落第的徐光啟隻能在家鄉課讀自給。不幸的是，他的母親於萬曆二十年（1592）去世。此前一年，這位母親又經曆了兒子應考不第的結局。在她去世時，仍未見到兒子功成名就。徐光啟因居母喪，不得不放棄教書。不久之後，徐光啟又重操舊業，在上海趙姓官僚地主家裏設家館教書。萬曆二十三年（1595），趙家兄弟之一趙鳳宇出任廣西潯州府知府，行前請早有文名的徐光啟隨赴廣西在家館負責其子趙公益的教育。徐光啟應承下來，移館潯州。據說這位鬱鬱不得誌的窮苦秀才“經行八千裏”，穿著破舊襤褸的短衣，停歇間常在短燭之下，自覓針線，聊為縫紩。
萬曆二十五年（1597），徐光啟獲得趙家資助，隨趙公益赴順天府應鄉試，命運之神終於戲劇性地向這位曆盡坎坷的學子伸出了援助之手。據說起初徐光啟仍名落孫山，但主考官焦竑在公榜前兩日，徐光啟的恩師焦竑仍以不得第一人為恨。分考官張五典從落卷中物色到徐光啟試卷，送給焦竑審閱。焦氏得卷後，“擊節稱賞，閱至三場，複拍案歎曰：此名世大儒無疑也，拔置第一。”徐驥《文定公行實》。徐光啟的命運竟因此而從名落孫山一躍而為“名噪南北”的名人。
徐光啟在漫漫科舉道路上屢試不第，其原因誠然很多，但最重要原因之一恐怕是與官學迥異的陽明心學對他的影響。晚年，徐光啟在教示兒孫“少年科第”之法時，曾自嘲道：“我輩爬了一輩子爛路，甚可笑也”《家書》。大概就是指這一點而說的。這次鄉試，能從名落孫山外到被拔第一，大概是因為主考官焦竑（亦曾屢試不第）與徐光啟同宗陽明心學。這一點可以證諸徐光啟所撰《舜之居深山之中》（試題之一）。該文開篇論道：“聖帝之心，唯虛而能通也。夫深山之居，舜之心無心也，無心斯無所不通也。”這裏的無心就是無私，而這裏的私、心有三種意義，其一指聞見之知：“自知識之用於有心，於是自有其聞見，而天下之聞見始與我揆而不相入矣”；其二指人我、物我之待：“凡人未能無我，則在在皆有我之私”；其三指私意：“凡人未能無意，則時時皆意生之會”。徐光啟在文中主張虛通，倡無為，主無我，倡去意，以期達到“不蔽於我”、“不滯於人”、“我與人相感”、“發於無端之內”、“雖一隅而已融為全體”的聖心之境。這種所謂融為全體的聖心之境，實際上就是王陽明《大學問》中倡導的去爾我之分、形骸之分以達到的大人與天下萬物為一體的聖人境界。文中所謂“無心斯無所不通”可能就是王陽明所引佛家之言“無所住而生其心”。徐光啟在這次誌在必得的鄉試中竟如此立論，如果不是焦竑絕不可能將他拔置第一。因為作為主考官的焦竑，是晚明心學的殿軍，也是一位在科舉途中曆盡坎坷的博學大儒。如果認為徐光啟在試題中有意迎合主考官的思想，雖不無理由，但難以令人信服。因為多年後，徐光啟仍不改其對陽明心學的偏愛。《甲辰翰林館課》中收有徐光啟所撰《赤子之心與聖人之心若何解》，文中立論以為人之初，“本與為一耳”，“故曰赤子之心與聖人之心一也”，“率性之道，順天之則，與天下大同謂聖人”，“一念之間，澄然無事，便覺天地萬物，廓爾流通，此赤子之心露其端倪，而聖人之心開其端也。”《徐光啟集》下冊。這裏所說的澄然無事、廓爾流通的赤子之心實際上就是王陽明所說的“皦如明鏡、略無糾翳”的“良知良能”。也有論者認為徐光啟的赤子之心實際上就是李贄童心說的翻版武仁《徐光啟：中西科學的第一個交叉點》，見《徐光啟研究論文集》，學林出版社，1986年。這些都說明徐光啟由於曾師事黃體仁而受到陽明心學的影響著實不小。
陽明心學對徐光啟早年的影響或許在於一方麵造成了其科舉道路上的坎坷，使他“爬了一輩子爛路”，另一方麵則可能類似於心學對李贄等人的影響，即培養了一種懷疑和批判的精神或思想風格，並促成他轉向或彙入明末的實學思潮。