還必須說明的是：利瑪竇時代在天主教內部占統治地位的阿奎那神學理論中的人論，對利氏在中文著作中的論述影響頗大。阿奎那強調人是理性的動物，認為“人類行動的準則和尺度是理性，因為理性是人類行動的第一原理”，“力求按理性行事乃是人所特有的……理性是從一般原理出發以達到瑣細的事項的。”《阿奎那政治著作選》，利瑪竇的性善論，正是從以上人性三階段說與強調理性的托瑪斯·阿奎那的神學理論出發的。
利瑪竇將他的性善論建立在嚴格的定義基礎上，他將性界定為“各物類之本體”，認為隻有形式與質料才能共同構成事物的本質，人與自然物雖然都是由形式與質料構成其本質的，卻仍然是有差別的，人與物的差別在於形式之別，即實體形式與非實體形式之別，實體形式具有精神性，隻有神、天使、人才具有實體形式，人的實體形式即是人的理性靈魂，它既具有精神性，也具有實體性，因而不朽不滅，而自然物皆屬非理性存在，它們的形式是非實體形式，這種形式不具有實體性，隻是與物相聯係而存在，一旦構成物毀壞了，這種形式也就不再存在了。利瑪竇基本上吸收了這種思想，他將具有非實體形式者譯為依賴者，將具有實體形式者譯為自立者，“物有自立者，而性亦為自立；有依賴者，而性亦為依賴”。其意謂具有實體形式者，其性（本體）亦能獨立存在，具有非實體形式者，其性則不能獨立存在。
利瑪竇複將善界定為可愛可欲，這與《孟子·盡心下》所謂“可欲謂之善”頗為相似。
在以上定義基礎上，利瑪竇闡述了他的性善論，他將人界定為：“生覺者，能推論理者”，人因為有生而區別於金石，因有覺而區別於草木，因能推理而區別於鳥獸，利氏斷言：“能推論理者立人於本類，而別其體於他物，乃所謂人性也，仁義禮智，在推理之後。”其結論是：“若論厥（人）性之體與情，均為天主所化生，而以理為主，則俱可愛可欲，而本善無惡矣。”利瑪竇這裏所闡述的人性論其實是就人與自然萬物的區別而言的。所謂能推理實質是人的實體形式——靈魂的功能，除卻其中的宗教因素不論，在一般意義上，能推理是人的類本質，利瑪竇把它（能推理）界定為人性。利瑪竇還談到人性在原罪（墮落）中腐壞了，這表明他接受了當時認為人性就其現實性而言是墮落之性，即人性惡，但在中文著作《天主實義》中，利瑪竇則以人的本質為人性，並且在“原初之性”的意義上斷定，這種能推理之性是“天主所化生”的，因而是善的。在整個第七篇中，利瑪竇沒有提及原罪問題，性善論是他論證的主題。
在儒學的曆史上，荀子曾以為人之所以為人，在乎人能辨能知，從而在知識論而不隻是在道德理論的基礎上，將人與自然萬物區別開來，但荀子並未因此而主張性善論，相反，他的人性論是眾所周知的性惡論。因此，我們或許可以說，儒學史上很早就有人將人的本質與人性作過區分。曾經援引荀子思想資料的利瑪竇對此不會一無所知。但利瑪竇意識到人性問題對士大夫們來說是個敏感的問題。因此，他對原罪的解釋是模棱兩可、含混不清的，並隻強調性善。這種做法的意圖顯然是想與主張人性善的正統儒學調和。但這種調和仍隻是形式上的，其內容卻與正統儒學大異其趣。朱熹試圖從人性與宇宙的客觀秩序、規律（天）的合一性出發，論證道德規範的客觀普遍性及至上絕對性，其論以為性即理，而“這個理在天地間隻是善，無有不善者。生物得來，方始名曰性，隻是這理，在天則曰命，在人則曰性”《朱子語類》第五卷。此性即仁義禮智。