一、矯摯英邁一少年
萬曆三十七年（1610），利瑪竇在北京去世的消息傳至上海，因父親去世在家中居喪已近三年的徐光啟“哀之如師傅”，並迅即從上海趕赴北京，真可謂如喪考妣。徐光啟有許多理由為利瑪竇的死感到悲傷，也有很多理由需要他向利瑪竇表達他由衷的最後的敬意。他們曾經朝夕相處，共同凝望和探究天上的星空、思索心中的道德律。他曾虔誠地向利瑪竇傾訴他的宗教關切，與他談論生死大事。他知道利瑪竇的死對他意味著多大的損失：是利瑪竇將他引入神奇而且令他著迷的科學世界，是利瑪竇與他的合作使他得以融會中西，為中國的科學事業和中西文化的交流作出了重大貢獻。他們本可以繼續這未竟的事業，然而，他卻驟然失去了這位來自異域的良師益友。這將使他割舍不下的科學研究顯得更加缺乏人手。雖然，在他日後漫長的科學和仕宦生涯中，他完全有足夠的能力和信心將他早已提出的富國強兵之術繼續付諸實施，但他又不能不撫今追昔、飲水思源，常常念及他與利瑪竇問學論道的那些日子。正是由於同利瑪竇等傳教士的相遇和合作，才使徐光啟這位胸懷淩雲之誌、自強不息的誌士，獲得了在中西文化和知識之海中冥想遨遊的翼翅。
徐光啟1562年陰曆3月21日生於明帝國的南直隸鬆江府上海縣。當時的上海，可不是後來冒險家的樂園或東方的巴黎，它不過是鄉土中國中很普通的一個小縣，雖然廣原腴壤，徐光啟像但常常神出鬼沒、燒殺搶劫的倭寇卻使這裏的百姓吃盡了苦頭。徐光啟一家住在縣城城南。所謂縣城，不過是人口相對集中，紡織工人稍多的小鎮，連內地一些縣城必備的城牆都沒有，自然保護不了城裏的百姓。徐光啟出生前約十年，倭寇曾大舉入侵東南沿海，在上海地區騷擾達四年之久。在這四年中，徐光啟的母親曾左掖婆母，右持幼女（光啟的姐姐），草行露宿，每休止叢薄，則抱女坐水深流急之處，準備在倭寇到達時，便自溺而死。徐光啟幼時常聽到他的母親和祖母講述倭寇四處為患的暴行。直到他出生的第二年，總兵官俞大猷、戚繼光率兵猛擊倭寇，使之受到重大打擊，此後的倭患才有所收斂。但倭寇造成的上海百姓流離失所及中國官兵史詩般的抗倭鬥爭都給徐光啟幼小的心靈留下了不可磨滅的印象。
伴隨徐光啟成長的除了噩夢般的倭患所造成動蕩不安以外，還有常常令徐家陷入窘境的貧困。據說徐家本居蘇州，高祖竹軒始遷居上海。據徐光啟本人所撰《先祖事略》稱，他的高祖是位“家世清白”的秀才，到了他的曾祖徐珣這一代，由於明代政府課以繁重的賦役，徐家已落到“力耕於野”的地步。當他的祖父徐緒當家理政時，由於遭受意外之災，徐家又“盡費其業”，難以為繼。他的祖父為了生計，被迫棄農經商，這才使徐家成為一個家境漸裕的商業家庭。徐家的漸裕大概受益於當時在上海還不甚顯著的資本主義萌芽。但光啟的祖父徐緒卻未能盡享天年，四十歲便撒手而去，留下妻子尹氏和六歲的孤兒徐思誠（光啟的父親）在動蕩不安的上海苦苦掙紮。幸虧光啟的祖母善理家政，她請來徐思誠的舅父尹某到徐家主持商業，並為長女成婚，招贅入門，讓女婿管理徐家家政。這種安排竟使徐家產業十倍於徐緒生前。孤兒徐思誠因此能過上一段較安定的讀書生活，並於十七八歲時娶儒家女錢氏。過了不久，持續四年的倭患使被派為大戶參與抗倭的徐家產業遭受很大損失。而且禍不單行，徐、尹及女婿俞氏三家平分財產後，徐家的財產又被盜竊，慘淡經營成為大戶的徐家又陷於窘境。徐光啟出生後，家庭經濟狀況仍無大的改善，以致他的老祖母和母親不得不早暮紡織，寒暑不輟，他那曾一度嬌生慣養的父親徐思誠也不得不經常務農以求自給。不過，和中國千千萬萬的父母一樣，徐光啟的父母都望子成龍，光宗耀祖更是老祖母對獨孫光啟的殷殷厚望。所以，他們總是克服重重困難，盡量讓光啟多受教育，他因此被送到龍華村的龍華寺入學讀書。年幼的徐光啟也偶爾參加家庭的輔助性勞動，這使他自幼便了解下層人民的疾苦，更增加了對農業和手工業的感性知識。日後的徐光啟在政治、學術生涯中能關心國事民瘼、求精責實，與他年幼時的經曆不無關聯。