同年，農作物保險計劃采用了一種可選擇土地產量保障程度的方案。這使該計劃對於生產者變得更加靈活，因為生產者可以根據自己的實際情況來選擇產量保額。計劃規定，對於1500公斤的水稻，生產者可以在2萬、3萬、4萬、5萬和7萬日元中選擇保額。不過由於一些原因，一般由地區的農業共濟組合來為該地生產者選擇保額。
1963年，日本政府又對農作物保險相關的法律進行了修訂。保險費率製定等事項由原來的都道府縣為單位，改為由合作社為基本單位，擴大了合作社的責任範圍，並放寬了農業（農作物）保險的強製加入範圍。同時，可保農作物的保險價值提高到了政府規定價格的90%。如果生產者耕種的作物全部損失，那麼他最高可以得到土地正常產量價值的63%。
隨著日本經濟的發展和環境的變化，日本的水稻產量迅速增加，農作物生產麵臨的風險不斷減少。同時由於城市、村、鎮的整體化使農業共濟組合的規模日益擴大，農業共濟組合有能力為其會員提供多於過去的保障。1963年後農業共濟組合承擔的保險責任由原來的10%增加為50%到80%。相應的，農業共濟組合聯合會的保險責任從原先的90%下降至50%以下。這個變更的優點之一是增加了農業共濟組合留存的資金，使得農業共濟組合可以在防災、減災上有更大的作為。此外農業共濟組合的運營也更具靈活性，比如可以在多年沒有損失的情況下，給農作物生產者退還一定比例的保費，這樣無疑減少了道德風險，對生產者也更有利。
1966年，日本政府修改了家畜保險製度，新製度采用以戶為單位的承保方式，這樣減輕了對國庫的保費負擔。
1967年，農作物保險的費率計算也有了調整。新費率的製定建立在農業共濟組合收集的全國統計資料之上，損失率及其變化變得比以前精確。
1971年，保險計劃的參與可以以農場為單位，農作物保險根據農場的產量來計算損失並進行補償。在該方案中，保險標的的最高保額增加到農場正常產量的72%，等於一個農場中農作物保險價值的80%（保險價值已經從過去政府規定價格的70%提高到90%）。農業共濟組合的成員經全體會員開會討論，共同決定是否參與該方案。如果耕地種植的農作物全部損失，以農場為單位的保險得到的賠償可以高於以地塊為單位的保險。當土地產量低於正常產量的80%時，農作物生產者就可以得到賠償。因此，以農場為單位的保險計劃可以在重大災害時比以地塊為單位的保險計劃更好地保護農作物生產者。不過相對的，當災害情況不是那麼嚴重時，農場為單位的保險計劃對於農作物生產者提供的賠償會少於以地塊為單位的保險計劃的賠償。這是因為一個農場會有很多地塊，當一般災害時並不是每塊地都會遭到損失。於是當農場中的某塊地遇到災害時，整個農場的平均產量不會下降多少。其結果是農作物生產者們更傾向於選擇以地塊為單位的保險。
另外，新的被保農作物項目在經過試驗後不斷加入農作物保險計劃。比如1972年，日本開展了水果保險計劃。1979年，日本開始實施旱田作物及園藝設施保險，並修改了相關法律。盡管新的農作物保險不是強製的，但這些保險的開展非常順利。這是因為這些種植農作物的成本和收益非常高，當遇到災害時損失對於農作物生產者是致命的。為了能夠回避風險，這些農作物生產者們對農作物保險有較大的需求。加上日本政府對農作物保險有補貼支持，這些保險的順利開展也就變得自然而然了。
1985年，日本政府進一步修改了農作物保險，根據投保生產者或投保地區的受災實際情況，允許製定相適應的保險費率，並下調了國庫對農作物保險的負擔比例，放寬了強製參加水稻保險的標準。