利瑪竇也常讚揚中國的文化思想。他認為儒學是以自然律為基礎的，許多西方哲學家都無法與孔子相提並論。四書所述的倫理猶如第二位塞尼加的作品，不次於古代任何著名作家的作品。
來華多年後，在徐光啟請求與其共譯天主教經書時（1604），利氏還表達過他初來中國時的感受：“向自西來，涉海八萬裏，修途所經，無慮數百國，若行枳棘中。比至中華，獲瞻仁義禮樂聲明文物之盛，如複撥雲霧見青天焉。”徐光啟《跋二十五言》，見《增訂徐文定公集》。應該說，利氏的這種感歎是真誠的。他所經過的非洲、印度、交趾在當時確實難以與中國的文明程度相比。但如果中國文明中的一切皆如上述那樣美好，歐洲公眾就會認為利瑪竇等人的傳教工作正如後來反教的士大夫所認為的那樣是不必要的了。因此，在利瑪竇對中國的評價中就不乏針砭，甚至產生前後不一致的看法。
對中國人的迷信（如神仙方術）及道德生活中的腐敗現象，利瑪竇不遺餘力地給予了批判。他深惡痛絕地描述了明末的淫逸之風。此種描述正好可以向西方人表明天主教能在中國完成淳化“異教徒”道德生活的“使命”，而又不致引起對他適應儒學以使中國人歸化基督教的傳教策略的反感。
利氏對不同的人介紹和評價中國文化時，態度是有一定差別的。對歐洲公眾，他盡量介紹儒學與天主教相合的地方，並在此基礎上肯定、讚揚儒學，以爭取歐洲人對耶穌會在華傳教策略的理解和支持；在寫給個人的書信中，利瑪竇則有保留地介紹二者不一致的地方，以說明在中國傳教的困難，進而爭取友人或上司的同情與理解。也就是說，在後人編輯的利瑪竇書信集中，我們更能見到真實的利瑪竇。這種差別可簡稱為“公私之別”。另外，還有一種“中西之別”，即利瑪竇對西方公眾較多地肯定和讚揚儒學（批評的則主要是信奉儒學的中國人的道德生活），而當他在北京獲得士大夫較為普遍的同情後，在與士大夫的交談中，他對儒學中的一些妨礙天主教傳播的觀念、思維方式則多有貶斥。而對西方公眾，除了多次談到中國人缺乏邏輯推理以外，則較少像他對中國士大夫那樣彰顯中西文化間的一些深層差別。如他對士大夫說中國人的認知缺陷在於隻限於感官之知，缺乏對無形的精神實體的想象與認識，對西方公眾他則很少提及這一點。利氏對儒學評價中的這種“中西之別”，一方麵造成了西方人在“歸化”中國人一事上的盲目樂觀情緒，另一方麵則成為反天主教的士大夫進行反批判的理論根據。
以上兩種差別的產生，主要出於策略性的考慮。當他向士大夫布道時所談論的儒耶之間在思維方式上的深刻差異，也許是他更真切的想法，但他卻較少向西方人交代這種差異，想得到歐洲公眾的支持的企圖使他避免這樣做。但不能因此說他是一個無定見的傳教士。我們將會看到，那些構成利瑪竇認為儒學是宗教的因素，以及他認為與天主教相一致的儒學中的觀念、思想，正是他在中文著作中極力予以肯定、調和的地方。而他向中國士大夫所彰顯的儒學與天主教不一致的地方則成為他一貫比較、分析和批判的對象，或者成為他意欲以天主教取代和超越的對象。
利瑪竇的《基督教進入中國史》對歐洲的文學和科學，對哲學和宗教等生活方麵的影響，可能超過任何其他17世紀的曆史著述。啟蒙運動的大師們從中吸收了很多思想資料，並借他們想象中理想化了的中國，謳歌人性，讚美理性和人的權力。這一現象耐人尋味。它表明：兩種異質文化傳統之間的溝通、了解，不論其媒體的主觀意圖如何，它必然會在超出媒體本身的更大範圍內引起建設性的傳播、解釋和運用。耶穌會的本質無疑是反對宗教改革的，但以利瑪竇等人為代表的耶穌會士對中國文化的寬容性的解釋和讚許性的介紹，在客觀上無疑成為西方啟蒙思想家們借用中國哲學的前提。他們向西方人塑造了一個政治昌明、文化發達、國力強盛的中國形象。這對當時那些企圖通過搜集關於中國的情報，最後以武力征服中國的殖民主義者也無疑是一帖清醒劑。利瑪竇在工作另外，既然啟蒙時代的思想家，可以運用作為封建文化的中國哲學創造性地論證、發展他們的思想體係，那麼，當我們發現一些中國先進的士大夫，竟能利用傳教士輸入的中世紀西方宗教思想以及並非完全近代化的科學，做出有利於中國文明的貢獻時，我們也就不應該覺得難以解釋了。