利瑪竇對部分儒者提倡的三教合一的批判適逢其時。姑不論其出發點如何，他至少是試圖激發正統士大夫在這個問題上的共鳴，而且在某種程度上還達到了這一目的。禮部侍郎馮琦在與利氏論道時，極力鋪陳人世之苦，然後慨而歎之：“然則人之道人猶未曉，況於他道？而既從孔子，複由老氏，而折斷天下心於三道乎？”《畸人十篇》第二篇。據利瑪竇稱，馮琦“大有誌於天主正道……又數上疏，排空幻之說，期複事上主之學於中國諸庠”《畸人十篇》第二篇。這也許是利氏附儒排佛策略的一個小小的勝利。
所謂三教合一“折斷天下心於三道”，也正是利瑪竇所欲表達的觀點。不過，他的目的是論證天主教是至公至真的唯一真教。在對三教合一的批判中，利氏非常熟練地運用了西方哲學中非此即彼的形而上學思維方式。他論證道：“三教者，或各真全，或各偽缺，或一真全，而其二偽缺也。苟各真全，則專從其一而足，何以其二為乎？苟各偽缺，則當竟為卻屏，奚以三海蓄之哉？使一人習一偽教，其誤己已甚也，況兼三教之偽乎？苟唯一真全，其二偽缺，則惟宜從其一真，其偽者何用乎？”《天主實義》第七篇。基於這種非此即彼的邏輯，利氏稱三教合一為“妖怪”，此妖在利氏看來不僅在邏輯形式上，而且在內容上都是不可調和的：“三教者，一尚無，一尚空，一尚誠、有焉。天下相離之事，莫遠乎虛實有無也。借彼能合有與無、虛與實，則吾能合水與火、方與圓、東與西、天與地，而天下無事不可也。”《天主實義》第七篇。將儒學與佛道二氏的矛盾描述為崇實（誠與有）與貴虛本無的衝突，這至少在形式上與顧憲成、高攀龍、徐光啟等人為倡導實學而展開的對佛道的批判取得了一致，它或許正是部分士大夫以“天學”為實學並為之辯護的原因之一。
在陳述三教的矛盾衝突不可調和的理由之後，利瑪竇自然不會向士大夫表明隻有儒學才是唯一正道。在向西方人介紹儒學時，他曾指出儒學與天主教“真理”沒有任何衝突，但與士大夫言，利氏對儒學的真理性並不如此肯定：“二氏之謂，曰無曰空，於天主理大相刺謬，其不可崇尚明矣。夫儒之謂，曰有曰誠，雖未盡聞其釋，固庶幾乎？”《天主實義》第二篇。儒學崇有貴誠，真否正否？隻是差不多之說罷？這顯然是對儒學的一種不得已的溫和寬容態度。作為一名傳教士，他不甘讓士大夫取儒學之道。故其言曰：“於以從三教，寧無一教可從。無教可從，必別尋正路……不學上帝正德，而殉人夢中說道乎？”《天主實義》第七篇。這裏隱含的命題是：隻有上帝正德才是唯一正道。在批判三教合一時，將士大夫引向上帝的懷抱，這自然成為利氏的真正目的。但利氏在理論上達到這個目的手段卻是自覺地、適時地選擇的結果。
“三教合一”的思想融合作為中國文化史上特有的現象，表現了一些思想家的理性寬容精神。由於這種現象的公開性，它有時在客觀上有利於突破封建正統文化之樊籬，這種積極意義在李贄那裏表現得尤為突出。但以東林黨人為首的思想家則從強烈的現實感出發，以其頗具戰鬥性的檄文聲討部分士大夫貴虛本無、逃禪出世所導致的虛症，以此為他們力倡的實學廓清理論上的障礙，其現實意義在於挽救國危民艱之頹局。思想界這種矛盾交錯的現象使其具有實質上的一定開放性，1625～1650年間的中國青花瓷器，上有基督教圖案利氏對三教合一的批判因這種客觀情勢而成為可能。也正是在這種意義上，我們可以說利瑪竇至少在形式上參加了明末文化思想的重新分解和整合，這種參與使得部分士大夫積極與利氏等人結交，並以“天學”為實學而接受之。