確實，對一個既沒有絕對罪惡感，又沒有對死亡的恐懼（存順沒寧），甚至不願意了解、思考死亡（未知生、焉知死）的人或民族來說，靈魂不朽是新異而難以理解的教義，按朱熹的論述，它甚至相當於誌怪之說。但這個結論不可絕對化，儒學中有較為徹底的現實的理性主義傳統，也有基於這種理性主義而產生的懷疑批判先賢前哲的精神，明末思想界這種懷疑批判是較為活躍的。從所謂人文主義、啟蒙思想對儒學傳統所作的批判是時人常常論及的課題，但從宗教角度對傳統所作的批判則較少有人注意，而這種批判的確客觀地存在過，利瑪竇本人也曾多次談到越來越多的士大夫對儒家不甚關心生死大事產生不滿。確實，有不少士大夫正是因為關心生死大事，而又在儒學中找不到令其滿意的答案才逃禪入佛的。明末逃禪出世之風頗盛，那些既關心生死大事（個體關切），又尋求實心實學以兼濟天下的士大夫則不願與逃禪者為伍，正是他們，才可能是利瑪竇的聽眾。這些為數不多的士大夫對來世的關切，正好成為利瑪竇證明靈魂不朽並使之信仰天主教的基礎。
在證明靈魂不朽時，利瑪竇從一開始便將它與天堂地獄之賞善罰惡聯係起來。正是在這種聯係中，利瑪竇表現出他的以自然理性為基礎的神學證明之不自足，並表現出這種不自足的神學證明之混亂。為了證明靈魂不朽，利瑪竇努力使中士相信，現世的善惡在現世中不可能得到充分完全的賞罰，這樣就必須等候來世之報，而來世的賞罰對象不是佛教所說的形身，而是不死的精神性靈魂。這裏，天堂地獄的存在便成為“不證自明”的神學前提了；而當他與中士討論死後天堂地獄之報時，利瑪竇又以不能朽者（靈魂）為前提，實即以靈魂不朽為前提，這顯然是一種循環論證。
當西方人指責利瑪竇適應、遷就儒家思想時，其原因乃是因為他們認為利瑪竇沒有直接以《聖經》向中國人宣講“福音”，因而使中國人了解的是一種不倫不類的宗教。確實，當利瑪竇以大量篇幅談論死後天堂地獄之賞罰時，隻講來世之利，不謀行為之“義”；而且有偏離正統的天主教教義之危險。但問題的意義不在於從某個角度指明這種指責是否公平，而在於指出利瑪竇是如何自覺地選擇這種有可能遭到兩麵（士大夫與純潔派的教徒）批評的方法。確實，這是一種非常自覺的選擇，而不是偶然的“失誤”或疏忽。他曾明確指出，行善之最高動機是對上帝的服從（自然包括信仰），僅僅像宋儒那樣相信“有天堂君子必登之，有地獄小人必入之”，因而自覺為君子仍然不夠，還必須有對上帝的信仰。“不信上帝，其君子人與？否與？”
但為什麼要花絕對多數的篇幅談論天堂地獄之賞罰，因而給中士留下言利不義的印象，並且因此而掩蔽了關於信仰的教義呢？利瑪竇的回答非常幹脆而且坦率：這完全是為了“曲就小人之意”。利瑪竇甚至還引用“孔子入衛欲先富而後教之”一事，以證明他自己因材施教、宣講教義的合理性。
以道德規範與宇宙秩序、規律的一致性來論證前者的客觀普遍性及至上性，從而引申出主體的“戒慎恐懼”之倫理意識和情感是朱熹理學的一個特點，這種倫理意識具有一種準宗教的特性。利瑪竇將天主教道德規範之踐履建立在對地獄之苦的恐懼這種宗教心理情感上，客觀上迎合了部分士大夫的道德意識。事實上，有的士大夫正是由於對利瑪竇的“懼”（地獄之苦）與“誘”（天堂之樂）的思考而滋長對傳統道德的懷疑與批判，並理解、接受天主教義的。
除了迎合士大夫的道德意識之外，利瑪竇也同樣附會古代經典論證靈魂不朽和天堂地獄的存在：“盤庚曰：‘失於政，陳於茲，高後否乃崇降罪疾，’曰：‘何虐朕民’？”利瑪竇的解釋是：“盤庚者，成湯九世孫，相違四百祀而猶祭之，而猶懼之，而猶以其能降罪、勵民勸民，則以湯為仍在而未散矣。”我們之所以說這種引儒經以證靈魂不朽是附會性的，原因在於利瑪竇對祭祖的解釋與他對西方人的介紹不盡相符，在《基督教進入中國史》中，他認為中國人祭祖隻是“誌意思慕”的禮儀，這裏，為了論證靈魂不朽，利瑪竇卻不失原意地認為祭祀對象（祖）能“降罪、勵民勸民”，按照這種解釋，已死的祖先之靈至少扮演了神的角色，也就是說，祭祖是“異教”的宗教儀式。禮儀之爭中站在耶穌會對立麵的傳教士較為客觀地注意到了這種儀式原初的宗教意味，但未注意到這一儀式的流變，因而不予容忍。利瑪竇對西方人的介紹與中文著作中的解釋不能保持一致，也為禮儀之爭埋下了伏筆，這也說明他為了達到論證、宣講天主教義的目的，常常使用這種附會性的因而容易引起混亂的調和之法。