⑤《辯學遺牘》。此書1629年收入《天學初函》。由三封信組成，即《虞德園銓部與利西泰先生書》，《利先生複虞銓部書》，《利先生複蓮池大和尚〈竹窗天說四端〉》。明末反基督教的士人曾對後兩封信的作者提出疑問，認為均非利瑪竇所作，係中士托利氏之名杜撰而成。經綜核史料，並加以考辨，筆者認為《複虞銓部書》確係利瑪竇所作；至於《複蓮池大和尚書》，則可能是徐光啟所作。
⑥《西國記法》。1596年撰於南昌，介紹記憶術。
⑦《西琴曲意八章》。此係音樂作品。
⑧《齋旨》。短文，僅八百字左右，是《畸人十篇》第六篇的部分綱要。
⑨《四元行論》。以氣、火、水、土為構成宇宙萬物的基本元素（質料），思想資料顯然來自古希臘哲學。
還必須指出的是，利瑪竇晚年撰寫的《基督教進入中國史》（即《利瑪竇中國劄記》）雖非中文著作，但也是很有價值的研究資料，對研究明代社會的各方麵都有重要參考價值。書中也包含了利瑪竇本人對中國各方麵的真實看法中華書局版《利瑪竇中國劄記》譯自加萊格爾的英譯本，這個英譯本又譯自金尼閣在利瑪竇意大利文原稿上加工過的拉丁文譯本，故多有出入。台灣版《利瑪竇全集》中的譯文譯自意大利原文，更真實可靠。
在上麵介紹的利瑪竇中文著作中，有一傾向非常明顯，即利瑪竇或者隱瞞來華的真實意圖，或者在宣講、傳播基督教時盡量不談那些為中國人難以接受的“啟示神學”，而是采用托馬斯·阿奎那的神學理論和方法，對他所宣講的教義進行說理性論證。這種策略對與他接觸的士大夫影響也很大，因為世俗理性精神較濃厚的士大夫是難以接受“啟示神學”中的“語怪之論”的，而更易理解基於推理的結論。
利瑪竇的“啞式傳教法”引起的反響是較大的。一些士大夫在閱讀其著作後投入了“天主”的懷抱，而另一些士子僧徒在研讀利氏中文著作後，感到“聖學道脈”有被“邪教”取而代之的危險，於是奮起批駁天主教。看來，在當時的中國這塊較平靜的湖麵上，要想激起波瀾，還非得投進幾部著作不可。
六、另一種福音
對於那些深切關注個體救贖的中國教徒來說，傳教士輸入的天主教義也許確乎向他們展示了生活的真正意義。在超凡脫俗的宗教生活中，他們也許真的感受到了存在意義的天光。總之，天主教義成了他們的福音。然而，對當時的整個中國來說，對今天的曆史沉思者來說，傳教士們來華更值得肯定的價值，在於他們攜來了科學——中國文化的福音。
但必須指出的是，科學不過是傳教士們的敲門磚。
初來中國時，利瑪竇發現最能引起中國人興趣的並非基督教的“福音書”，而是西方科學技術。1595年11月4日，在寫給羅馬耶穌會總長的信中，利瑪竇列舉了中國人訪問其住所的五個原因：其一，他是從歐洲來的外國人；其二，他有驚人的記憶力；其三，瞿太素到處傳揚他是位大數學家；其四，他帶來了一些東西，如棱鏡、地球儀、渾天儀、世界地圖；其五，最後的原因才是想聽教會的道理，並與之交換意見，但因這個原因拜訪他的人最少。可見其中實質性的原因乃是利氏向中國人展示的西方科學技術。
早在他居於肇慶時，利氏就發現他掛在牆上的有外文標注的世界地圖，使中國人產生了極大的興趣，也強烈衝擊了中國人“中國即天下”的世界觀。知府王泮見後親自督印了這幅地圖的第一個中文版即《山海輿地全圖》。王泮之舉，正中利氏下懷，他“立刻著手從事這項工作，其目的亦是開辟傳教的另一途徑”《利瑪竇全集》第一冊。他一方麵迎合中國人“華夏中心”的天下觀，將中國畫在地圖正中，同時又念念不忘其傳教目的，在圖中注明各民族的宗教時，特別插入“普世性”天主教的道理，而不標注阿拉伯人信仰伊斯蘭教，以表明天主教是世界上的唯一“真教”。這項工作還使他發現了中國人的一些心理弱點，即中國人夜郎自大，認為中國就是天下，但越自大，當真相被揭穿時，就越自卑。因此，當他們一旦發現外國的東西比中國更好時，就喜歡外國的東西更甚於自己的東西。應該說，利氏對當時生活在封閉帝國中的中國人的心理描述和把握，是較為生動和準確的。因此，當他利用這些心理弱點時，也就顯得頗有效用。