當代神學家對利瑪竇的傳教工作常有一種缺憾：他向中國人展示的上帝（天主）隻是哲學的天主，靈魂、天堂也隻是哲學意義上的靈魂、天堂。也就是說，利瑪竇的附會性證明、宣講中“自然理性”色彩太濃，訴諸《聖經》和啟示的地方太少。在他的中文著作中，關於“三位一體”、“耶穌受難複活”等啟示真理很少見到。客觀的研究者自然沒有理由和義務總結利瑪竇傳教工作之得失並進而擬就更有效的布道、歸化之方，重要的乃是透過這些現象考察其背後的原因。客觀地說，利瑪竇的做法既順應了當時部分士大夫的宗教、道德意識和情感，同時也在某種程度上滿足了部分士大夫在這方麵的需求。在主觀上，利瑪竇也貫徹、體現了中世紀占統治地位的阿奎那神學理論。與阿奎那同時的一些經院哲學家如鄧斯·斯科特堅持認為理性不是萬能的，在他看來，不僅三位一體、道成肉身等教義，而且上帝的理智、預定、人的靈魂不朽都是理性無法加以把握和論證的，它們都是超理性的，屬啟示真理的範圍，而托瑪斯·阿奎那則強調上述教義雖是超理性的，但並不違反理性，有些教義如靈魂不朽、上帝存在是可以通過理性認識並加以證明的，阿奎那尤其強調倫理的思辨價值，這些特點顯然與對亞裏士多德哲學的運用有關，宗教史家認為正是這種所謂唯理智論構成了阿奎那神學經久不衰的原因。在認識到《聖經》的權威對中國人毫無意義後，利瑪竇自覺地采用了“自然理性”（阿奎那）證明法和附儒合儒之法。
明末思潮、士大夫的精神關切及中世紀正統神學等因素，還有利瑪竇主觀上所作的一些判斷，都是構成其傳教方法的背景。
五、“人性之善不可疑”
1963～1965年，羅馬天主教會召開了第二屆梵蒂岡大公會議，強調天主教與各種宗教之間的對話，成為這次大公會議的主要精神之一。此後，一些神學家和宗教學家更積極地試圖在天主教與儒教（學）之間尋求結合點。有些論者認為道德領域中的善惡問題是耶儒之間的最佳結合點，並認為基督教中有足夠的人文主義與儒學人文主義展開深入的對話。對這些提法我們也許會有異議，但從中可以看出：隨著形勢的變化，天主教已不可能再保持它較嚴格的排他性了。
客觀地說，天主教中最早具有這種所謂宗教寬容精神並與儒學就人性和道德問題展開對話的，當推利瑪竇。利氏初來中國時即發現倫理學是孔子所代表的儒學之核心，士大夫們經常探討人性問題更使他認識到這一問題的重要性。萬曆中期，士大夫中間曾發生過一場關於人性問題的論戰，以管誌道、周汝登、陶望齡為代表的王學末流力倡陽明“無善無惡是心之體”，顧憲成、高攀龍等人則崇尚“實學”，以性善為宗，於“無善無惡”四字駁之甚力。利瑪竇在南京時，在一次聚會上逢上這一爭論在士子僧徒中之餘緒，並從天主教神學立場表述了他的觀點：“我們必須把天地之神看作是無限地善，這是不容置疑的，如果人性竟是如此之脆弱，乃至我們對它本身是善是惡都懷疑起來的話……那麼，我們就必須承認，神究竟是善是惡，也要值得懷疑了。”換言之，人性善是不容懷疑的。
外國傳教士著作中的孔子像一般地，鑒於基督教強調人的墮落（原罪），尤其是因為奧古斯丁強調人類始祖由於濫用自由意誌而墮落，人性自此腐壞了，人類喪失了以自由意誌選擇善的能力，此後的自由意誌隻是選擇惡的自由意誌，人不能通過自由意誌擇善行獲救，隻有靠上帝的神恩——隨意、神秘而又不可解的揀選才能使人獲救，這種神學理論便極易使我們認為基督教主張人性惡。其實，罪與惡是值得辨析的兩個概念，原罪說指的是人類始祖偷吃智慧禁果，從而一方麵獲得了識別善惡的能力（智慧），同時又背離了上帝的意誌，造成了人與上帝的分離，這便是人性中的原罪之最初的意義，也就是說，原罪說最初主要的還不是道德意義上的人性善惡論。當然，後來人們認為原罪使人性腐壞了，原罪說便演變成人性惡的道德命題，但這個命題指的是人的現實之性是惡的。據研究，利瑪竇生活的時代流行的人性論認為人性包括三階段：原初之性，它是上帝按照自己的形象創造人類始祖時賦予的人性，善；墮落之性，惡；得到救贖之性，是人因上帝之聖寵而得到新生的人性，善。從上段利瑪竇對西方人的說明來看，他基本上接受了這種人性論，但這種論述主要見於他的西方著作中。