利瑪竇拒斥了這種性善論，在他看來，理是依賴之品，即不能獨立存在，人的實體形式是靈魂，靈魂中有司明悟之能，正是靈魂這種實體形式的司明悟（能推理）之能，使人成為人，並因此而成為人性，而理作為不能獨立存在的依賴之品（非實體形式）不能成為人性，“理也，乃依賴之品，不得為人性也”。關於理是什麼，利瑪竇並未作過明確解釋，但從他對程朱理學的批判來看，他所理解的理也許是作為事物之本質、形式的理，其言曰：“無物之先，不得有理”，“有物則有物之理，無此物之實，即無此理之實”。從哲學意義上講，利瑪竇所論述的理物之關係也許更為正確，在中世紀經院哲學中，利瑪竇選擇了一種溫和唯名論的思想。
與“性”、“理”一樣，“心”、“情”也是宋明理學中最常見最重要的範疇，利瑪竇為了適應士大夫們的認知結構和語言及思維方式，對這些範疇實行全盤拿來主義。在討論道德行為之善惡時，他將惡定義為善的缺乏，“惡非實物，乃無善之謂”。這無疑是奧古斯丁的宗教道德觀念，後者認為“惡並非實體，而是敗壞的意誌叛離了最高的本體（天主）……而自趨下流。”利瑪竇承襲了這一思想，但也作了根本修改。奧古斯丁隻探討惡的來源問題，因為在他那裏，人由於原罪已喪失了以自由意誌選擇善的能力。利瑪竇則以自由意誌作為道德行為善惡（不隻是惡）的原因：“至論其（性）用機，又由乎我，我或有可愛，或有可惡，所行異則用之善惡定焉”，“天下無無意於善而可以為善也，吾能無強我為善而自往為之，方可謂善之君子。”這裏並沒有自由意誌這個概念，但關於行為之善惡源於自由意誌的思想卻是很明顯的。不過，利瑪竇並不滿足於這種對奧古斯丁思想的承襲和修改，而是積極地、順應性地選擇和運用儒學的思想觀念和語言。他本可以通過宣講基督教關於自由意誌的教義而詳盡地探討關於善惡之問題，但他卻自覺地轉向論“情”，以情為性之所發，為性之足。在他看來，本性自善，因為它是常存之良能，但情作為性之所發、性之足，時著偏疾，“性情之已病，而接物之際娛感而拂於理，其所愛惡，其所是非者，鮮得其正，鮮合其真者”。這裏，正因為人性是作為人的類本質的能推論理之良能，人性之為善也就既具有知識論意義，也具有道德意義，因而性所發之情若著偏疾，就既會是非不真（認識），也會愛惡不正（道德），於是便產生誤與惡。
如上所述，利瑪竇在具體內容上拒斥了朱熹以仁義禮智為人性的性善論，但這並未排除他利用朱熹（理學）討論問題的語言乃至一些觀念。上述對誤與惡的產生之探析中，利瑪竇自覺或不自覺地吸收了朱熹理學中的思想內涵，或至少表現出與朱熹理學在某種程度上的相似性。在朱熹主敬窮理的心性論中，性為未發，情為已發，利瑪竇亦以情為性之所發；朱熹倡心主性情，不然則會“昏了天性”，利瑪竇則認為性情均會著偏疾；二者又均認為這種“昏”“病”無礙於稱性為善，朱熹之天性是理，理隻是善，利瑪竇則認為性情已病，接物之際雖拂理，愛惡是非雖不正不真，但“亦無礙於稱之為善”；朱熹的主敬窮理之心性論既可以提高人的精神境界，也為窮理致知準備了充分的主觀條件，利瑪竇的人性論和道德理論也包含這兩方麵的意義。另外，朱熹的道德哲學中存在著理與欲的對立（當然朱的目的是達到二者的和諧與統一），利瑪竇則以人心與獸心凸顯這種對立，他甚至摭拾理欲這對範疇：“從欲者日眾，循理者日稀，（天主）於是大發慈悲，親來救世……”在論述理欲對立時，二者強調的都是作為道德規範的禁欲主義，但很顯然，當利瑪竇幾乎像一個理學家那樣討論理欲問題時，他卻背離基督教關於靈魂與肉體對立的重要教義，因為既然理在利瑪竇看來不是人性之內容，不是自立的實體形式，那麼理欲這對範疇就不具有靈與肉所包含的宗教意義，“理欲”不能取代“靈肉”。
我們已經指出，當利瑪竇向士大夫證明上帝存在、靈魂不朽等基督教的核心教義時，他一方麵訴諸自然理性，同時也訴諸古儒；而在他討論人性及道德問題時，雖然試圖堅持正統的基督教神學理論，但為了適應士大夫的認識結構和道德意識，利瑪竇又不得不在語言、觀念上附會宋明理學（當然也有拒斥），這乃是由於人性與道德問題的或多或少的世俗哲學的本性及理學在某些問題上的理論力量所決定的。認為利瑪竇與中國文化調和的成功之處在於他自覺區分古儒與近儒，與古儒附會，全麵批判拒斥近儒（宋明理學），至少是有失偏頗的結論。利瑪竇不僅附會古儒，也自覺適應近儒；不但批判近儒，也批判古儒，也就是說，利瑪竇對中國哲學（儒學）的批判和與儒學的調和帶有全麵性。