利瑪竇雖已改換儒服，但那還隻能換來儒者的外貌，即隻能在外觀上使士大夫對傳教士減少那種對佛僧的優越感或輕視，並增加一些認同感或至少是不排斥的同情。要在消極意義上盡量縮短或消除心理上的距離，並因此減少中國天主教徒在宗教生活中的困難，還要合宜地對待中國社會生活中的禮儀、風俗。
利瑪竇可謂入國問禁。通過觀察，他發現祭祖、祭孔在中國社會生活中是非常重要而且沿襲已久的傳統禮儀。對這些禮儀的態度，便成為上至皇帝下至平民百姓都非常關注的焦點之一。利瑪竇對此問題的態度是鮮明的。他認為這些禮儀不是宗教儀式。關於祭祖，利氏向西方人作了如下介紹和評述：“從皇帝到平民，儒教最隆重的事，是在每年的某些季節，給逝去的祖先獻供……他們認為這是盡孝道。所謂‘事死如事生、事亡如事存，孝之致也。’他們並非認為死人會來吃上述東西，或者需要那些東西。他們說是因為不知道有什麼別的方法，來表達對祖先的愛情及感恩之情。有些人曾對我們說，訂立這些禮法主要是為著活人，而非為死人；即是說，那是為了教導子孫和無知的人，孝敬仍然在世的父母。看到有地位的人，事奉過世的仍像在世的，自然是一種教訓。無論如何，他們並不想逝去的人是神，不向他們祈求什麼，祝望什麼，與偶像崇拜無關，或許也能說那不是迷信。”
從利瑪竇的上述評價來看，這位傳教士是不那麼堅決反對中國教徒祭祖的。因為他認為，祭祖是中國人用來維係孝道這一倫理原則的習俗；而且，從基督教的立場來看，它不是所謂偶像崇拜，即不是非排斥不可的異教宗教儀式。不過，他仍希望中國人在皈依基督教後，“把這份孝心，改為對窮人的施舍，以助亡者之靈。”
關於祭孔，利瑪竇也采取了類似的評價。他認為中國官員或士子到孔廟行禮，“是為了感謝他（孔子）在書中傳下來的崇高學說，使這些人能得到功名和官職。他們並不念什麼祈禱文，也不向孔子求什麼，就像祭祖一樣。”
利氏對祭祖禮儀評論並不十分準確。在中國曆史上，祭祖是一種經曆過演變的禮儀。考古學的發現表明：殷代祖先崇拜隆重，祖先崇拜與此前的天神崇拜逐漸接近、混合，為殷以後的中國宗教樹立了規範，即祖先崇拜壓倒天神崇拜。這時的祭祖，尚是具有一定宗教意味的儀式。因為殷人深信他們的部族是代表著上帝的旨意統治人世的，下界的王朝即為上帝之代表。他們認為上帝並不直接與下界人間小民相接觸，所以一般人不能直接向上帝籲請。因此，如果人們有所祈求，須以王室為下界代表，通過王室祖先的神靈，才能將下界的祈求傳達於上帝之前。周初人們還認為祖先的靈魂有降禍賜福的能力，因而要敬祖。
周末由於對世俗道德教化的強調，或說由於“人文主義精神的衝擊”，祭祖的思想和心理基礎開始轉化為世俗化的倫理觀念。最能說明這一點的是荀子的《禮論》。荀子基本上是一個無神論者，他否定了天的神學意義，同時在探討禮的起源和意義時，他也否定了禮是“天秩”。他以“禮以養情”、“禮以成文”說明禮的功能，以“祭者，誌意思慕之情”解釋祭禮的起源和作用。他對禮儀的解釋基本上是從倫理功能的角度著手的。祖先崇拜的宗教意義被世俗倫理觀念取代了。十分有趣的是，利瑪竇這個天主教神學家對中國禮儀的解釋，竟與荀子這個無神論者有許多相似之處，這顯然得益於他從荀子那裏所獲得的思想資料。這裏需要指出的是，荀子還承認祭禮“其在君子，以為人道也；其在百姓，以為鬼事也”，這便是祭禮中禮和俗（即上層社會與平民）兩大脈絡。在荀子看來，祭祖活動在民間具有宗教迷信色彩。而利瑪竇則不可能，也無必要注意到祭祖在中國曆史上的演變及細微的禮俗之別，而隻是一概而論隻在他的解釋中賦予這種中國禮儀以一種世俗的道德意義。這也是一種與帶有技巧性的解釋相互關聯的策略，也是他常用的一種理論伎倆，即：對儒學中與基督教核心教義貌合神離的因素，他盡力地采用擬同的調和之法。對儒學中異於基督教，但又確實帶有宗教、迷信色彩的思想、觀念、習俗、禮儀，利瑪竇則盡力銷蝕其中的宗教（“異教”）意義，以便向西方人表明：中國的禮儀是可以容忍的。他必須這樣做才能爭得傳教活動的大本營——歐洲天主教會對他的策略的理解和支持；也隻有這樣做才能迎合中國人的習慣，雖然他曾聲稱這並不是向儒學獻媚。這一做法埋下了後來“禮儀之爭”的種子。