稍有理論意義的是，利瑪竇認為如果以有後無後為標準，則會造成道德評價的不公正：“譬若有匹夫焉，自審無後為不孝，有後乃孝，則娶數妾，老於其鄉，生子甚多，初無他善可稱，可為孝乎？學道之士，平生遠遊他鄉，輔君匡國，教化兆民，為忠信而不顧產子，此隨前論乃大不孝也。”《天主實義》第八篇。因此，衡量孝與不孝的標準隻能是內在的，不孝的標準有三：陷親於罪惡，弑親之身，脫親財物。但是，最大的不孝乃是逆天主大父之旨。天下有道，三父（天主、國君、家父）之旨不相悖，順乎其一即兼孝三父；天下無道，三父之旨相悖，這時的選擇應是翕順天主之旨，這樣也許會違犯國君之令，但仍“不害其為孝也”《天主實義》第八篇。這裏便又從對孝道的否定上升到對王權的否定。
在對明末思想家的分析研究中，如果我們可以認為何心隱的“交盡於友”的觀念包含著以平等的朋友關係為人的社會關係之首這樣的原則；李贄的叛常逆倫的異端之論的底蘊是對封建綱常網羅的掙脫和批判；顧憲成的“是非者天下之是非，自當聽之天下”意味著對封建專製的否定；那麼，我們或許可以說，這些新進的觀念所造成的精神氛圍構成了利瑪竇從神權、上帝之愛出發，批判王權和孝道的客觀條件。換言之，如果明末思想界不呈現出活躍的開放性，一位域外傳教士對本土文化中最核心的王權與孝道等規則、觀念的批判將成為不可能之事。客觀條件的許可使利瑪竇得以參加明末批判思潮的合唱，當然，他唱得並不和諧，他的基調是神權與上帝之愛。事實上，利氏對君臣父子等宗法性人倫規範的否定與批判，構成稍後反教士大夫“破邪”活動中最重要的攻擊靶子。
當代神學家們常對以下問題困惑不解：為什麼作為外來文化的佛教成功地在中國文化中紮根，而基督教卻難以在中國立足？這自然是一個非常複雜的問題，很難從某個角度給予完滿的解答。但我們至少可以指出一點，即佛教之所以能成功地在中國完成其本土化過程，並成為影響人們精神生活的經久不衰的因素，其原因不僅在於佛教進入中國後不斷有高僧翻譯闡述佛教經典，附會儒道傳揚佛教教義，而且還在於佛教在與中國文化、政治傳統中最重要的綱常發生衝突時，往往是以佛教的妥協而消弭其間的矛盾的。例如，在孝道問題上，佛教以修道立身，永光其親為根據來論證僧徒出家並不違背儒學在家事父母的孝道；至於佛教對王權態度，慧遠曾著《沙門不敬王者論》，其旨在以實質上對王權的服從，免去形式上的“形屈之禮”。對宗法性人倫規範的實質上的妥協成為佛教在中國紮根並得以發展的最重要條件之一。
利瑪竇試圖附會儒家文化傳揚基督教義，但在對孝道和王權等最重要的問題上，利氏雖然在實踐中容忍中國宗法性禮儀，但在理論上卻在某些地方表現出一種不妥協的態度。利位於北京二裏溝的利瑪竇墓瑪竇死後，那些在“禮儀之爭”中對利瑪竇的傳教策略持否定態度的傳教士更將基督教的宗教排他性發展到極端，連利瑪竇所作的些許妥協（如允許中國教徒敬孔祭祖）也不能容忍，這樣，基督教初入中國便在它對教義“純潔性”的堅執中，在不考慮本土文化中核心傳統的堅固性的情況下，喪失了它在中國得以紮根、發展的最重要條件。即便是中國人自己借用基督教義創建的“拜上帝會”及由此舉行的大規模農民起義也未能真正使“上帝的天國”降臨於中華大地。這些曆史事實的內涵是豐富而深刻的，而且具有必然性。