利瑪竇從南京逆江而上，前往南昌故郡。在這座文化古都，他自然無心登臨滕王閣，而隻是渴求得到居住權和傳教所。這裏的士大夫和王室成員似乎都因好奇而對他敞開了友好的大門。巡撫陸萬垓因聽說利瑪竇是石星的友人，為了滿足自己的好奇心便派人查找利瑪竇的下落。那位當初收留了利氏的房主聽說此事後，嚇得當即將利瑪竇掃地出門，以免連累自己。而陸氏召見利瑪竇時的友好態度卻大出利氏意外，在驚喜之後，他趕緊以討好的語氣道出機關：希望留在南昌，“多承教化”。巡撫大人卻將責任推給知府大人王佐，老南昌的中山路而王佐自然不會輕易發放護照。利瑪竇於是向巡撫大人獻上一本介紹西方訓練方法的《西國記法》，還送上一隻夜鍾，一副星盤。西方奇器使利氏再次獲益：他被口頭允許留居南昌。時值1595年炎熱的六月。
南昌的寧靜並未平息利瑪竇謀圖進入北京的激情。1598年6月，利瑪竇高攀上吏部尚書王忠銘，後者經南昌赴京為皇帝祝壽，利氏以向皇帝獻禮為由要求與尚書大人同行。他向皇帝的獻禮包括：一幅《山海輿地全圖》，一座八音琴，還有自鳴鍾、十字架像等。王氏見後大加讚賞。當然，利氏執意送給尚書大人的時鍾更令他高興，而且更難讓他拒絕利氏的要求。利瑪竇於是借著尚書大人這一保護傘，納涼北上。
然而，這次北京之行仍然失敗了。那位尚書大人雖因受厚禮而向他所熟識的太監轉達了利瑪竇等人的申請，但這也正是整個計劃流產的原因：太監似乎總是成事不足敗事有餘的。雖然太監非常喜歡傳教士們攜來的西洋奇器，但當他得知利瑪竇竟不能像傳說中的那樣將水銀變成真銀後，便對利瑪竇等人撒手不管了。乘興而來的利瑪竇，隻得在三裏河一帶望著皇城興歎。此次北京之行的唯一收獲是：利瑪竇證實了大契丹即中國，傳說中的大城“汗拔裏”即北京。但這一地理學上的收獲，難以抵消利瑪竇的絕望，他隻能滿懷新希望地自歎道：“福音的光輝照亮北京城的時刻還未到來。”不過，利瑪竇再次玩起故伎：進兩步退一步，就像前次想去南京不成卻到了南昌一樣，他決定退回南京而不是南昌。1599年2月6日，利瑪竇到達南京，住進了市中心的承恩寺。不久之後，他們從一位貴官那裏買來一座據說常鬧鬼的官邸，改為教堂。利瑪竇此次受到南京要人的禮遇，在南京廣為交遊，與佛僧論道，與學者談數學，還收受了一些信徒，可謂吉星高照，一切順利。其根本原因不是上帝在南京向他呈祥，而是因為日本侵朝失敗，那些但求無過的官員再也用不著為接待洋人而擔心丟掉烏紗帽了。但利瑪竇永遠不會知道，他在南京的順境，傳教工作在南京的進展，同時卻為日後傳教團準備了葬身之由。那便是在他死後六年的“南京教案”。
利瑪竇曾在南京陳列準備進獻給皇帝的禮品，這便使利氏進貢之說廣為流傳。利瑪竇趁熱打鐵，再次著手北上。1600年5月18日，利瑪竇打點好貢品，帶著傳教士龐迪我和兩位修士，搭乘一名進京的太監的便船，再度踏上進京的旅途。然而，這位太監卻在臨清將利瑪竇一行交給了稅使馬堂，馬堂是臭名昭著的太監，性情貪婪狡猾，他雁過拔毛，自然不會輕易放走身帶奇物的洋人。馬堂將利氏轉往天津，在那裏一方麵向皇帝呈上進貢請求書，等候北京方麵的答複，另一方麵卻使利氏遭受了一次“大劫掠”最後，因遲遲得不到皇帝的答複，馬堂竟將利瑪竇投入天津衛的監獄，任他們去請求上帝的恩典了。
上帝並未出現，皇帝卻來幫忙了。據說，荒怠的萬曆皇帝突然有一天心血來潮，想起那份進獻奇物的奏疏中提到的自鳴鍾，於是一紙詔令使利瑪竇得以出獄進京。利瑪竇到達北京時已是1601年1月24日。
利瑪竇在中國自造的自鳴鍾（複製品）皇帝對西洋奇物的反應是驚喜交加。他迷上了那座自鳴鍾。這可幫了大忙，因為利瑪竇等人幾經周折仍未得到禮部讓他留居北京的文書，而那座常需修理的自鳴鍾正好說明利瑪竇等人不能離開北京。萬曆皇帝雖未明文準允利氏留居北京，但利瑪竇等人卻從他的沉默中得到非正式的準許。這樣，利瑪竇終於可以著手實現他那日思夜想的計劃了。從此，他便利用各種手段在北京展開傳教活動。他在這裏拜訪官員，講授科學，以中文著書，宣講教義。一直到他於1610年死去。