為了全麵說明程朱理學和陸王心學中的理均屬依賴者（偶性），利瑪竇做了不甚詳盡的具體分析。
“中國文人學士講論理者，隻謂有二端：或在人心，或在事物，事物之情合乎人心之理，則事物方謂真實焉；人心能窮彼在物之理而盡其知，則謂之格物。據此兩端，則理固依賴……二者皆在物後……”
所謂“理在人心”，“事物之情合乎人心之理，方謂之真實”，顯然是指陽明心學而言，王陽明認為“夫物理不外吾心，外吾心而求物理，無物理矣”《答顧東橋書》。並且以此心為良知，良知是事物真實存在之根據，草木瓦石天地若無人之良知則不可為草木瓦石天地。陽明的理顯然並不是依賴於物而存在的作為物這個實體的偶性，利瑪竇未指明是就心理還是就理物的關係立論時，就斷言理屬依賴者，這顯然是倉促輕率之論，但對他來說，最重要的是結論。
所謂“理在事物”，“人心能窮彼在物之理而盡其知，則謂之格物”，則可能是針對朱熹理學而言。朱熹曾在個別地方主張“才有物便有理”，“理在氣中”、“理在事中”，利氏所謂之格物在文字上與朱熹《大學章句·格物補傳》頗為相似。朱熹的理本有本源論和構成論兩種意義，就構成意義而言，理隨氣具，這也許正是利瑪竇所理解的理在物中；但就本源意義而言，理先氣後，氣（物）有生滅，理作為形而上的本質，規律（一般）則無生滅，能獨立存在，甚至在物尚未產生之前即已存在。利瑪竇則將朱熹的理界定為依賴者，從而否認其獨立存在的能力，這至少表現為一種溫和的唯名論。
在否認太極（理）獨立存在的能力後，利瑪竇進一步推論出他努力證明的結論：“若太極者，止解之以所謂理，則不能為天地萬物之原矣；蓋理亦依賴之類，不能自立，曷能立他物哉？”這裏顯然存在著一種過渡，即從本體論向宇宙生成論的過渡，其邏輯是：理作為依賴者，自身不能獨立存在，也就不能作為他物存在的依據，因而也就不能為萬物之原。應該說，這種對理學的批判繼承了亞裏士多德形而上學中唯物主義成分，因而具有一定的合理成分，但其目的則是為了論證創世說這一神學結論。
利瑪竇同樣批判了理在物先，因為理既為依賴者，不能自立，無物之先，理隻能賴空虛而立，則不免偃墮。理的依賴性表現在它與物的關係上：“有物，則有物之理；無此物之實，即無此理之實。”這種批判可以說是中西哲學中的唯物主義結合的產物，所謂理為依賴者源自亞裏士多德哲學，所謂理若先於物則不免偃墮則是純粹中國化的哲學語言和觀念，其源或可見於王廷相、羅欽順的哲學思想中。如上章所述，在利瑪竇與儒學所作的會合中有附帶性的批判，這裏則相反，在對儒學的批判中又有附帶性的調和，批判與調和是相互結合的。
利瑪竇還否認理有動靜、有意、有靈覺，因而它不能根據自己的意誌控製動靜而生物，更不能生出有靈覺之物。這種批判同樣遭到中國士大夫之駁詰：太極（理）並非動即須臾生物，而是先生陰陽二氣，然後化生天地萬物；而且理動而生陰陽，其間自然有靈覺。利瑪竇的反駁則訴諸經驗和終極因理論：既然理生陰陽後再生萬物，今有車理在此，為什麼陰陽二氣不生一車於此？理既無意誌，此時之不生自然不是自己控製著自己不生；即使理有靈覺，它又從何而來？這種駁難、批判的理論前提，仍然是先驗的形而上學的命題：事物生成、變化及其性質之根本原因不在事物內部，隻能從一個全能的作為終極因的第一推動者那裏去尋找。這種超自然主義的世界觀與中國士大夫們熟悉的有機的自然觀始終是格格不入的，士大夫們熟悉的解釋宇宙生成變化的理論是理一元論或氣一元論。氣一元論姑且不論，即便是理一元論中的太極（理），它雖為形而上之道，具有一定的超越性，是生物之本，但它與形而下之器（氣）仍不即不離，朱熹之理學已屬較玄遠的形而上學了，尚且強調超越之道與形而下之器不即不離，我們可以想象，對固有傳統的執著將會使士大夫們認為並不需要一個絕對超越的外在的神，以作為他們的宇宙觀的最後依據。