明代木刻中的基督教畫綜上所述，利瑪竇對宋明理學中三種形態的“萬物一體”論給予了較為全麵的批判。當利氏論及天人、天物關係時，創世說的陰影幾乎遮蓋了所謂理性分析的明晰。當他考察人與物、物與物的關係時，他力圖使士大夫接受如下西方哲學觀念：實然世界充滿了差別和對立，這種差別和對立使得事物非此即彼，也正是人與物、物與物、人與人的分離、差別和對立才使得道德行為成為可能，才使得世界成為審美對象。這種堅持差異和對立的知性思維方式成為利瑪竇批判儒學的根本原則。在這種批判中表現出利瑪竇神父對儒學的深刻隔膜，即：他沒有意識到也無法理解到他所批判並試圖取代的乃是士大夫們孜孜以求的一種具有超越意義的人生境界。理學家們並非不關心實然世界中的哲學問題，但他們更關心的乃是作為宇宙之一員的人應該具有什麼樣的精神生活才能達到理想人格的完成。對他們來說，對應然世界的探尋比對實然世界的分析、考察具有更高的價值。張載的氣一元論並非不討論實然世界的狀態，但他追求的民胞物與（泯物我之別，合內外之異）之理想成為士大夫生活極則。程伊川所謂“仁者渾然與物同體”，陽明通過去有我之私和克物欲之蔽所達到的與天地萬物為一體，均是一種與物無對的神秘人生境界。造成利氏與這種境界觀的隔膜的原因，既有中西思維方式的根本差異，也由於利氏對中世紀後期那種強調宗教是一種內心生活、注重個人體驗的神秘主義“異端”持批判態度，這使他難以理解與神凡合一具有外觀上相似性的“萬物一體”、“天人合一”等觀念。但客觀地說，雖然利氏以分析的態度提出的“物以性分”，“施仁行義必待有二”等命題是以中世紀哲學的外觀呈現給士大夫的，卻有助於認清儒學的一個特征：將事實與價值混為一談，最終以對價值的籠統描述和追求代替對事實的考察和分析。從這個角度審視利氏對“萬物一體論”的批判，也許有益於今人對儒學的反思和用藏取舍。
八三教合一——“折斷天下之心於三道”
絕對排斥、對立的觀念在中國哲學、文化思想中是不多見的。在處理各種宗教的矛盾時，絕對排他的觀念在實質上也很少支配某派教徒的精神生活。所謂絕對真理、唯一真教是明末士大夫們不熟悉甚至難以接受的觀念。誠然，曆史上有過儒釋道的激烈衝突，利氏著力批判的宋代理學就是以批判佛老異端、繼承儒家道統為旗幟的，但這並不妨礙理學家在實質上吸收二氏思想，矛盾和衝突常常是以貌離神合或公開標舉的融合為結局的。明末致力於三教融合的思想家更是大有人在。晚明心學殿軍焦竑自認為“學佛而後知儒”，他對佛教的偏愛立足於一種頗為寬容的理性精神，即認為天下之道隻有一個，不論哪一學派或教派，隻要它有識於此道，便應承認並吸取。三一教主林兆恩則融合三家建立了三一教。與利瑪竇有多次交往的李贄亦主張三教歸一：“儒釋道之學，一也，以其初皆期於聞道也。”《說彙》，見《續焚書》第二卷。李氏之論具有反封建正統的性質，曾大有助於明末之思想解放。這一點可見於高攀龍對三教合一的批判。後者批判的雖是王學末流管誌道等人的思想，但其目的則在於恢複受到王學衝擊的程朱理學的正統地位。他相信正統儒學的完滿性，認為“孔子道無虧欠，本不須二氏幫補”《高子遺書》第四卷。高氏之論倒表現出儒學一派的排他性。