三、“其教必可以補儒易佛”
徐光啟試圖通過他對天主教的信仰“參透生死大事”，以期得到“身靈之保救”，並曾經在短暫的退隱的宗教生活中表述其自我意識和自我感覺，這是一種帶有個人主義色彩的宗教思想和生活方式。這種色彩和特性隻是矛盾而又附屬地存在於徐光啟的宗教思想中。徐光啟更關注的是經世，是達到良好的理想政治的方式和手段，正是這種急切的求索使他將“補儒易佛”的功能和意義賦予了“天學”。
萬曆四十年（1612），徐光啟在與傳教士熊三拔合譯《泰西水法》後，為該書撰寫了一篇序文。他認為傳教士之“談道也，以踐形盡性，欽若上帝為宗，所教戒者，人人可共由，一執至於至公至正，而歸極於‘惠迪吉，從逆凶’之旨，以分趨避之路。餘嚐謂其教必可以補儒易佛。”《泰西水法序》，見《增訂徐文定公集》卷一。在這段論述中，徐光啟明確承認儒學需要補足，也就是說，長期以來他一直浸潤於其中的儒學在他看來是有欠缺的，而天學正可以補儒學之短。徐光啟對“聖學道脈”的這種反思在當時士大夫中是較清醒的，他的結論也是較大膽的。該序雖然沒有詳盡地指出儒學的不足之處，但綜觀他的所有著述可以看出，徐光啟認為儒學需要補充的不足之處至少有以下幾方麵：①道德、政治，②科學技術，③個體救贖問題。關於第一方麵，徐光啟所撰《辨學章疏》闡述得最為充分。
《辨學章疏》是1616年由南京禮部侍郎沈興起排外浪潮後，徐光啟為保護由他與傳教士架設的中西文明之間的第一座橋梁而作的辯護，該疏的辯護性決定了它在某些方麵免不了誇張和渲染。但《辨學章疏》卻是中國曆史上最早在中西文化比較的基礎上較係統地反思中國傳統文化中的儒釋道的文獻之一，很有史料和研究價值。
在這篇疏稿中，徐光啟首先對傳教士的品行及學識作了鑒定。他寫道：
臣累年以來，因與講究考求，知此諸臣最真最確……其道甚正，其守甚嚴，其學甚博，其識甚精，其心甚真，其見甚定，在彼國中亦皆千人之英，萬人之傑。
來華傳教士一般都經過了嚴格的選拔，並受過多方麵的訓練，但徐光啟對他們的讚美之辭顯然有過溢之嫌，表現了他反對禁教——實即反對閉關自守——的急切之情。接著，徐光啟介紹了他所理解的傳教士來華的目的。他認為諸陪臣“所以數萬裏東來者，蓋彼國之人，皆務修身以事上聖。聞中國聖賢之教，亦皆修身事天，理相符合，是以辛苦艱難，履危蹈險，來相印證，欲使人人為善，以稱上天愛人之誌。”這種解釋自然難以令人同意。事實上，傳教士來華絕非隻是為了“來相印證”，也不止在“欲使人人為善”，他們的使命是來歸化中國，為在歐洲受到宗教改革衝擊的天主教尋找新的皈依者，並盡可能地為殖民主義者的拓殖活動提供各方麵的情報。這是作為當事者的徐光啟難以認清的。至於所謂“理相符合”，則主要是擬同性的辯護之辭。
不過，《辨學章疏》中最重要的思想是徐光啟對天主教作為一種道德和政治教化理論的理解以及賦予這種理論的意義。他較概括地將天主教教義申述如下：“其說以昭事上帝為宗本，以保救身靈為切要，以忠孝慈愛為功夫，以遷善改過為入門，以懺悔滌除為進修，以升天真福為作善之榮賞，以地獄永殃為作惡之苦報”這裏的介紹包括天主教教義中最重要的幾個觀念：作為崇拜對象唯一至上神上帝、靈魂得救、天堂地獄、神修等。他還在此基礎上認真分析了天主教的道德功能及其原因，認為“其法能令人為善必真，去惡必盡。蓋所言上主生育救拯之恩，賞善罰惡之理，明白真切，足以聳動人心，使人愛信畏懼，發於由衷故也。”