利瑪竇適應中國國情，分別將“敬孔”和“祭祖”解釋為“敬其（孔子）為人師範”和“盡孝恩之誠”的非宗教禮儀。在此基礎上，他尊重士大夫和平民的祭祀習俗。這樣使得當時的中國教徒，特別是那些具有一定的政治、社會地位的天主教徒，在需要參加“敬孔”和“祭祖”儀式時，不至於產生宗教上的阻滯和困難。同時，利氏還以儒家經典中的天、上帝稱呼天主教的“唯一真神”天主。後來的康熙皇帝稱之為“利瑪竇規矩”。
利氏死後，陸續來華的其他會派如多明我會、方濟各會、巴黎外方傳教會的傳教士，一再有人反對“利瑪竇規矩”，被利瑪竇指定為耶穌會中國省區負責人的龍華民也持反對態度，耶穌會內部的龐迪我，亦主張中國教徒禁絕敬孔、祭祖。這樣，從17世紀30年代起，開始了持續近一個世紀的“禮儀之爭”，官司一直打到教皇和康熙皇帝那裏。1704年，教皇克來孟十一世作出了禁止中國天主教徒“敬孔”、“祭祖”的決定。此前兩年（1702）教皇已派鐸羅為使者來華，此人於1705年年底到達北京，並受到康熙皇帝的召見。當康熙明白其意圖是推翻“利瑪竇規矩”時，他斷然宣布：“自今以後，若不遵利瑪竇的規矩，斷不準在中國住，必逐回去。”不過，他仍允許那些“領票”即遵守“利瑪竇規矩”的傳教士留居中國。但羅馬教廷仍固執己見，於1720年再度派使者嘉祿來華重申其禁約，又由於中國官員屢請禁絕天主教，康熙皇帝乃下令全麵禁教。他斥西洋人為“小人”，天主教“竟與和尚道士異端小教相同”，明令“以後西洋人不必在中國行教，禁止可也，免得多事”。雍正繼位後，禁教更嚴。中國的大門自此緊閉。直到一百多年後，這扇大門才被洋炮轟開，近代史上的傳教史，也就變成一部中國人民的屈辱史。
“禮儀之爭”還向人們表明，“利瑪竇規矩”作為明末來華傳教士對中國禮儀、習俗的最早解釋，與其說它是尋求中國禮儀在古籍及當時的曆史生活中的原意，倒不如說它是為了解決傳教士們在宣講基督“福音”中所遇到的一係列困惑。正是在這種意義上，可以說“利瑪竇規矩”既帶有策略性成分，也有理智分析的成分。在禁律麵前，利氏的妥協是近代以前唯一可行的和平傳教途徑。康熙皇帝接受利瑪竇的解釋，並以是否遵循“利瑪竇規矩”作為決定傳教士去留的標準，正好可以成為上述對利瑪竇其人及其策略所作評價的注腳。
五、沉默的“福音”
一提到歐洲中世紀，人們便會聯想到如下的畫麵：在大街小巷、在廣場上，上帝的黑衣使者們手持《聖經》，向渴望得到救贖的人們宣講福音。這些教士為了征服他們的聽眾，不僅要熟背《聖經》，還要經過若幹年的雄辯術訓練，以練就滔滔不絕的口才。在來華的傳教士中，仍有人如龍華民不忍割舍他們的無礙辯才，主張直接到廣場、到鄉間向中國人宣講“福音”，認為“從高官大員開始而鄉下的愚夫愚婦，都應勸他們信教。”這種急於求成的直接後果便是不斷的風波——中國百姓經常以各種理由向官府告狀，抵製，排斥他們的傳教活動，這是1598年利瑪竇轉赴南昌後在韶州的情形，當時龍華民主持韶州傳教事務。
利瑪竇既有過目不忘的驚人記憶力，也有口若懸河的辯才，而且思維清晰。這種能力就連李贄也非常佩服，他說利氏“數十人群聚喧雜，仇對各得，傍不得以其間鬥之使亂。”李贄《續焚書》，中華書局，1975年。但利瑪竇卻清醒地意識到，中國不是他表現口才的地方。與龍華民不同，他選擇了一種以著作傳教的方法，即所謂“啞式傳教法”。