與龍華民一樣，利瑪竇也希望以“福音的光芒”照耀神州大地，但他卻有意使“福音”沉默下來，他相信，在中國，著作的力量大於他的三寸不爛之舌。而且，既然在中國傳教首先隻能采取爭取士大夫的上層路線，那就應該實施相應的傳教方法。
利瑪竇還曾在其他方麵為其“啞式傳教法”進行辯護。他認為，這種方法適合中國人的習慣，“因為所有教派多以書籍，而不是以口講作宣傳，獲取高官厚祿也是利用撰寫佳作，而不是利用口才獲得。”《利瑪竇全集》第四冊。而且“中國人對於有新內容的書籍十分好奇，又因為象形的中國文字，在中國人心目中有一種特殊的力量及莊重的表達能力”《利瑪竇全集》第一冊。中國人還有以文會友的習慣，這種心理和習慣產生的後果便是：“在中國印在書上的東西都被認為是真理”，“關於基督教義，中國人比較相信書本，隻是口頭討論是不夠的。”總之，在他看來，中國人似乎是一個重視覺而輕聽覺的民族，相信三不朽的傳統又使書籍被神聖化，從而產生盡信書的心理習慣。
在利瑪竇看來，以著作傳教的效用極大。“在中國有許多傳教士不能去的地方，書籍卻能進去，並且仗賴簡潔有力的筆墨，信德的真理可以明明白白地由字裏行間，滲入讀者的心內，較比用語言傳達更為有效。”裴化行《天主教十六世紀在華傳教誌》。在十六、十七世紀的中國，大眾傳播媒體似乎僅限於文字，書籍的滲透力在當時確實是無可比擬的。利瑪竇名篇利瑪竇相信，“啞式傳教法”甚至會影響儒家文化圈中的朝鮮、交趾及日本。
正是基於以上考慮，利瑪竇在其生活於中國的近三十年中，一直勤於撰述，其間他的中文著作竟達二十種之多。除了一些科學譯著外，還有關於宗教、哲學、倫理等類的著作。
①《交友論》。這是一部西人論友誼的格言彙集，收入了古羅馬西塞羅及文藝複興時期人文主義大師愛拉斯謨等人論友誼的格言。由此亦可見利瑪竇確曾吸收過人文主義的思想資料，當然這些資料是於其宗教無損的。其中，也有若幹條格言是利瑪竇據他對中國人的思想之了解而編寫的。該書是應南昌建安王之請撰寫的，初刻於1595年，1599年再刻於南京，1601年馮應京刻於北京，先後曾被收入近十種叢書。在明末士大夫中風行一時，不少名人都曾在著作中引用該書中的格言。利瑪竇自述他也因此得名。
②《天主實義》，亦名《天學實義》。1584年，羅明堅曾與利瑪竇編寫《天主實錄》一書，當時二人漢語不精，故此書是在翻譯的幫助下完成的。經過研讀四書五經以及翻譯四書（譯為拉丁文），利氏開始懂得如何附會並適應中國傳統哲學並與之調和，乃於1595年著手撰寫《天主實義》一書，一年完成，進京後曾做修改。是書初刻於萬曆三十一年（1603），1605年第二版刻於廣東，1607年第三版刻於杭州，1629年收入李之藻編印的《天學初函》（大型叢書）。該書是研究利瑪竇思想最重要的史料之一。對於今天的神學家來說，其意義在於該書第一次係統地向中國人論證上帝存在、靈魂不朽、死後必有天堂、地獄之賞罰，並向中國人指出個體救贖之路；對一般研究者來說，此書之意義在於它是中西文化史上第一部根據所謂自然理性以耶釋儒，同時又以天主教批判儒釋道的著作。
③《二十五言》。由二十五節修身格言組成，1604年初刻於北京，同年再版，亦收入《天學初函》。
④《畸人十篇》。篇名取意於《莊子·大宗師》語：“畸於人而侔於天。”與《天主實義》一樣，是對話體著作。內容為利瑪竇同十人談基督教倫理，主要討論生死問題。此書1603年初刻於北京，1609年重刻於南京、南昌，收入《天學初函》。