利瑪竇在私人信函中稱他曾駁斥儒釋道三教，同時對“本世紀（指17世紀）有不遵循傳統提倡的新奇思想，也不客氣地加以駁斥”。這裏的“新奇”思想可能既包括李贄等人融會三家而倡發的叛常之論，也包括當時的經世實學。但何以一些士大夫以“天學”為實學？這裏涉及到對實學的不同理解。徐光啟所謂實學既指道德領域中的實心、實行，也指“天學”中可以用來經世致用的科學技術；而當李戴將利瑪竇珍惜時光、寡過增德理解為“大獲裨於行”的“西庠實學”《畸人十篇》首篇。時，其含義則僅限於與宗教關係不大的道德領域。
十、“人有三父”
出世禁欲與入世的生活取向之間的衝突還具體表現在如何對待儒學中的封建孝道及王權這個問題上。由於這個問題最能表現天主教與儒學的根本差異，我們不妨詳細探討利瑪竇在這個問題上表現出來的對儒學的批判態度。
天主教有一條根本誡命，即愛上帝並且像愛上帝一樣地愛人如己。但愛的本質意義在於愛上帝，如果不愛上帝，愛人如己便毫無意義。十誡中有一條是孝敬父母，但當這種血親之愛與對上帝、耶穌基督的愛發生矛盾時，須毫無條件地將愛和生命獻給上帝和耶穌基督。耶穌說：“愛父母過於愛我的，不配作我的門徒，愛兒女過於愛我的，不配作我的門徒……為我喪失生命的，將要得著生命。”基督徒全部生活的意義便是信仰並且愛上帝和耶穌基督，孝敬父母、愛人如己等宗教道德規範的遵守和踐行如果不是以對上帝的信仰和愛為絕對前提，便失去了價值和意義。現代神學家對這一誡命仍堅信不移，詹姆士·裏德寫道：“企圖把基督的倫理思想同他的宗教分開是令人費解的……割斷了耶穌的倫理教導同他的信仰的聯係，就割斷了耶穌的倫理教導並賦予他的倫理教導以意義的生命線，耶穌的目的，耶穌的服從，耶穌的力量全部都來自他對上帝的信仰。”
作為一名正統的天主教徒，利瑪竇未嚐敢些許偏離這一誡命。他曾明確申明：“仁之大端在恭愛上帝”，為了強調信仰的絕對至上性，利氏借用儒學中的人倫這一概念，在作為封建綱常的五倫之上加之以“大倫”，這便是對上帝的認識與信仰《天主實義·引》。宗教信仰和道德與儒學世俗的宗法性倫理綱常之間的衝突至此便達到極致。利氏對此並非沒有充分認識，《天主實義》開篇即謂：“平庸治理，惟竟於一，故賢聖勸臣以忠。忠也者，無二主謂也。五倫甲乎君臣，君臣為三綱之首，夫正義之士明此行此”。這是對三綱的明確肯定，徐光啟所謂傳教士“無一言不合忠孝大旨”，蓋即由此而得。但這隻是表麵現象，當深刻的衝突凸顯時，利瑪竇並未表現出些許的妥協。其言曰：“國主於我相為君臣，家君於我相為父子，若使比乎天主之公父乎，世人雖君臣父子，平為兄弟耳焉，此倫不可不明矣。”《天主實義》第八篇。“人主”之“大倫”於是便取代了五倫（此謂超儒）。這裏顯然包含著對王權和父權的根本性否定，上帝麵前人人平等的原則也呼之欲出了。
至於孝道，在利瑪竇看來也並不是不能討論的。當他闡述了耶穌會士出家絕色不娶的原因之後，他麵臨的任務是：否定和批判由孟子首倡並支配中國人近兩千年的孝道：“不孝有三，無後為大”。利氏的批判首先是一種含有詭辯色彩的辯論術。他曾在中文著作中多次引用《孟子》之語以附會古儒聖賢之旨，但為了批判孝道，利氏則斷言“不孝有三，無後為大”不是“聖人之傳語，乃孟氏也”《天主實義》第八篇。因而其言不可信。孔子是中國之聖人，但並未傳此語，因此，孟子之言“斷非中國先進之旨”《天主實義》第八篇。對孟子的揚與抑充分表現出利瑪竇附會古儒的策略性成分。