利氏以分析的態度意識到“萬物一體”論中包括以下幾種關係：物與魂、天與人、天與物、人與物、人與人、物與物，他一一辨析了這幾種關係不能以“一體”論之的理由。
在討論天人、天物關係時，利氏借與之對話的中士之口提出一種基督化了的儒學天人、天物合一論：“吾古之儒者，明察天地萬物本性皆善，俱有宏理，不可更易。以為物有巨微，其性一體，則曰天主上帝即在物內而與物為一，故勸人勿惡以玷己之本善焉，勿違義以犯己之本理焉，勿害物以侮其內心之上帝焉。”《天主實義》第四篇。此論實即“物物各具一太極”的改裝，即以萬物之性體是“宏理”（太極），故皆善，而且此理即是萬物之內的天主。此論實非古儒之論，而是朱熹思想的基督化形式。即便這種天人、天物合一論采取了基督化形式，在利瑪竇看來亦是異端之論：所謂天（主）人一體是人心傲慢之邪見，天（主）能生萬物，人則不能。至於天（主）物合一論隻能有以下三種形式：①天主即物，②天主在物之內而為其內分，③物為天主所使。若以天主即物，則會否認事物之間的差別，也就否認宇宙有萬物，物物之間相互戕害之情亦難以解釋。若以天主為物之內分，則會導致萬物之原小於其所生之物的分大於全的邏輯錯誤。物為天主所使則如物為工匠所使，亦不可一之。嚴格地說，這種對天人、天物合一論的批判並無多少理論意義，其前提是天（主）生物生人的創世說。
在考察人物、物物關係時，利氏便利地采用了荀子劃分類的方法以證各類事物之差異：“分物之類，貴邦士者曰：或得其形，如金石是也；或另得生氣長大，如草木是也；或更得知覺，如禽獸是也；或益精而得靈才，如人類是也。”《天主實義》第四篇。利氏引《荀子·王製》中的思想之目的是想在與古儒的附會調和中，將精神與物質的對立觀引進人物關係之中，同時強調自然萬物之間的差異。確實，在孟荀等古儒的思想中，均曾突顯人之異於禽獸的道德或類本質，荀子強調物物、人物之差異的思想更是明顯。但“天人合一”、“萬物一體”的觀念在宋明各種形態的道學中均甚流行，這種觀念不論具有何種意義（本體論或境界觀），都是以犧牲事物的特殊性和差異性為代價的，因而與古儒“天地之性人為貴”迥異其趣。朱熹曾意識到，所謂人物各具一太極，天人和人物一於理將與孟子以來儒家強調人物本性差異的傳統發生尖銳的矛盾，為了克服這種矛盾，朱熹從理同氣異、理異氣異等方麵闡述過人物有差別的思想。在與士大夫的討論中，利氏遇到了這種思想在明末的影響。利氏引中士言曰：“雖吾國有謂鳥獸之性同乎人，但鳥獸性偏而人得其正。雖謂鳥獸有靈，然其靈微渺，人則得靈之廣大也，是以其類異。”《天主實義》第四篇。與利氏對話的中士之論述顯然襲自朱熹人物之性理各有偏全的思想，其旨在於說明人物之性雖同於理，但仍可據其稟理之偏全而加以區分。但在利瑪竇看來，所謂正偏、大小不足以區別物類，僅可以用來區別同類事物之等級。所謂大山、小山仍屬山類；得性之大者智，得其小者愚，得其正者賢，得其偏者不肖，但智愚賢與不肖者仍屬人類。客觀地說，雖然利瑪竇以能論理為人賴以區別於物的類本質仍屬抽象的人性論，但他強調人物各自的特殊性及差別則不無合理之處。這種來自西方哲學的觀念無疑對朱熹以理為世界之本原、本體，並以之為世界的統一性之基礎的正統儒學構成一種挑戰。
以氣一元論為基礎的“天人合一”、“萬物一體”論也受到了利氏的批判。在與基督教的對話中，中士著重闡述了以下思想：儒學雖雲天地萬物共一氣，然物之貌像各不相同，故觀象可以驗類。其旨在於說明“吾儒”仍能將一體之萬物區分開來，這無疑是持萬物一體（共一氣）論的儒者對堅持差別、對立原則的“西儒”的哲學批判之回應。利氏則著力指出觀象不足以驗類，隻有據性才能分物，這樣做的意味是：既然氣一元論中的觀象驗類不能成立，則萬物共一氣的萬物一體論也不能成立。他還引進古希臘哲學家恩培多克勒的四根說，指出氣隻是構成萬物的四種質料因之一，因而萬物不能一體於氣。這種批判無疑是建立在中西哲學中的兩種氣論的差異之上。陽明心學中“萬物一體論”也受利瑪竇的批判。中士據陽明《大學問》中的思想，試圖從本體論上解決在何種意義上人、物皆一這個問題：“中士曰：謂同體之同也。曰：君子，以天下萬物為一體者也；間形骸而分爾我，則小人矣。君子一體萬物非由作意，緣吾心仁體如是。”《天主實義》第四篇。這顯然是對陽明所謂“其心之仁本若是”的具體闡發，其旨在於說明與天地萬物為一體是人心之本來狀態。利氏對這種“萬物一體”論采取了溫和態度，肯定其動機是前世之儒“翼愚民悅從於仁”，但此種“一體”應釋為一原（天主），如果真以為萬物一體，反而滅仁義之道，利氏仍堅持西方哲學中主客體對立分離的思維方式，認為道德實踐是以主客體的分離存在為前提的，必須有行為主體及受施之客體，仁愛等道德行為才是可能的。而且若以“萬物為一體”，則道德責任亦難以究清。