沒有強製性的規定，農業（農作物）保險無法保證投保人數，從而保險難以順利開展。
2000年，日本農業（農作物）保險共收入保費1459億日元（包括日本政府補貼），共309萬農作物生產者參加農作物保險，投保總額為30094億日元（以農作物為主）。相比1985年，投保總額約減少5000億日元，這是因為日本農業整體規模有所下降所致。盡管如此，日本農業（農作物）保險在一般年份還能略有盈餘。