北京市宣武門內大街的南堂，是利瑪竇在明朝萬曆年間創建的退化史觀與複古崇古在儒學中，本是相互關聯的。利瑪竇強調曆史的退化，正可以喚起部分士大夫對上古政治和文化思想的興趣乃至渴慕和崇奉。而在利瑪竇看來，在古儒中包含著他力圖向士大夫宣講的關於上帝的“真理”。這樣，附會古儒便成為利瑪竇適應中國本土思想的重要途徑之一。當然，利氏也注意到，古儒的權威性在明末並非對所有士大夫都具有吸引力和可信性。這時的思想界已呈異常活躍的氣象。在人們所說的明末批判思潮中，聖人之道或多或少地失去它的莊嚴和偉力。與利氏有過多次交往的李贄，便是一位敢於非聖非賢的“敢倡亂道”者。對古代權威的懷疑，是李贄的精神特質之一。明末各種思想的活躍，使古儒對一部分士大夫，不像它對徐光啟等人那樣具有權威性和吸引力。單方麵訴諸古儒，便因此而成為一種並非普遍有效附儒傳教的方法。所以，當利氏與儒學調和時，他一方麵訴諸古代儒家經典，另一方麵又通過他深信中國人具有的“自然理性”，向士大夫們宣講關於上帝的“真理”。在此過程中，他首次向中國人介紹了古希臘和中世紀的一些哲學思想和思維方法，並在客觀上為中西哲學、宗教的相互溝通和了解，作出了一些貢獻。
三天主即“上帝”
談到基督教，人們便立刻想到“上帝”，因為上帝是基督教各派崇拜的唯一至上神。然而，“上帝”一詞，並非西方人的發明，它是地道的中國產品，熟悉《詩經》等古籍的人都知道這一點。基督教最初傳入中國時，傳教士們都稱他們崇拜的唯一至上神為“天主”，並稱他們的宗教為天主教。為了附會、適應中國文化，利氏花了大量的精力試圖讓中國人相信他們的“天主”就是中國人所說的“上帝”。然而，二者之間畫上等號並非易事，在“禮儀之爭”中，各執己見的神學家們，曾為這個等號爭吵不休。利氏的“福音”聽眾，則對他畫的那個等號乃至天主本身，將信將疑。
當利瑪竇在南京與僧論道時（萬曆二十七年），他就確立了一條原則：在與中國人討論所謂上帝的真理並使其由疑轉信時，不引用《聖經》。因為他清醒地認識到：對持不同信仰的人來說，基督教的權威是沒有意義的。於是，向中國人顯示上帝的“真理”，就隻剩下前述的兩條途徑：即訴諸自然理性和古儒之經典。因此，在利瑪竇的中文著作中，所謂啟示真理的奧跡也就很少見到了。在《天主實義》一書首篇中，利瑪竇就曾申明其布道之方是“先舉其（天主教）所據之理”。其實，利氏所據之理不過是中世紀的經院哲學，尤其是托瑪斯·阿奎那的神學理論。其中值得注意的，是利瑪竇所做的儒耶調和工作中那些引起明末士大夫興趣（研究、吸收和批判）的做法。
在中世紀基督教神學思想中，有一點與明末正統儒學頗為相似，這就是對道和器的看法。在基督教神學體係中，自然科學是神學的奴婢，阿奎那將古希臘哲學家尤其是亞裏士多德關於自然知識的理論與神學理論調和起來，使之成為神學大廈中的組成部分。當利瑪竇向明末士大夫紹述科學時，其目的無非是想以明晰的數學真理，將那些對西學感興趣的人引向上帝的“真理”。一旦士大夫對後者產生興趣時，利氏便強調獲得上帝的真理的絕對重要性，並貶低科學的意義。在與利氏論道的士大夫看來，技或器同樣是在價值層次上處於低層。這裏的中西差異及其共同點一樣都是明顯的，所謂同者，在於對技或器持輕視態度；所謂異者，在於中士強調修己以成聖，傳教士則強調知天主。利氏顯然調和了當時中西輕視器這一深刻的共同點，而著力消弭成聖與知天主之間的差異，試圖將中士引向“知天主”的宗教道路。
在利瑪竇那裏，“知天主”實應是首先信奉天主存在，但他並不要求中國人先信仰再理解，而是試圖使士大夫先理解以便信仰。這種傳教方法首先就與宗教要求無條件、無懷疑的獻身和信仰的特性產生了緊張的張力乃至衝突，但對於實用理性較為發達的士大夫來說，神學家那種“因為我信仰，所以我理解”的盲從和狂熱，不可能在士大夫與基督教接觸伊始，便令人產生同情和興趣。相反，托瑪斯·阿奎那那種從經驗事實或自然事物出發證明上帝存在的方法，則有可能達到吸引並歸化部分士大夫的目的。當利瑪竇一再向西方人強調中國人自然理性發達時，他無疑已在與士大夫的接觸及對儒家經典的研究中意識到了這一點。因此，利氏選擇了阿奎那的方法向中士證明天主的存在及其唯一性，並闡述基督教的創世說。在證明天主存在時，他采用了阿奎那的五種證明方法中的目的論證明：即自然界無生命之物能符合規律地運動，必有一個外在的“靈才”以助之，而那些有知覺的生命之物，能為著特定的目標活動並達到其目標，必“有尊主者默教之”。在闡述基督教的創世說時，利瑪竇則將天主解釋為萬物生成的終極原因，他吸收亞裏士多德的四因論，認為天下無物不具有四因：作者（動力因）、模者（形式因）、質者（質料因）、為者（目的因）。利氏從神學立場，利用“四因說”，他向中士說明：隻有模者和質者才是事物之本分，而作者、為者則在事物之外之先。講天主是萬物之所以然，即是說天主是作者、為者。這套繁瑣的神學理論，雖然在外觀上是從對自然和經驗事實的觀察與思考出發的，但仍有其先驗的假設作為前提。即不能從自然和人事內部尋找說明它們生成變化和運動的原因，而必須從超自然的神那裏才能尋求到終極原因。所有這些，對明末士大夫來說都是陌生的。人們熟悉的是以理氣這些不具超自然神秘色彩的範疇，來說明宇宙之大化流行。因此，在論證天主存在時，利瑪竇更注意適應士大夫喜以宇宙論、本體論為道德理論提供哲學根據的做法。他所作的第一個論證天主存在的證明，便是在當時士大夫們熟悉並非常關注的道德領域裏進行的。這種倫理道德的論證仍采用了從自然理性出發的方法，具體地說，即從士大夫們熟知的良知良能出發。