一、“撥雲霧見青天”
利瑪竇既有其傳教策略和實踐，又有其獨到的理論見解。為了迎合中國士大夫喜歡擬同的認知結構，他盡力尋求儒學和基督教的共同點，並在理論上作了一番以耶釋儒、以基督教附會儒學的工作。同時，對儒學中有些為基督教不能容忍的思想觀念給予了批判。從而在他切身體驗的基礎上，為今天的中西宗教、哲學的比較研究，提供了一份並非毫無參考價值的思想資料。
利氏的上述理論工作，是建立在他對中國文化（主要是儒學）的評價基礎之上的。他對儒學的整體評價，雖主要見於晚年以意大利文撰寫的《基督教進入中國史》一書，但這種評價中的基本態度和精神，貫穿在他在中國的全部工作中。必須說明的是，由於利氏是一位傳教士，這便決定了他考察和評價中國文化的參照係首先必然是基督教，其次才是與這種宗教相關的西方文化、哲學。
傳教士的立場決定了利瑪竇首先必須向西方人交代他所麵對的儒學的特性，是宗教性的還是一種無神論的、世俗的思想體係。對此問題，利氏的回答有二：儒學是一種宗教；儒學不是正式的宗教。
在利瑪竇看來，儒學之所以是宗教，其一是因為“在歐洲所知的所有異教徒教派中，我不知道有什麼民族在其古代的早期比中國人更少犯錯誤的了。從他們曆史一開始，他們的書麵上就記載著他們所承認和崇拜的一位最高的天神，他們稱之為天帝，或者加以其他尊號表明他既管天也管地。看來似乎古代中國人把天地看成有生靈的東西，並把它們共同的靈魂當作一位最高的神來崇拜。”其二儒學也講上天給壞人的懲罰和給好人的賞報。其三關於靈魂不朽，中國人似乎沒有什麼懷疑。也就是說，原始儒學或古儒具有宗教的核心觀念：唯一至上神、靈魂不朽，以及神的賞善罰惡。因此，早期儒學是宗教。利瑪竇對儒學的肯定性評價主要基於他對古儒的宗教性詮釋、理解。他曾對虞淳熙明言：“門下所據，漢以來之聖賢，而竇所是者，三代以上之聖賢。”至於這種理解和詮釋是否準確，對他來說也許並不重要。
但利瑪竇又認為，儒學不是正式的宗教。因為：①中國人後來逐漸失去了原始的宗教之光，信奉古儒的文人，或者陷入了偶像崇拜，或者走向了無神論；②有些文人認為在死後，靈魂完全消失，不相信來世有天堂地獄；③沒有祭祀階層；④真正的哲學家不提創世說。
很明顯，當利瑪竇說儒學不是宗教時，他指的是儒學的現實性品格、特征。他判別的標準則包括兩方麵的內容：內在的觀念和外在的組織、行為、製度。這種判別方法在今天的宗教學中仍可見到。
雖然儒學就其現實性而言不是正式的宗教，但在利瑪竇看來，基督教與儒學的關係，不能因此而像它和佛教一樣是對立排斥性的關係。因為儒學以孔子為師，後世儒學皆采用孔子的哲學，而孔子的哲學是以自然律為基礎的，很少與天主教義相違背，或者說，“儒家的道理，沒有任何與天主教道理相衝突的地方”。
利氏立即將這一結論與他的傳教工作聯係起來：“儒教不是一個正式的宗教，隻是一種學派，是為了齊家治國而設立的。因此，他們可以屬於這種學派，又成為基督徒。”這一結論為利氏在不傷害士大夫或一般百姓的生活方式及其思想觀念的情況下歸化他們，大開了方便之門。同時，也是他調和儒學與基督教的前提。
利瑪竇在分析、評價儒學的基本特性時，也透露出他對儒學的態度主要是積極的肯定和讚揚。初來中國時，中國的科學、政治、思想、文化都給他留下了深刻的印象。他給友人的書信中，曾由衷地讚揚中國文化：“中國人的智慧，由他們的聰明發明可以得知。”接著，他曆數了中國在文字、醫藥、一般物理學、數學、天文學、藝術和機械各方麵的成就，指出中國人從沒有與歐洲交往過，“卻全由自己的經驗得出如此的成就，一如我們與全世界交往所有的成績不相上下。”他甚至認為，中國政府治國的能力超出其他所有的國家，“我看希臘的哲學家柏拉圖，在政治理論方麵也不如中國人。”並認為“中國政治的良好，我發現較所傳說的還要好，任何宗教的組織都比不上中國政治的階級分明，各有所司。”利瑪竇讚揚的中國政治，正是明末大政治家張居正著手改革並略有成效的政治，張居正死後，萬曆荒怠，朝政日趨腐敗，但這並不影響利瑪竇在晚年將中國政體描述為理想的共和。隻要知道利瑪竇來自一個政治生活中充滿陰謀、暗殺，社會動蕩不安的國度，我們便不難理解他如此讚賞高度集中而且較為穩定的中國政治了。