這種調和的複雜性及其所產生的混亂，其原因乃是因為利瑪竇常動搖於妥協與不妥協之間。儒家道德哲學的核心內容之一是性善論，如果利瑪竇附會荀子的性惡論，而福建泉州出土的17世紀初的基督教石刻，這是中國最早的十字架圖案之一又堅持人的類本質是能推理論，那在理論上將是很方便的，但他卻基於對儒學性善論在儒學中的重要性之認識，在形式上選擇了正統儒學中流行的性善論（妥協），而在內容上則堅持了托瑪斯·阿奎那的人性論（不妥協），同時卻又不得不忽略了基督教的原罪說（妥協）；他本應堅持靈魂與肉體對立的教義，在強調這種對立中闡明基督教的禁欲主義，他也確實在某種程度上堅持了這一教義，《畸人十篇》中對現世感官生活之樂的鄙棄，對來世得救靈魂之永福的鋪陳均是例證。但當他借用宋明理學中的理欲這對為士大夫們所熟悉的範疇時，他又在與理學的附會中背離了基督教義。
六、“太極不能為萬物本原”
利瑪竇雖然對儒學多有肯定和讚揚，並自覺附會儒學進行傳教，但在《天主實義》等對話體中文著作中，他也常常訴諸批判的武器對付儒學中與基督教不相容的觀念和思想。
《舊約·創世紀》開篇即向人們描述了全能的上帝創造宇宙、萬物及人類的過程，中世紀正統的基督教神學家除了按照托勒密理論構造一個封閉的宇宙體係以外，較少從發生論或本體論的哲學角度探討宇宙的生成、變化及其規律。如果隻是簡單地向士大夫宣講這種創世說，利瑪竇亦會拒絕進行這類哲學探討，但他深知他所麵對的是一個經過理學無神論洗禮的知識階層，神秘的創世說是極難為人接受的，除了籠統地向士大夫談及上帝最初開辟天地，生亞當夏娃為世人之祖外，他並不醉心於精細地描述那幅創世的畫麵。但即使再多地與中國文化妥協，他也不能放棄萬能的造物主——上帝這一信仰對象。於是，除了批判理學的宇宙論，試圖消除其影響並闡述造物主這一觀念以外，利瑪竇的確別無他法。
這種批判實即是有神論對無神論的批判，但它的意義卻在於中世紀經院哲學與宋明理學的對話。
利瑪竇曾采用類似於老子的方法對不可思議、不可說的上帝（天主）作過描述：天主無始無終，無形無聲，其能無毀無衰，其知無昧無謬，其善純備無雜，其思無所不及。總之，人的一切世俗力量的集中外化，構成了天主的全知全能。利瑪竇基於誤解，簡單地拒斥了佛道的本體論或宇宙生成論，但當中士提出太極（理）為萬物之本原時，利瑪竇則不得不小心翼翼地予以應付。一方麵他不能接受宋明理學中以理為本的宇宙生成論或本體論，這是創世說的絕對排他性所決定的；另一方麵，他又不能斷然地全麵否認“太極之說”的理論意義，這是其附會儒學、不傷害士大夫之策略所決定的。這便意味著他的批判將帶有溫和的色彩。
這種批判仍是以亞裏士多德的形而上學為基礎的。利瑪竇引進了抽象的存在論，他將“物”界定為存在：“物字為萬實總名，凡物皆可稱之為物”，理是無形之物。這裏自然尚未出現存在這個概念，但因為利瑪竇所說的物既包括金石草木等有形之物，又包括聲色氣味乃至“理”等無形之物，這個作為萬實總名的“物”，顯然是亞裏士多德哲學中的存在概念。以此為出發點，利瑪竇更進一步將存在區分為自立者（實體），與依賴者（偶性）。前者包括天地人神、金石草木等；後者則指五色、五常、五味等。他將“理”理解為事物之原理、形式，並歸之於後者（偶性）。嚴格地說，利瑪竇這裏拋棄了亞裏士多德以形式為第一實體的唯心主義觀點，而承襲了阿奎那的兩種偶性觀：即以色味等為實體的具體可感之偶性，以“五常”（關係）、“理”（形式）為實體的抽象一般之偶性。