“太極”（理）作為正統理學中的核心範疇，可以說類似於上帝（天主）在基督教教義中的作用，它是士大夫們用來解釋宇宙、人性、道德的支柱，全麵否定、拒斥這個範疇將意味著造成“天學”與儒學的全麵、尖銳的對立，利瑪竇對此有清醒的意識，因此，他又不得不作抽象的、語焉不詳的肯定：中國的太極圖“夫太極之理，本有精論，吾雖曾閱之，不敢雜陳其辯，或容以他書傳其要也。”但我們並未發現利瑪竇以他書（中文著作）傳太極之理之精要。頗有意味的是，在《天主實義》刻印後一年，利瑪竇寫信給耶穌會總長（1604），對“太極之理”做了較為全麵的解釋：
“此種太極論是一種新的論說，它產生於五十年前（年代顯然有誤——引者）。如果你仔細考察，它在某些方麵同中國古聖人的說教是矛盾的，後者對上帝有更為正確的概念。倘按時下所說，我認為太極不過是我們的哲學家所說的原動問題，因為它絕不是一種實體，他們甚至說它不是一種事物，它貫穿於萬物。他們說它不是一種精靈，它沒有悟性。盡管有人說它是萬物之理，但他們所說的理不是某種真實的或智力的東西，而且與其說是一種理性的理，不如說是推想的理。事實上，問題不僅僅是他們各有各的解釋，而且還有很多荒唐的說法。因此，我們認為在這本書（《天主實義》）中，最好不要抨擊他們所說的東西，而是把它說成同上帝的概念相一致，這樣我們在解釋原作時就不必完全按中國人的概念，而是使原作順從我們的概念。同時，為了不冒犯統治中國的士大夫，我們寧可對各種解釋提出不同看法而不針對原理（太極）本身。而如果最後，他們終於理解太極是基本的、智力的和無限的物質原理，那麼我們將同意說這正是上帝。”
這封信幾乎道出了利瑪竇對待儒學的實用主義態度中全部策略性秘密。確實，在與中士討論太極之理時，他努力向中士證明太極（理）之說雖是探討原動問題的，但太極（理）不是實體，沒有理性靈魂、意誌，即不能像上帝一樣創造世界，化生萬物，但當中國士大夫堅持太極（理）能動、有靈覺並化生萬物時，利瑪竇又妥協地作出讓步：“如爾曰理含萬物之靈，化生萬物，此乃天主也，何獨謂之理，謂之太極哉？”也就是說，利瑪竇並非不同意將太極說成是上帝，如果賦予它類似於上帝的性質或功能的話，這樣便使二者在貌似的一致中，達到了利瑪竇“使原作順從我們的概念”的目的，對理學的批判所達到的結果竟是一種奇特的妥協和調和。
對儒學的理解及批判成為利瑪竇在中國存在、活動的方式，而作為這種理解的先決條件的“先見”，則是利氏本人在歐洲殊異的中世紀基督教中獲得的特殊的曆史存在狀態。在利氏的“先見”中最重要的乃是存在於拉丁語（語言）中的一係列傳統觀念：作為信仰對象的全能的上帝、不朽的因而成為人們賴以得到救贖之基礎的理性靈魂等等。這種表現為傳統的西方曆史文化的“先見”預先占有了利瑪竇神父的心智，成為他理解、批判儒學的“視界”，當他帶著這種作為其特殊的曆史存在狀態的“視界”麵對另一個民族的哲學、文化典籍時，他既擺脫不了他自身的“先見”，同時又不能隨心所欲地將自身的特殊存在形式，強加給具有另一種迥異之“先見”的士大夫，剩下的唯一途徑，隻能是在對儒學的曆史文化的理解中達到與士大夫“視界”的融合，從而形成真正的彼此相互理解。這就是為什麼上述利瑪竇對儒學的批判竟以調和為結局的原因。這種結局也表明了儒學基督教化的可能性。
可能性變成現實並非易事。利瑪竇對儒學的理解固然可以持有“合法的先見”，也可以不追求把握儒學的原意，但當士大夫們也以同樣的態度來對待基督教時，其結果便可能是：或是創造一種兩種視界融合後的產物即儒學化的基督教；或者全麵拒斥之。
七、“萬物不可為一體”
利瑪竇等輸入的基督教教義在發生學意義上講，乃是古希臘哲學中重對立、差別的思維方式極端化的產物。天國與塵世、邪惡的肉體與不朽的理性靈魂的對立構成基督教內心張力的基礎。被這種“先見”占有的利瑪竇不可能把他的“視界”完全融入宋明理學的視界中。後者的“先見”中最根本的一個觀念——泯除一切差別的“萬物一體”論，於是成為不可融合的批判對象。